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问题 基因家族分析发现染色体以外的成员

...员，我发现确定的家族成员的最后这两个基因，应该不是在染色体上的，因为我做的是藻的基因家族分析，而藻的基因组文件中除了33条染色体以外，还有很多其他的序列如下图： 这是藻的基因组gff3文件的前面一部分，可以...

问题 泛基因家族分析结构变异与基因表达分析

老师，我在做泛基因家族分析中，结构变异与基因表达分析，#删除一些不需要的基因的表达量（B73的一些基因在其他物种中不存在同源基因） perl $scriptsdir/grep_famgene_fpkm.pl WRKY_gene_fpkm.xls ../03.PAV/PAV_gene.list WRKY_gene_fpkm.filter.xls ${re...

问题 三代纠错软件lordec安装问题

我在安装lordec时报如下错误： Install the project... -- Install configuration: "" -- Installing: /usr/local/HDF_Group/HDF5/1.8.18/examples CMake Error at cmake_install.cmake:41 (file):   file INSTALL cannot make directory   "/usr/local/HDF_Group/HDF5/1.8.18/examples": No such file ...

文章 ai助手帮我构建新的qiime2分类器

在挖掘数据的时候发现有的数据用的是v2版本的,我手里只有全长的和v3-v4的,全长效果没那么好感觉,但是我好久没有看过qii2相关的东西了,有点忘了,刚好最近ai很火,我就尝试用ai帮我构建,过程如下 这里是完整的链接   https://w...

文章 基因结构图修改ID

...习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信...

文章 linux 从文件中随机抽取部分数据

...uf -n 10 ref_trans_full_table.xls >>test.xls 提取的结果保存在了test.xls文件中，部分结果如下： 2、利用sort -R 随机排序之后，借用head 或者tail 提取数据，也相当于随机抽取数据： head -1 ref_trans_full_table.xls|less>test.xlssort -R ...

问题 更改文件及perl脚本后get_gene_weizhi.pl提取文本依旧为空。

根据老师的意见：将"gene:"在脚本及文件中删除 生成文本文档依然为空。。。想请问一下是不是我的染色体的格式是chr4.4造成的这种原因呢，还是其他什么问题。麻烦老师再次解答~ 老师，文件及路径我都核对过，没有问题： ...

问题 gama 射线引起的大片段缺失

...得的突变体，为什么不能用回交后代进行混合测序？另外在 “瘤数增多的稳定突变体材料单株提取叶片 DNA 进行全基因组重测序” 这一步中是否也可以直接选取不同品系的瘤数增多的稳定突变体，提取叶片DNA，进行混合测序，...

问题 bootstrap consensus tree导出nwk文件格式时Branch_lengths选项无法选择

但是在导出Original Tree时就可以选择，而且我在忽略Branch_lengths选项导出nwk文件时，发现树的结果与生成的树有变化，想请教老师如何设置我可以选择Branch_lengths选项，bootstrap=1000，画树时的每一步设置都与课程中的操作一样

问题 执行fastqc $datadir/*.gz -o $workdir/1.fastqc报错

在学习GWAS课程，章节3-05数据质控这一节时候，执行上述命令报错，报错为 Exception in thread "Thread-3" java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded at java.lang.String.toCharArray(String.java:2899) at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.BasicStats.processSequence(Ba...

文章 Windows里MaxQuant下载与安装

...Email、Company是必填选项；     然后软件下载链接会放在邮件里     点击邮件里的链接即可下载软件压缩包.zip 2. 软件安装:     解压缩软件包即可操作MaxQuantGui.exe进行蛋白质搜库分析，运行软件需要配置对应版本的.NET ...

问题 WGCNA中过滤低表达量（0.5）时datExpr0=datExpr0[1:n,datExpr0[n+1,] > meanFPKM]不成功，且变量从上步30769变成了0. ？

...]这步运行始终不成功，也不报错，变量变成了0.请问这是怎么回事？谢谢

文章 jcvi微共线区域(Microsynteny)可视化

...佳匹配，通过compara 参数--iter=1指定)，点表示该同源基因在物种中没有被注释到，可以通过该文件指定感兴趣基因的线条颜色，如图中红圈所示 layout.csv文件格式：上半部分指定了track的各种信息，edges中制定了绘制的物种共线...

问题 群体结构clean.vcf.gz转换成phy文件失败

... -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter，但是只停留在[pool-1-thread-1] INFO net.maizegenetics.analysis.data.FileLoadPlugin - Start Loading File: /work/my_pop_cucu/00.filter/clean.vcf.gz time: Aug 5, 2025 21:07:19 [pool-1-thread-1] INFO net.maizegenetics.analysis.data.FileL...

文章 芯片差异分析分组矩阵

...接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生...