老师，我利用demo数据进行转录组分析。 在尝试将demo的数据，将sam 转换成bam 格式并排序时并没有转换成功。不太清楚哪里出了问题。 我不知道demo数据是否是链特异性文库，所以也就没去设置（RF or FR）。也不会设置。 所以...
... 73001 0.716366 - . ID=BTA000001.1;Parent=BTA000001;代码思路 我们可以对其人为修改，我们需要 1.批量添加gene行，把mRNA的ID作为基因ID，同时去掉ID属性中的.1或.2或.3等这种.加数字的组合； 2.在mRNA行添加Parent信息，Parent...
...。 一、命令行操作 1.软件下载 在官网上，提供了源代码和编译好的二进制文件，通常情况下，直接下载对应的二进制可执行文件就行了。 网址为：https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ 2.软件的基本用法 clustalo -i seq.fasta >...
...并在最后列包括物种注释信息，并改名为ConsensusLineage 此功能对于一些软件要求指定的列名有很有用。 - biom convert -i table.biom -o table.from_biom_w_consensuslineage.txt --to-tsv --header-key taxonomy --output-metadata-id "ConsensusLineage" 带物种注释表格...
...sequence analysis tools)使用说明 MEME是用于从一堆序列中搜索功能结构域的工具。比如说当你拿到了许多CHIP-chip或者CHIP-seq的数据，当分析出峰所处的位置之后可以得到一些这些峰所代表的序列，这就是蛋白质与DNA相到作用所保护下...
...不重视这个问题，也不重视回答者的感受。很多人没有把代码 包裹起来，我们也视为排版混乱。没有代码或者用图片代替了代码。这是一个最近比较突出的问题，代码胜千言，准确简短的描述配上必要的代码，比你说一大堆废...
...句} 如果布尔表达式 boolean_expression 为 ture 执行这里面的代码，如果 为 false 则不执行。 实例 x <- 50Lif(is.integer(x)) { print("X 是一个整数")} 执行以上代码，输出结果为： [1] "X 是一个整数" if...else语句 一个 if 语句后...
...件：cytoHubba是一个用于识别关键基因和子网络的插件。它基于拓扑网络算法，可以根据节点在网络中的属性进行排名，并提供多种拓扑分析方法，如Degree、Betweenness、Closeness等。 BiNGO插件：BiNGO是一个用于基因本体分析的...
...b.com/bioperl/bioperl-live/blob/master/bin/bp_genbank2gff3 #将复制的代码贴到以 .pl 结尾的空白文件当中vi bp_genbank2gff3.pl #将脚本粘过来并保存#赋予执行权限chmod u+x bp_genbank2gff3.pl# 运行下面命令perl bp_genbank2gff3.pl file .gbff 方法 ...
...cellbin.gem --bin-size 1gzip C04042E3.adjusted.cellbin.gem 2.使用R代码转换成10X结果： 可以通过参数设置图片不同的分辨率大小，binsize Rscript $scripts//STOTo10X/gemTo10X.r \ --gemf C04042E3.tissue.gem.gz \ -t ../01.saw/Demo_Mouse_Brain/outs/image/C04042E...
部分分析数据及结果.zip我在ensembl上下载了一个基因组，该基因组是用gtf格式进行注释的，用perl脚本无法建立基因与mRNA的对应关系（mRNAid_to_geneid/ geneid_to_mRNAid），分析结果不能显示mRNA ID。 于是我在网站搜索到GFF与GTF格式转换...
...最近很火的AI智能对话工具来编写脚本。 AI智能相关编写代码推荐大家使用：DeepSeek Coder 、ChatGPT、GitHub Copilot 接下来简单演示一下，提出需求： 用perl脚本提取基因 的上游2000bp长度 的序列。 使用DeepSeek工具https://www.deepseek...
...环控制语句有： break 语句Next 语句 循环控制语句改变你代码的执行顺序，通过它你可以实现代码的跳转。 循环类型 repeat repeat 循环会一直执行代码，直到条件语句为 false 时才退出循环，退出要使用到 break 语句。语法格式如...