问题 设置共享文件夹输入mkdir share后，出现mkdir: cannot create directory ‘share’: File exists

问题 设置共享文件夹输入mkdir share后，出现mkdir: cannot create directory ‘share’: File exists

文章 HGMD人类变异数据库ANNOVAR注释使用转换格式

...repare_hgmd.pl HGMD_PRO_2016.4_hg19.vcf hg19_HGMD_PRO_2016.4.txt my ($dbfile) = $ARGV[0];my ($outfile) = $ARGV[1];open (FH, "perl /share/work/biosoft/annovar/2018Apr16/annovar/convert2annovar.pl -format vcf4 -include $dbfile |") or die "Error: cannot read from dbfile $dbfile: $!\n";if ($outfile) ...

问题 基因与mRNA的对应关系（两个，一个mRNAid_to_geneid，一个geneid2mRNAid），两个文件一般都是相等，那不相等的话意味着什么呢？

，基因与mRNA的对应关系（两个，一个mRNAid_to_geneid，一个geneid2mRNAid），两个文件一般都是相等，那不相等的话意味着什么呢？对不对

文章 inferCNV 测试

..../infercnv.r -i ../BCC_GSE123813.qs  \   -r "T_cells"   --annotations_file  ../cellanno_selected.tsv  --gene_location ../hg38_gencode_v27.txt \      --cpu 20 --hmm  --denoise  --analysis_mode subclusters  --cluster_by_groups Rscript ../infercnv.r -i ../BCC_GSE123813.qs  \   -...

问题 No file mirdeep_runs/ tmp/precursors.fa_stack found

老师 你好 我在mirdeep2中也遇到了这个问题 在github中详细看了问题 重新把基因组bowtie后 运行 依然出现了上述的问题 请问你有什么好的解决办法吗 谢谢

问题 扩增子分析：qiime 聚类生成OTU-denovo方法分析报错

...;     -p otu_params_de_novo.txt Traceback (most recent call last):   File "/biosoft/miniconda/envs/qiime1/bin/pick_de_novo_otus.py", line 180, in <module>     main()   File "/biosoft/miniconda/envs/qiime1/bin/pick_de_novo_otus.py", line 177, in main     status_update_callback=sta...

问题 python_mcscan,error-OSError: [Errno 2] No such file or directory: 'kpsewhich'

问题 ascp: Source file list not specified, exiting.老师请回答下，下载过程中我这个是什么问题

文章 NCBI基因组数据格式修改

...    Forced parameter:        -gff        genoma gff file           <infile>      must be given        -fa         genoma fasta file         <infile>      must be given        -p          prote...

文章 linux之sed用法详解

...动作编辑； -f∶直接将 sed 的动作写在一个档案内， -f filename 则可以执行 filename 内的sed 动作； -r∶sed 的动作支援的是延伸型正规表示法的语法。(预设是基础正规表示法语法)   -i∶直接修改读取的档案内容，而不是由萤幕输...

问题 在eclipse中安装statET时出现问题

...eclipse中安装statET时出现：An error occurred while collecting items to be installed，具体如下：An error occurred while collecting items to be installedsession context was:(profile=epp.package.committers, phase=org.eclipse.equinox.internal.p2.engine.phases.Collect, operand=, action=).Una...

问题 老师，关于PASApipeline配置的问题

...asa_run.log.dir/output.annot_loading.69620.out died with ret 65280 No such file or directory at /ldata/xiongmei/ceshi/PASApipeline.v2.4.1/PerlLib/Pipeliner.pm line 187. Pipeliner::run(Pipeliner=HASH(0x1a2a6b0)) called at /ldata/xiongmei/ceshi/PASApipeline.v2.4.1/Launch_PASA_pipeline.pl line 1044

文章 BiocManager::install("metagenomeSeq") 报错：77 -fpic -g -O2 -c blkest.f -o blkest.o

...mooth’ ...** package ‘KernSmooth’ successfully unpacked and MD5 sums checked** using staged installation** libs77  -fpic  -g -O2  -c blkest.f -o blkest.omake: 77: Command not foundmake: *** [blkest.o] Error 127ERROR: compilation failed for package ‘KernSmooth’* removing ‘/share/work/b...

问题 各位老师好，我在使用geneid_to_mRNAid脚本提取自己基因组gff文件时报错了,但提取其他的是正常的,请问是怎么回事?