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文章 安装gdal报错

在安装gdal时报一下错误： sudo yum install gdal gdal-devel Last metadata expiration check: 3:25:35 ago on Tue 13 Jun 2023 07:28:50 AM CST.Error: Problem 1: package gdal-libs-3.4.0-2.el9.x86_64 requires libarmadillo.so.10()(64bit), but none of the providers can be installed  - package ...

文章 TCGA数据库中癌症最新缩写中英文对照表获取方法 Project号 与癌种之间对应关系

...mous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma 宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌 TCGA-CHOL Cholangiocarcinoma 胆管癌 TCGA-LCML Chronic Myelogenous Leukemia 慢性粒细胞性白血病 TCGA-COAD Colon adenocarcinoma 结肠腺癌 TCGA-ESCA Esophageal carcinoma  ...

文章 网站编辑器代码块 高亮显示使用技巧：

...一行，前后各空一行，以免造成代码高亮显示错误； 2.在代码中已经添加代码高亮后，代码需要空行时可用 shift+enter键添加空行，而直接enter代码块会断裂； 如下是空行后，完美显示： use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;use Data::Dumper;$in  ...

问题 合并gvcf时程序终止

老师您好，我在合并gvcf时，程序刚运行一会就会自行终止，以下是出现的代码。请问如何解决？谢谢！         at htsjdk.samtools.util.BlockCompressedInputStream.read(BlockCompressedInputStream.java:257)        at htsjdk.tribble.readers.PositionalBuff...

问题 PASA update 报错

老师您好，请问基因组注释在运行 PASA update 这步时，一直报如下错误，请问老师该如何解决 DBD::mysql::db do failed: Data too long for column 'model_id' at row 1 at /share/work/biosoft/PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/PerlLib/DB_connect.pm line 223.Thread 4 terminate...

文章 单细胞转录组-infer CNV拷贝数变异分析介绍

...着拷贝数变异，通过影响相关基因的表达促进肿瘤发生。在肿瘤单细胞数据分析过程中，肿瘤细胞类型的注释可通过tumor related marker gene的表达情况(是否高表达)做出判断。而inferCNV可以从拷贝数变异的角度进一步验证肿瘤细胞类...

问题 视频课程已经学完，有一个问题，视频中演示的搜索拟南芥的NB-ARC基因家族，这里的拟南芥指的是拟南芥属吗，是有很多不同种的拟南芥组成的吗？

...的蛋白质序列，是有很多不同种的拟南芥的吗？ 我自己在实际操作的过程中是不是需要把我研究的物种的属下面所有的不同的种的蛋白质序列下载下来搜索呢？  因为我ensembl数据库下载了一个细菌的基因组，hmmsearch搜索保守...

文章 AttributeError: 'LayoutLine' object has no attribute 'color'

...，学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程6. 生物信息入门到...

问题 重测序circos运行失败

...中绘制circos图出现问题，查阅其他同学的提问但是没看懂怎么解决，尝试将ref文件中的fai文件的其他不相关染色体给删掉后还是出现这样的情况，其中有个问题老师您回答“基因组没有组装到染色体 ，这个图绘制会报错”，没...

问题 KNN补值函数knnImputation函数的距离计算问题

老师您好，在学习中我发现，KNN补值函数knnImputation函数是按照行而非列进行的缺失值填补，但是蛋白组或者基因组数据一般都是列是样本行是蛋白/基因特征名称。是按照行（特征）进行近邻k个参考的距离计算并进行缺失值填补...

问题 root@jieyuma-virtual-machine:/home/jieyuma/Desktop# docker search omicsclass Error response from daemon: Get "https://index.docker.io/v1/search?q=omicsclass&n=25": dial tcp: lookup index.docker.io on 127.0.0.53:53: server misbehaving

在两个不同电脑同时出现了这个问题，一直解决不了，麻烦老师了

文章 R安装units包报错解决方法

...all udunits2-devel 检查udunits2库路径是否正确设置。您可以在终端中执行以下命令，查找libudunits2.so的路径： find / -name "libudunits2.so" 再次安装units包即可通过了。

问题 Linux安装anaconda后，加载镜像包，提示失败

在Anaconda安装完成后，Linux输入清华大学镜像包，总是失败，代码如下， linux中运行后的代码，提示错误找不到文件： manager@bl8vbox[manager] channels:                                    [11:50AM] zsh: command not found: channels: manager@b...

文章 TCGA样品来源机构汇总 Tissue source site（TSS）

...，学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程6. 生物信息入门到...

文章 加权基因共表达网络（WGCNA）寻找与疾病相关的hub基因

...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门...