文章 科研小白：生物实验做不出来是种什么体验？

...献： 标题：Gut-derived endotoxin stimulates factor VIII secretion from endothelial cells. Implications for hypercoagulability in cirrhosis 期刊：Journal of Hepatology IF：12.486 产品名称：RAB27A Polyclonal Antibody 标题：The arginine methyltransferase CARM1 represses p300...

问题 R语言GAPIT跑GWAS错误 Error in ‘[.data.frame‘(GD,,!is.na(GI.MP[,3])):选择了未定义的列

问题 转录组自主分析的差异基因分析和KEGG富集分析时发生错误，求老师解答。

...omType = opt$idtype, toType = opt$totype, OrgDb = opt$ann.db) :   26.02% of input gene IDs are fail to map... --> No gene can be mapped.... --> Expected input gene ID: --> return NULL... NULL Error in (function (classes, fdef, mtable)  :   unable to find an inherited method for fu...

文章 kaks和dnds是什么？

...探讨这些问题。 Hurst L D. The Ka/Ks ratio: diagnosing the form of sequence evolution[J]. TRENDS in Genetics, 2002, 18(9): 486-487. Navarro A, Barton N H. Chromosomal speciation and molecular divergence--accelerated evolution in rearranged chromosomes[J]. Science, 2003, 300(5617): 321-324....

文章 好用的perl模块推荐

...目录要创建，可以使用以下的代码 use Path::Tiny;path("path/to/your")->mkpath; 删除也同样有很多功能可以高效化你的脚本而不需要每次都判断 # 删除空目录或文件，如果目录不为空，这个方法将会失败。path("path/to/your/file.txt")->re...

问题 请问老师有没有get_gene_position.pl，get_gene_bed.pl，get_fa_by_id_from_bed.pl这个三个脚本的下载地址？

老师您好！ 我是课程购买者，但是这三个脚本实在没找到下载地址，请问哪有？谢谢！

问题 如何获取基因与mRNA的对应关系?

...除之后 是这样的 gff文件  之后利用脚本perl script/mRNAid_to_geneid.pl 获取 基因与mRNA的对应关系：脚本信息如下（是否应该修改？） 获取的基因与mRNA的对应关系的mRNA2geneID.txt，是这样的，不对好像

问题 老师，我在利用perl ../script/get _ene _ exon_ from _ gff.pl in1 时，老是提不出文件，他说十几行不合适但是这个和视频里面的一样，

试了一天了，就是不合适

文章 docker启动报错：Error starting daemon: SELinux is not supported with the overlay2 graph driver on this ke

...kersystemctl status docker -l 报错：Error starting daemon: SELinux is not supported with the overlay2 graph driver on this kernel. Either boot into a newer kernel or disable selinux in docker (--selinux-enabled=false) 解决方案： 意思是说：此linux的内核中的SELinux不支...

问题 您好iqtree2运行的时候报错，“You should increase checkpoint interval from the default 60 seconds”，请问可能是什么问题呢？docker虚拟机CPU：16 core，Memory：64 GB。谢谢！

文章 进化树+基因表达热图二合一靓图绘制教程

...页面。 （2）在比对页面，点击Edit下面的“insert sequence from file”，选择拟南芥基因氨基酸序列。 （3）选择Alignmen下面的“Align by ClustalW”比对方式，不需要更改参数，直接点击“OK”。比对结束之后，按照自己需要进行碱基列...

文章 空间转录组数据预处理

...定为一个spots,通过不同spots 的差异体现出空间的差异 10x visium数据预处理 ST包含多种方法,分别是ISH原位杂交,ISS原位测序,以及ISC原位捕获,前两者其实精度已经达到了亚细胞级别,但是他们成本较高,所以一般使用的都是ISC,其代表,...

文章 rocks 集群 手动安装挂载 nas存储

...ind 编辑共享目录配置文件 /etc/exports /export/data1 10.1.1.0/24(rw,async,no_root_squash) 参数：ro表示只读，rw表示可读写，sync同步写*即同时写入内存和硬盘，async异步*暂存于内存，no_root_squash表示如果客户端连接过来的用户是root，则...

文章 三代纠错软件LoRDEC安装

...nager(long long, char const*)':utils.cpp:(.text+0x4c): undefined reference to `clock_gettime'utils.o: In function `ProgressManager::ProgressManager(long long)':utils.cpp:(.text+0x150): undefined reference to `clock_gettime'utils.o: In function `ProgressManager::updateProgress(long long)':utils.cpp:(...

文章 pySCENIC转录因子分析结果解读

...于了解细胞功能及疾病进程等生命活动有重要意义。 2017年11月，SCENIC发表于Nature Methods，作为主流的单细胞转录因子分析工具，SCENIC在单细胞转录组数据构建基因调控网络、转录因子分析以及细胞状态鉴定方面上表现优异。目...