get_organelle_from_reads.py -1 /work/my_cp_assembly/data/R1.fastq.gz -2 /work/my_cp_assembly/data/R2.fastq.gz -o GetOrganelle_out -R 15 -k 21,45,65,85,105 -s /work/my_cp_assembly/data/NC_036485.1.fasta -F embplant_pt 跑了，后面出现“killed”就终止了。其它没有任何信息。
叶绿体基因组GetOrganelle组装时出现killed，内存从10G改为30G又改成70G，但是还是不行，程序终止。
3 个回答
"Retrying with more reads" 并不是报错信息，而是一个提醒或信息，意思是 GetOrganelle 正在尝试使用更多的 reads 进行重新尝试以优化预组装的结果。INFO开头的不是报错，一般最前边ERROR开头的才是报错信息。
后面出现“killed”就终止了，一般是内存不足或存储线程的问题或者你自己杀掉了命令。可以删掉原来的GetOrganelle_out文件夹重新跑一下试试，或者把指定内存调大重跑。
擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS
内存不够超了，系统自动杀死任务了，你启动docker容器的时候内存多设置一些：比如 -m 50G
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