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问题 请问有没有有关一个“科”物种转录组的汇总研究

大家好，老师好！ 我目前在研究某个科的物种，有一些针对该科物种的转录组研究，但是单独某一种的转录组研究却稀少。 请问有没有类似的研究：汇总某一科物种的研究并且寻找出公共的DEG，然后进一步分析。 有类似的研...

问题 基因家族只有2个基因，可以做共线性分析吗，想检测一下有无复制基因对

2个基因在同一染色体上，位置接近

文章 evolview 3.0最新更新美化进化树

... 上传完成之后，可以点edit，做一些进化树的基础设置，和2.0差不多： 3 高级设置 书写配置文件美化进化树美化进化树的配置文件设置格式与2.0 差不多，这里就不多做赘述了：

文章 遗传图构建-SNP标记分型

...的joinmap软件基因型编码如下： 这里介绍如何用SSR标记和SNP标记做分型： SSR标记分型 我们利用SSR标记扩增之后跑胶，就可以根据父母条带与子代条带分布，利用上表规则给子代分型了，其中aa代表与父本相同且纯合；bb代表...

问题 关于构建进化树的序列问题

...从结果来看家族基因成员都比较分散，很多都只是两三个在同一分支下，请问是否应该只用blast比对到的pep结果来分析？（之前公司给了一份该家族的整理文件，有进行成员的分类，但比我自己用模型搜索的成员多一倍，这个也...

问题 文献分析，只有BigWig文件能否完整做出下面的图像

在文献中《Global profiling of RNA-binding protein target sites by LACE-seq》没有发现他们的LACE-seq数据，只找到了他们处理后的BigWig文件，使用数据GSM4094532_MVH_1oocyte_rep1.bigwig进行后续作图时，用ChIPseeker包进行注释后发现与文献中的结果差别...

问题 sed -i 'ls/Marker/chr\tpos/' glm_pvale.txt sed: -e 表达式 #1, 字符 2: 命令后含有多余的字符↵

sed -i 'ls/Marker/chr\tpos/' glm_pvale.txt       sed: -e 表达式 #1, 字符 2: 命令后含有多余的字符↵ 报错怎么解决呢？

文章 大数据分析 Hbase Shell命令

...据操作语言）操作表的数据进行添加、修改、获取、删除和查询。 1. 插入数据给Hbase的test表的row1行 插入两个列。 hbase(main):034:0> put 'test','row1','cf1:name','tom' Took 0.0080 seconds hbase(mai...

问题 利用单拷贝直系同源基因蛋白序列做分歧时间树mcmctree

您好，我正在按照您之前写的步骤进行树的进化分歧时间计算，在过程我发生了一些报错，我觉得可能是软件安装的问题，请问我需要安装哪个版本的软件呢？ 比如我跑mcmctree mcmctree1.ctl时总报错：running codeml tmp0001.ctl  sh: codeml...

问题 扩增子OTU分析报错

...s: 1 Stdout: 用的ampliseq-q1:v1.2的版本，程序中所指向的SEQ和TAX文件都没有问题，并且按照指定的路径都能够打开。otu_params_de_novo.txt文件尝试了自己按照步骤生成的，也用了demo文件中之前有的。 log_20211117072900.txt 请老师帮忙...

文章 blast 建库报错：blast options error: *.fa does not exist

使用blast通过如下指令建库的时候遇到报错： makeblastdb -in *.fa -dbtype prot -title *.fa 解决方法，在库文件前面加上文件的绝对路径 建库成功。

文章 R 相关性系数计算 cor() 报错

...out = n) : 'length.out' must be a non-negative number 该报错发生在选择颜色的函数colorRampPalette()上，发现是给的值出现问题，而值来自于相关性计算后的矩阵，发现矩阵结果为： 原因是用cor()计算相关性时，矩阵中存在NA，cor()计算...

文章 Trinity报错“Error, not recognizing read name formatting”

在使用trinity做de novo的时候，发现软件报错了： 该报错指出fastq文件的reads名称不符合要求，于是查看了一下： 通过查询报错信息，认为可能是当前的reads名称让软件无法鉴别双端测序序列，于是做了如下的处理： 处理过之...

文章 芯片灰度图

...习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信...

问题 MEME motif 统计每条序列中motif的种类

老师，您好。我在做基因家族motif分析时，除了以图片形式直观展示motif分布以外，还想统计一下每条序列中motif的分布情况。请问该如何批量操作？ 在得到的结果文件中，有看到下图所示的motif信息。[ ]之间的括号以外的数字...