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问题 运行mcmctree报错2.0

...行,这一步报错的 麻烦老师尽快再回答一下吧!!卡这里好几天了!!! 或者能不运行mcmctree,用别的什么结果运行cafe5吗 —————————— 11.time_tree_BV_2.sh.o 日志文件显示如下 ————————————  mcmctr...

文章 rbsurv对生存分析的单因素进行鲁棒性检验

...见。 具体操作如下: # 先看看操作的数据框的结构 > head(exprSet)[0:6, 0:6] bcr_patient_barcode time status NEAT1 MIR205HG LRRC75A_AS1 1 TCGA-2W-A8YY 148 0 37464.39 19.90881 24651.08 2 TCGA-4J-AA1J 226 0 81280.86 30453.54242 12288.18...

文章 单细胞分析 质控 线粒体 红细胞 核糖体

...的线粒体含量可能是因为细胞质RNA穿过细胞膜导致,或者取样的过程中死亡细胞过多正常:心肌等耗能较多的地方,线粒体基因含量也可能会比较高 人:^MT- 小鼠:^mt- 检测是否存血红蛋白污染 人:^HB[^PES] 小鼠:^Hb[^pe...

文章 blast报错

...手动输入命令时,才没有报错。仔细比对才发现官网命令手动输入命令的参数名称前面的小横杠有细微差异(官网:–,手工输入:-)。所以,只需要修改横杠即可。 因此不能直接粘贴官网的命令,需要手动修改命令的参数...

问题 请问 报错Error in parse(text = x, keep.source = FALSE) : 该如何修正

进行单因素COX分析时输入第一个变量就报错了,请问是什么原因呢?谢谢

问题 iqtree模型选择问题

...kill掉,因为我这边服务器内存只有188G。 这个文件当时过滤SNP的时候其中一条过滤标准是miss 0.95,这样子下来会获得七千多万个位点,我能不能再构建进化树的时候,单独生成一份文件,把miss 0.95调成miss 1,这样子我会一个...

文章 用seqtk随机提取指定数目的序列

...于reads的长度一般是固定的,一般是150bp,可以一下计算指定数据量情况下,需要保留多少条reads,然后就可以用seqtk工具去进行截取了: seqtk sample -s100  input.fastq.gz reads数(如:1500) 或者 需要保留的数据比例(如:0.5) 其中-...

问题 各位老师好,我想问一下关于purge_haplogs 软件输出结果的问题

使用purge_haplogs软件对组装经过mecat软件组装的 基因组去冗余时,第一步输出read_depth图片时得到了这样的结果,请问是什么原因呢?

问题 请问老师我同学做简化基因组做物种鉴定,遇到这种问题。

...另外2条吗?老师急着要结果  同学急着毕业,测序公司WH,近期公司也不能工作。  很急!

文章 ggplot2 绘图 离散型颜色选择 ColorBrewer

...学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门...

文章 植物转录因子基因家族分类及对应的pfam号

...,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程6. 生物信息入门到...

问题 请问,利用Linux制作circos配置文件时,result文件无数据是什么原因

配置circos作图文件时,result文件夹能正常生成,也没有报错,但是result文件中,genome.blocklink.txt文件为空,genome.blocklink.txt文件只有aliment但是无数据,检查基因序号对应无误,不知道问题出哪里

问题 老师,我做甘蔗基因家族分析,发现hmmsearch完了之后得到的序列与传统的名称不太一样,因为他染色体命名好像是1A2A3A4A,1B2B3B4B这样的

第三行,后面跟着CDS请问是怎么回事

问题 转录组的差异基因的注释

...?如果这样的基因比较多,是否需要考虑更换基因组? 2.得到的全部差异基因中,按功能注释查找目的基因,可能会出来好几条差异基因,这样的情况下是不是需要把每条的核苷酸序列都拿到NCBI上进行比对,以确定是不是所...

问题 基因组注释解压 database.tar.gz.* 问题

老师您好,我解压基因组注释 database 时,总是出现如下错误: gzip: stdin: invalid compressed data--crc error database/eggNOG/latest tar: Child returned status 1 tar: Error is not recoverable: exiting now 我的做法是 cat database.tar.gz.* > database.tar.gz, ta...