如何获取基因与mRNA的对应关系?

的gff文件是这样的:

attachments-2019-06-65KXhVI75cf49a0de662a.jpg

我是否应该先去除  “.v2.2“  利用sed -i 's#.v2.2##' xxxx.gff3 指令

然后去除之后 是这样的 gff文件

attachments-2019-06-JmyZ4PwU5cf49b54dcb9f.jpg 之后利用脚本perl script/mRNAid_to_geneid.pl 获取 基因与mRNA的对应关系:脚本信息如下(是否应该修改?)

attachments-2019-06-kCabWNGc5cf49b724ac16.jpg

获取的基因与mRNA的对应关系的mRNA2geneID.txt,是这样的,不对好像

attachments-2019-06-P5SPzjJH5cf49be130a80.jpg




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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

看你最初的GFF文件应该没有文件,是直接可以用脚本得到对应关系的,你不需要删除v2.2

如果非要删除v2.2建议使用这个命令: sed -i 's#\.v2.2##g' xxxx.gff3

更多命令可参考:linux系统使用

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