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问题 章节1课时6，获取蛋白质序列以及提取1.5kb的DNA序列之前时总是不对，全是~~~~~~一行一个，不知道问题出在了哪里。还望有知道的能指点下。如下图

 望老师同学能指点下，卡在了这里，纠结死了，如觉得描述不清楚，可以评论细问 输入的文件有按照前面产生的id文件和下载注释文件，注释文件倒是与拟南芥的有些不同吧

问题 基因家族数据准备#提取cds序列#提取pep序列

...我等很久都没有反应，但是放后台拉过来也能看到是显示在running。但是试了很多次也都没有跑成功不知道是那里出了问题 请老师解答！感谢

问题 老师，我是华为matebook13笔记本电脑，我可以打开电脑的bios，但是找不到设置虚拟化的开关

我的是在开机的时候按Fn+F12（按照网上查到的操作），但是打开是这个界面，在这个界面下按上下方向键是没有反应的，按回车的话就直接正常开机了，这是啥原因啊？

问题 老师，我正在做泛基因家族分析的结构变异与基因注释部分，出现一些错误

老师，我正在做泛基因家族分析，结构变异与基因注释部分，#转换gff3到genePred 格式并转换转录本格式至基因ID，尝试了不同的指令，均未能成功修改 sed -i "s/\\.[0-9]*$//" ${ref}_refGene.txt ，之后在excel中完成修改，结果如下：之后...

问题 用GATK call SNP时报错

...663.new.sorted.bam -ERC GVCF -O SRR3274663.g.vcf 1>663.log 2>&1 在这里我已经对基因组文件建了索引，这里是还要对输入的bam文件做索引嘛； 但我尝试用 samtools index SRR3274663.new.sorted.bam此命令对输入文件做索引也不成功

问题 二倍体高杂合基因组装，hifiasm初步组装的基因组大小比预估的大，可以先用purge_dup去冗余，然后再用nextpolish进行polish吗

...sm初步组装结果比预估大10%，也就是100M。我分别用purge_dup和nextpolish进行了分析。purge_dup直接移除了一个40M的contig。nextpolish把每条大的contig都删去了6-10M左右。两个分析的结果虽然各有优劣，但都还是不理想。可以先用purge_dup去...

文章 绘制venn图报错Unexpected parameter length for "category"

在进行韦恩图绘制的时候出现报错： 出现这个报错的原因是在输入数据应当是一个有名字的list，要求是这个list中的每个元素都有名字。 venn <- list(A,B,C)names(venn) <- c("A","B","C") 这样之后再进行绘制就没有问题了 附：...

问题 分歧时间算不出来结果

...UTREE 1 = (((Spermwhale: -nan, (Cow: -nan, Sheep: -nan)。我用seq模式和近似自然法都是同样的情况，我的序列是cds序列，我输入的树文件是：(((A,(C,S)'U(0.15)')'B(0.47,0.58)',((((B,LA),BK),DR),(H,W))),Ho)'B(0.728,0.783)';我的控制文件如下，请问是哪里出了...

问题 叶绿体基因组GetOrganelle组装时出现killed，内存从10G改为30G又改成70G，但是还是不行，程序终止。

1、在get.sh.o文件中，出现：Retrying with more reads。 2、GetOrganelle_out文件夹中只有，没有组装的序列结果。

问题 老师这条代码里面INV[0-9]、DUP[0-9]， 0-9是什么意思，输出文件中INV后面跟着的数字代表什么

for query in An1 C24 Cvi Eri Kyo Ler Sha;do    # 提取INS插入和DEL 的SV 大于 50bp   awk '$1 ~ /#/ || ($3 ~ /^INS/ || $3 ~ /^DEL/) && (length($5)-length($4)>50 || length($4)-length($5)>50)' $query.syri.vcf | sed  "/^#CHROM/s/sample/${query}/" > $query.INS_DEL.vcf   # ...

文章 安装R包出现链接库缺失的问题

...面的报错,这个时候最简单的办法是通过locate查看是否存在链接库(linux里) locate libglpk.so/usr/local/lib/libglpk.so/usr/local/lib/libglpk.so.36/usr/local/lib/libglpk.so.36.1.2 存在库文件,所以有两种办法,第一是export到LD_LIBRARY_PATH里, export LD_LIBRAR...

问题 水稻中进行MCScanX共线性分析基因家族加倍时，提取不了基因对应的蛋白质序列

在课时14. MCScanX共线性分析基因家族加倍过程实操课中，已获得AT.gff文件，用它利用get_fa_by_id.pl来提取对应的蛋白质序列，发现提取不了，然后发现Oryza_sativa.IRGSP-1.0.pep.all.fa与拟南芥的数据库文件形式不同，没有对应的蛋白质ID...

问题 meme分析报错：Illegal character `U' in sequence LOC105388627. Change alphabet or fix data file.

请问老师，是根据最终得基因ID提取得蛋白质序列，为什么在做meme分析时，会出现这种错误？

文章 miRTarBase- 一个收录经实验验证的miRNA靶基因数据库

... 该数据库有如下特点 1. 保持更新 miRTarBase数据库一直在更新，目前已经更新到7.0 版本。收录的数据也越来越多。 2. 支持多方面的在线查询方式 支持针对miRNA及靶基因，代谢通路，验证方法，相关疾病等多方面的查询 3....

文章 pRRophetic包预测药物敏感性

...的药物敏感性，也可用于临床数据的预测。 这个包不能在Rstudio直接安装，需要外部下载压缩包之后导进R。包可以从http://genemed.uchicago.edu/~pgeeleher/pRRophetic/下载，下载完成后首先要在R中安装他的依赖包 BiocManager::install(c('sva', 'ca...