二倍体高杂合基因组装,hifiasm初步组装的基因组大小比预估的大,可以先用purge_dup去冗余,然后再用nextpolish进行polish吗

老师您好。hifiasm初步组装结果比预估大10%,也就是100M。我分别用purge_dup和nextpolish进行了分析。purge_dup直接移除了一个40M的contig。nextpolish把每条大的contig都删去了6-10M左右。两个分析的结果虽然各有优劣,但都还是不理想。可以先用purge_dup去冗余,然后再用nextpolish进行polish吗,或者相反的顺序。

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  • 范兴科 提出于 2023-07-05 11:01

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