文章 蛋白质组分析软件MaxQuant

...件最新的一篇文章是发表在nature protocol 上，被广大科研工作者使用。 4. 免费： 在众多收费软件，或者需要lience 的软件中，该软件是免费的，可以自由的下载和使用 。  蛋白质组的分析软件虽然比较多，但主要是在windows 平...

用户 sias7015_Beï

文章 Bowtie2使用方法与参数详细介绍

对参考序列构建indexbowtie2-build genome.fasta index尝试使用前10000个reads进行比对bowtie2 -u 10000 -p 8 -x index -1reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam使用8个线程进行比对bowtie2 -p 8 -x index -1 reads1.fq -2reads2.fq -S out.sam比对的sam结果中添加了read group信...

文章 微生物多样性分类柱状图按照分组进行排序脚本升级；tax_bar_plot.r

...##################北京组学生物科技有限公司#author huangls#date 2020.07.29#version 1.1  增加样本按照fastmap的分组排序功能#学习R课程：#R 语言入门与基础绘图：# https://bdtcd.xetslk.com/s/2G8tHr#R 语言绘图ggplot2等等：# https://bdtcd.xetslk.com/s/2G8tHr###...

问题 LD绘图

...时候，用的参数是 PopLDdecay -InVCF  $workdir/00.filter/Europe-snp-2.vcf.gz \         -SubPop  ${i}_popid.txt -MaxDist 100 -OutStat ${i}.stat     Plot_OnePop.pl -inFile ${i}.stat.gz -output ${i}.ld 数据是50k的山羊SNP芯片，位点有43000个snp,做出来的图如下：感觉...

问题 jcvi报错'LayoutLine' object has no attribute 'sizes'

... "/share/work/biosoft/python/Python3/lib/python3.9/runpy.py", line 197, in _run_module_as_main     return _run_code(code, main_globals, None,   File "/share/work/biosoft/python/Python3/lib/python3.9/runpy.py", line 87, in _run_code     exec(code, run_globals)   File "/share/work/biosoft/py...

文章 电脑连接了无线网却显示无internet连接的解决

...win + R 输入  service.msc，唤起任务管理器的服务界面   2. 找到这三个选项进行重启 方法二： 1. 右下角wifi选项点击该wifi的属性选项 2. ip设置界面选择编辑，改成手动 3. IPv4进行编辑： IP地址需要选择一个无其他...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BCC 基底细胞癌（GSE123813）

...据慢慢给大家分享： 数据介绍： BCC 基底细胞癌（GSE123813），NCBI GEO数据下载地址： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE123813。 这个数据作者已经分析好，有原始的counts 还有注释好的metadata文件，可以使用我们的脚本直...

文章 进化树中bootstrap值设置

...也是非常的优秀。 设置方法 1.使用进化树“(A:0.1,(B:0.2,(C:0.3,(D:0.4,E:0.5)40:0.6)80:0.05)100:0.1)90:0.43;”进化树必须含有bootstrap值。 2.点击 “Basic > show/hide bootstrap scores” 打开bootstrap值的显示开关，MEGE MODE可以在小数与整数间切...

文章 R语言绘制多分组差异分析结果图

...值线 fc_cutoff <- 2 fdr_cutoff <- 0.01 3 读入数据 #设置工作路径 setwd("/share/work/wangq/piplines/class/ref/03.deg") data<-read.table("Volcano1.txt", header=TRUE,sep = "\t") head(data) 文件格式如下： ID    FDR    log2FC    clusterOs01g0140500    1.2...

文章 玉米遭受亚洲玉米螟为害时所诱导产生的直接和间接的防御反应及其生理生化和分子机制

...、5日龄幼虫、蛹及产卵；并且可以对玉米螟群体指标如净生殖率、内在增长率等产生负面影响；以上数据表明为害后玉米会产生对玉米螟的直接防卫反应。 5. 玉米螟为害后诱导挥发性物质产生及其在吸引腰带长体茧蜂中的作用...

文章 python代码到pubmed上搜索关键字，统计每年发文章数量

...atch: {e}") return [] def fetch_all_summaries(id_list, batch_size=200): """并发获取所有摘要信息""" batches = [id_list[i:i + batch_size] for i in range(0, len(id_list), batch_size)] all_summaries = [] with ThreadPoolExecutor(max_workers=4) as executor: # 最多并...

文章 NCBI 基因ID命名规则 Ensembl数据库ID命令规则

...后代表的是什么： NCBI中 前缀 意义 NM_/NP_ 已校正的mRNA/蛋白序列ID XM_/XP_ 软件预测的mRNA/蛋白序列ID NC_ 一般为染色体序列ID NG_ 基因序列ID NT_ 一般为contig序列ID ...

问题 ALLHIC1挂载出现问题

... DPNII。但是运行的时候，出现报错。报错如下：  Wed Jul 23 15:32:05 2025: PreprocessSAMs.pl: samtools view -bS sample.bwa_aln.sam -o sample.bwa_aln.bam       2 /share/work/biosoft/ALLHiC/ALLHiC/scripts/PreprocessSAMs.pl sample.bwa_aln.sam draft.asm.fasta DPNII       3   ...

问题 docker安装出错了

...to start   在 Docker.Engines.LinuxkitDaemonStartup.<WaitAsync>d__5.MoveNext() 位置 C:\workspaces\main-merge\src\github.com\docker\pinata\win\src\Docker.Engines\LinuxkitDaemonStartup.cs:行号 54--- 引发异常的上一位置中堆栈跟踪的末尾 ---   在 System.Runtime.Ex...