问题 在用WGCNA进行模块与性状数据分析的时候，做出如下热图，模块与性状之间的关联特别小，不知道这是因为数据本身引起的还是分析过程中设置的数据不合理？谢谢~

abline(h = 1000000, col = "red") minModuleSize = 80 MEDissThres = 0.35

问题 请问泛基因家族分析实操课程中老师用到的泛基因列表为什么和课程泛基因集构建得到的列表不一样呢？

老师课中 用到的泛基因列表为上面这张，我根据课程泛基因集构建做出的表为下面这个，为什么格式也不一样呢？另外，课程中用到的结构变异分析结果以及基因表达量数据表格，老师说提前下载的，请问哪里可以下载呢？

问题 gwas分析tassel软件GUI界面PCA文件，表型，和hapmap文件合不起来

GUI界面这三个文件进PCA文件，表型，和hapmap文件进行intersect JOIN的时候毫无反应。用代码跑就说Eorror：expecting argument beginning with dash: importGuess，但我看-fork2 importGUESS是表性文件。

文章 基因组版本 Primary 和 Alternate的区别

Primary assembly: a complete assembly with long stretches of phased blocks. The concept has been used by GRC. BAC-to-BAC assemblies can all be regarded as primary assemblies. Falcon-unzip is perhaps the first to produce such assemblies for whole-genome shotgun data.Alternate assembly: an incomplete...

问题 基因家族共线性分析的时候，水稻基因组按照脚本来还是查找不到想到了的 ，提取不出想要的序列

问题 GWAS课程中LD分析使用示例数据一直做不出来，检查很久都没有解决问题，麻烦老师进行解答。

问题 你好，想问一下在用wgcna分析时，导入后显示不允许有重复的row.names，请问这个问题怎么解决

> datTraits = allTraits[match(rownames(datExpr0),allTraits$tea),] > rownames(datTraits) =  datTraits[,1] Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : 不允许有重复的'row.names' 此外: Warning message: non-unique values when setting 'row.names':

问题 对于同一种系来源的生物体的基因组（比如都是人类的基因组），我要进行连锁不平衡分析，不同批次的数据对连锁位点的判断相同吗？

具体来说我想用plink删除基因组上连锁不平衡的位点，但我两份数据的位点数不一样，用同样的参数可以得到同样的连锁不平衡位点的集合吗？

问题 老师，请问我想分析水稻的某个基因家族，可是基因家族数量太大，有190多个，我不知道应该将研究重点放在水稻的这个基因家族上还是说挑出一个group来进行多个物种的进化分析？

问题 通过GWAS分析找到显著snp后，对这个snp进行单倍型分析，把群体分为了3种单倍型，结合表型做了显著性分析，发现3种单倍型的表型不存在显著差异，这样的结果说明这个snp是阴性结果吗？

问题 您好，我做全长转录组，我安装的软件isoseq3没有polish这个功能？请问我要安装isoseq3的哪个版本？

文章 经验总结：毕业论文怎么修改？怎么降低查重率？

... 最后的最后，还要对毕业论文进行查重!!! 查重是一个匹配的过程，是以句子为单位。如果文章中的一句话相同，或者软件检测到连续的13个字相同，就会被认为是雷同。重复部分会被标记为红色。 学霸姐姐作为过来人，给大...

问题 您好 请问我目前有一个miRNA的靶基因预测及GO分析和KEGG分析注释表格信息 可以做网络图吗 我在网络课堂里看到的演示和我的还是不完全一样 有一些疑问

问题 老师，您好，恳请帮助，请问VPA方差分解分析中交叉部分为负值，并且可解释部分＋不可解释部分不为1，这个怎么解释呢

文章 10X Visium空间转录组图像

...像处理性能均匀，输入图像会根据拍摄组织切片的载玻片版本进行下采样。（需要注意的是，在Space Ranger内部进行的任何下采样都不会影响在Loupe Browser中的可视化，后者总是使用全分辨率的输入图像。） 图像位置的要求： ...