5 转录组自主分析的差异基因分析和KEGG富集分析时发生错误，求老师解答。
在进行有参转录组自主学习的《差异表达基因功能富集分析》这节内容的学习时，发现KEGG富集分析中断，报错代码如下：
Warning message:
In bitr(DEG_list, fromType = opt$idtype, toType = opt$totype, OrgDb = opt$ann.db) :
26.02% of input gene IDs are fail to map...
--> No gene can be mapped....
--> Expected input gene ID:
--> return NULL...
NULL
Error in (function (classes, fdef, mtable) :
unable to find an inherited method for function ‘dotplot’ for signature ‘"NULL"’
Calls: dotplot -> <Anonymous>
Execution halted
其它 2 个回答
使用的代码是
Rscript $scriptdir/enrichKEGG_pip.R --deg.file $workdir/5.deg/normal_vs_tumor.DEG.final.tsv -o KEGG -n normal_vs_tumor --pvalueCutoff 1 --ann.db org.Hs.eg.db --organism hsa --idtype ENSEMBL --totype ENTREZID
你是用的我们提供的docker镜像吗？在镜像里面分析数据我们都经过测试没问题的；
如果没有使用我们的镜像，是你你自己安装的R包有问题，需要更新这个脚本需要的R包到最新：enrichKEGG_pip.R
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