话题 生物信息学

问题 老师，HGMD链接失效了，可以再分享一下HGMD数据库的信息吗？

目前需要批量注释位点的信息，需要本地化的HGMD信息，希望老师可以提供一下帮助。

问题 提取转录本信息时得到空白文件

老师，我用get_gtf.pl提取转录本结构信息，得到的文件是空白的，是为什么啊？蛋白ID在gtf文件中也能找到，而且gtf文件中的第9列无transcript:

问题 老师您好，最近在分析基因家族结构的时候遇到了问题。用视频中get_gene_exon_from_gff.pl脚本提取CDS信息时文件为空（参考基因组gff文件只有CDS信息），之后手动提取基因家族序列信息形成gff文件，用TBtools作图也出现了问题，不知道是什么原因？麻烦老师帮我看看呢？

手动提取gff文件长这样 TBtools长这样 ？？？

话题 R热列注释信息读取

问题 TCGA差异分析如何根据临床信息分组？

想请教一下，看课程里面TCGA做差异分析都是根据肿瘤非肿瘤组进行分析的，我想根据病人的临床信息，如是否接受放疗，是否用过某种药物进行分组寻找差异基因，应该怎么做呢？

文章 R语言跑循环，如何跳过报错信息？

...行时报错，那么就会中断循环体，并在屏幕上打印出报错信息，比如这样： 那怎么能让错误信息被忽略掉，接着执行下一次循环指令呢，可以使用try（）函数： for () {   err = try(想要执行的函数体)}#比如：for (i in 1:length(flies)...

问题 替换蛋白编号信息的问题

我按照老师的方法pel get_fa_by_id.pl  at.gff arabiopsis_thaliana.tair10.pep.all.fa pep.fa 替换蛋白编号信息（删除其他转录本的数据），代码执行通过没有报错，但pep.fa替换后的文件为空，请问如何解决？代码是老师上课中用的代码

问题 python统计fasta格式的序列文件信息，包括长度，碱基数量等

我用python统计一个fasta文件中的序列基本信息，运行完后没有任何反应，在相应目录下也找不到任何文件，请问这个是哪里出错了还是怎么回事，运行后没有提示任何报错信息，没有任何结果

文章 GFF中提取所有转录本的位置信息，以及对应的基因ID信息；

提取基因组注释文件GFF中所有基因转录本的位置信息，以及转录本对应的基因的ID： perl代码如下： #!/usr/bin/perl -wuse strict;use Cwd qw(abs_path getcwd);use Getopt::Long;use Data::Dumper;die "perl $0 <gff> <outfile>" unless(@ARGV==2);my$gff=$ARGV[0]...

文章 GFF文件格式不标准，第三列只有mRNA处理方法

gff文件第三列一般有gene，mRNA，CDS，exon等等信息，但是有时候没有gene信息，只有mRNA信息，这种情况一般是一个基因只注释了一个转录本的基因组，这个时候我们可以批量的处理一下，添加上gene行信息，也就是mRNA信息直接用于...

问题 在linux中提取gtf文件部分基因的信息

老师您好，请问在Linux中如何从gff文件提取部分基因的位置信息呢？ 目前已有文件：物种的gtf文件；需要提取的蛋白id文件

问题 GO分析结果的如何挑选有用信息

...组，GO的结果应该是受到影响的吧?但是不同基因组注释的信息编号不同，怎么统一编号方便查看呢？GO分析只是选择排名靠前的展示，但是里面涉及的基因均有上调和下调，怎么筛选有用的信息？还是将差异基因对应的GO term选定...

文章 NCBI上下载参考基因组信息

...NCBI上收录的基因组；但是NCBI上收录的不常见的物种注释信息往往不是很完整，而且基因和染色体编号都会重新命名，用起来很麻烦；所以除非迫不得已，一般不建议从NCBI上下载参考基因组; 1.下载地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ...

问题 不能用Perl脚本提取位置信息