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问题 CombineGVCFs报错：htsjdk.samtools.SAMFormatException: Did not inflate expected amount

老师们好，我最近在合并300份样品的gVCF，但是遇到了如题目所示的问题。 我的重测序物种染色体较长，我将每条染色体按350000000bp+剩余长度进行了分段，并分染色体进行gVCF合并。目前，只有一条染色体出现如题所示的问题（...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 进行转录本的合并

...isoforms collapse分析的目录 # prefix 是文件的前缀，需要保持在不同样品的分析目录中一致 SAMPLE=<sample name>;<path> SAMPLE=<sample name>;<path> GROUP_FILENAME=<prefix>.group.txt GFF_FILENAME=<prefix>.gff COUNT_FILENAME=<prefix>.co...

文章 rockes7 共享目录设置

... rw  可读可写。ro  只读。sync  将数据同步写入到内存和磁盘中。async  将数据会先暂存于内存中，必要时才写入磁盘。no_root_squash  若客户端使用root用户操作共享文件夹的时候，具有最大权限。root_squash（默认）  若客户端使...

问题 clustalw2多序列比对，序列输入不进去

在linux系统下,我输入clustalw2命令, 返回以下提示:********************************************************************** CLUSTAL 2.1 Multiple Sequence Alignments  **********************************************************************     1. Sequence Input From Disc     2. Mu...

文章 immunedeconv 包安装错误： download from 'https://api.github.com/repos/icbi-lab/immunedeconv/tarball/HEAD' failed

...Rstudio安装包： 以管理员身份打开Rstudio：   然后在终端依次运行： 以下代码： #设置镜像，local({r <- getOption("repos")  r["CRAN"] <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"   options(repos=r)}) #2 安装bioconductor常用包options(...

文章 小麦TCP基因家族分析文献解读及原文献下载

...：遗传图谱构建与QTL分析 6. 微生物16S/18S/ITS多样性分析和宏基因组分析，学习链接：宏基因组分析 ；微生物16S/18s/ITS多样性分析 7. 细胞器基因组与比较基因组分析是真正的无需实验就可以发表2区期刊的文章思路，成本低，文...

问题 gset = getGEO(GEO='GSE12417', destdir=".",getGPL = F) 下载不了这个GEO文件，应该如何处理？

...个没有http开头，跳转不了，所以没有下载成功。求问，怎么办？ #手动下载 matrix wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12417/matrix/GSE12417-GPL570_series_matrix.txt.gz -O GSE12417-array/GSE12417-GPL570_series_matrix.txt.gz wget -c https://ftp.ncbi....

文章 LENS:人的基因相互作用分析在线工具

...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门...

问题 老师，我提取cds ，pep用基因的ID，作为序列的ID命令。运行出来"No such file or directory; can't open file ./.longest_isoform.gff3"但是我打开输出文件看是有数据的。是不是不用管No such file or direc...提示

下面是运行图和输出文件

问题 docker load -i /mnt/data/home/liangziyang/metagenomics-data/metagenomics-v1.2.tar.gz加载docker时提示no space left on device

老师，您好。我的系统是Ubuntu的，现在已经安装完成docker了，但是在加载我们自己的docker时，老是显示no space left on device，我之前问了AI，说是docker默认存储位置在我的根目录中，我根目录的硬盘剩余空间有40G，想问一下这是什...

文章 i遗传进化

...#sweeD，基于复合似然比测试检验全基因组选择清除分析，在SweepFinder算法基础上改进，并且全面优于前者。 cd  $workdir/05.select_sweep mkdir sweeD cd sweeD cat $GROUP |grep EastAsian |cut -f 1 >EastAsian_popid.txt vcftools --gzvcf $workdir/00.filter/...

问题 用校正过的gb文件进行CPGAVAS2注释出现报错

...进行注释后，用Geneious进行检查并手动纠错后，删掉了info和annotation行后，将这个库重新用CPGAVAS2进行注释，就会报下面的错说“no hit found”，请问是什么原因呢？ 我的部分注释如下：      gene            complement(4911..4...

问题 老师好，我的structure分析输出为空的，下面是我的基因组gff文件基因的id名字后面还有外显子内含子等等 get_gene_exon_from_gff.pl

老师，下面是我（第二张）打开TNF_domain_new_out_removed_redundant.txt时的情况 第三张是我的TNF基因ID 第四张是那个脚本 我不知道问题出在哪里，麻烦老师帮忙解答一下

问题 老师，在下载过程中一晚上不加载了，请问如何解决？

>                       sample_type <- "Primary Tumor" > # 该癌症总样品数量 > samplesDown <- getResults(query.met,cols=c("cases")) > cat("Total sample to download:", length(samplesDown)) Total sample to download: 582 > # 下载甲基化数据，数据非...

文章 扩增子16S/ITS/18S微生物多样性课程更新-机器学习随机森林分析

...果的展示，以下为分析原理及文献解读连接：《随机森林在微生物数据应用-文献讲解》、《 肠道微生物可用于诊断慢性肾病-随机森林分析（IF=15）》《 随机森林预测土壤枯萎病（IF=9）》。  如果你的文章中也添加上机器学习...