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问题 老师,我的db文件夹里显示了所有染色体都已经导入,但是在将gvcf转换成vcf时,发现在Lc2Ns染色体就结束完成了,这是正常现象嘛,是我使用的近源种参考基因组的原因嘛?我的是简化基因组测序的

文章 开年第一篇!2区基因家族分析文章赏析!苦荞MAPK家族分析-2022年2月3日,最新文献!

...的的扩张。 3. 苦荞中FtMAPKs染色体定位染色体作图分析显示,16个FtMAPK基因存在于除6号染色体外的所有染色体上。 4. 苦荞FtMAPKs基因结构及Motif分析分析了16个FtMAPKs的基因结构和Motif,绘图如下: 5. 苦荞FtMAPKs顺式作用元件...

问题 老师,我的文本矩阵中已经全部是数值型数据了,没有NA的形式,在运行简单热图代码pheatmap(ORFs)时可以成功;但是在标准化后在运行热图代码pheatmap(ORFs,scale = "row")时就显示了和之前同样的下列错误,这是为什么呢?麻烦老师,多谢啦。

新:Species_ORFs_heatmap.R                Perl_result5_revise              旧: Perl_result5_revise     genus_ORFs_heatmap.R

文章 多基因间共线性及局部基因水平的共线性

...eqids 文件,该文件规定图中各基因组的染色体顺序和需要显示的染色体,一行代表一个基因组,其顺序要与layout中基因组顺序一致。这里只需在文件最后加入可可基因组的染色体名称。修改后文件如下: chr1,chr2,chr3,chr4,chr5,chr6,c...

文章 你还在为基因芯片表达差异分析发愁吗?这个方法带你飞!

...阵的信息构建差异比较矩阵(cont.matrix),由差异比较矩阵显示结果可知,是进行INFECTED 与CONTROL之间的差异分析。 >cont.matrix = makeContrasts(INFECTED-CONTROL, levels=design) > cont.matrix          ContrastsLevels     INFECTED - CONTROL  CONT...

问题 尊敬的老师!!恳请您在百忙中帮忙解答!根据群体遗传进化课程我构建进化树,显示如下错误。我的VCF文件通过如下命令进行排序,。排序后VCF文件缩小了很多,是对的吗?是不是我的vcf文件有问题,但是我PCA和STRUCTURE都是可以分析的,急需亲爱的老师们解答!!!

run_pipeline.pl -Xmx30G  -SortGenotypeFilePlugin -inputFile clean.vcf.gz \    -outputFile clean.sorted.vcf.gz -fileType VCF

文章 R语言绘图-绘制漂亮的数学公式或者拉丁字母等在图当中

...出自己想要的复杂公式,那么就得知道,公式表示方法和显示结果的对应关系。这里有段代码可以产生对应关系,需要输入文件:math.txt ex <- parse("math.txt") labs <- readLines("math.txt") n <- length(ex) par(mar = rep(0.1, 4), cex = 0.8) plot...

问题 找不到amazing super circos

我的TBtools版本显示的是v0.665,version显示的是最新,可是找不到amazing super circos这一项,只有amazing simple circos

文章 BMC genomics|26个玉米基因组中萜烯合酶的多重变异模式

...取食后不同时间点的TPS基因表达数据。差异表达分析结果显示,部分 TPS 基因在亚洲玉米螟取食后表达上调,随着取食时间的延长,差异表达的 TPS 数量增加,上述结果表明TPS 基因家族在玉米对于玉米螟的取食响应中起着重要作...

文章 Bugbase表型预测

... 阈值 0-1,可指定过滤阈值 三、结果 运行成功会有如下显示:分别是标准化的OTUtable、阈值图片,每种表型预测的具体OTU、每种表型预测相对丰度图、统计表。 参考文章 doi:https://doi.org/10.1101/133462 此外,我们在网易云课堂...

文章 CRISPR基因编辑MC-3T3细胞系—骨相关研究的神器-源井生物

...的对照细胞系MC3T3-Cont。mc3t3drorβ细胞系的克隆和序列分析显示,小鼠Rorβ等位基因存在1碱基对(bp)和4-bp缺失,导致移码突变,最终导致无功能等位基因。为了分析Rorβ缺失对成骨细胞基因表达的影响,从成骨培养基中培养的MC3T...

问题 转录组数据分析(绘制KEGG通路)

水稻转录组数据绘制KEGG通路,显示 按照如下格式输入:(查找物种时,网页始终无法显示,水稻选osa不知道对不对,或者gene ID有问题)

问题 群体遗传课程admixture的问题

用课程测试的数据运行admixture的时候,显示segmentation fault. 因为docker镜像omicsclass/reseq里面没有找到admixture,所以用conda install另外安装了admixture。我用docker其他镜像的admixture,也是不行,还是显示segmentation fault。

问题 关于共享文件夹的问题

按照教程进行,共享文件夹创建成功了,但是把拟南芥的fa文件复制进去之后我在power shell里用ll指令没有找到拟南芥的fa文件,请问这是怎么回事?使用ls指令也是只有显示文件夹不显示文件

文章 绘制Upset 图

...交集的大小及分布。 1.Upset 图的结构 主交集柱状图:显示每种交集的大小。 X 轴:表示集合交集组合。Y 轴:表示对应交集的大小(元素数量)。 集合连接点图:在柱状图下方显示交集涉及的集合。 用点连接线标识参与交...