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文章 enrichGO_pip.r GO富集分析

使用说明 Rscript $scriptdir/enrichGO_pip.r  -husage: /work/my_stad_immu/scripts/enrichGO_pip.r [-h] -g gene.list [-d ann.db]                                                 [-t idtype] [-s show.type]                                              ...

问题 老师,我有141样品,现在IndexFeatureFile,tabix,bcftools都无法成功构建gvcf的索引,只有CSI格式能成功索引,这格式在后续也用不了,这gvcf索引还有其他的解决办法嘛,还是说我只能重新生成vcf文件了

问题 第一张图片为smart,没有查询到结构域。第二张图片为interpro,共有135条序列,最后显示结果为118。图3为CDsearch查询结果,为135条。最终形成的新的IDlist是不是以interpro为准,118ID

问题 我的关注的头足类和其他贝类的进化关系,涉及5头足类物种4其他贝类,基因集这里基本上都包括这五头足类物种了,是说明头足类物种进化出或者在这些富集基因多的通路上和其他贝类不同了吗?

我的关注的头足类和其他贝类的进化关系,涉及5头足类物种4其他贝类,基因集这里基本上都包括这五头足类物种了,是说明头足类物种进化出或者在这些富集基因多的通路上和其他贝类不同了吗?

文章 抗体生产的三阶段-重组抗体的几种形式详解

...用此技术生产的Fab片段较酶切全长抗体获得的Fab片段具有更好的质量。   scFv可以在微生物系统如E. coli中表达, 也可以通过瞬转技术在哺乳动物细胞中表达。义翘神州具备在不同系统中表达不同抗体片段的能力,您可以根据实...

问题 ParaAT比对结果产生空的cds_aln.fasta文件

...ads -format fasta -m muscle -verbose 但是产生的结果文件中,有3基因的pep_aln是有序列的,但相应的cds_aln.fasta是空的,请问老师这是什么原因造成的呢?

问题 泛基因家族分析,Ka/Ks分析

...因家族分析中Ka/Ks分析,得到了密度分布图上,只显示107基因(除去832私有基因外,还有118基因),然后我查看all_kaks文件,有很多的NA值,另外,还有一些值非常大,比如GRAS41  2128.0700 GRAS9   2128.0700 GRAS40  29.2632 GRAS97...

文章 基因家族分析--低成本SCI文章思路

...公共数据结合自己的实验发一篇SCI?基因家族分析无疑是低投入、高产出的好选择。今天我们就拿2018年发表的一篇文献跟大家聊聊这类文章是怎么做的! 纵观全文,其主纵观全文,其主要的分析内容包含了常规的基因家族...

问题 gatk VariantFiltration这一步的过滤,我看到gatk 官网上SNP和indel的过滤条件有点不一样。是否可以把SNP和indel从all.raw.vcf.gz提取出来各自硬过滤后再合并做后面的分析?

问题 SV与家族基因的保守结构域分析

老师,我再做谷子SV与一基因家族的保守 结构域分析时,首先找到了最多SV overlap的家族基因的品系,找到了L30(它有15变异,有几其他基因组是14),发现它和参考基因组之间10条logo图,只有一条没有对的上,正确 吗,...

文章 常用的蛋白标签的功能和优点有哪些?

...蛋白的亲和纯化。   1.Flag标签蛋白   Flag标签为编码8氨基酸的亲水性多肽(DYKDDDDK),其融合表达目的蛋白后具有以下优点:   1)作为融合表达标签,Flag通常不会与目的蛋白相互作用并且通常不会影响目的蛋白的功能、...

问题 老师,我在看菠萝的WRKY基因家族分析时,在看到基因组间共线性分析时有词orthologous pairs不懂是指啥意思,原本我以为指的是红线菠萝WRKY基因家族,但是貌似不是这样的,请老师指点迷津

文章 TCGA临床数据中的TNM分期,如何转换成WGCNA分析中的性状数据

...,1两种值,不同的分类转换成是与不是两种可能性。 举例子,TNM分期, 假设T有3分期分别为T1,T2,T3; N有两分期N1,N2; M有3分期M1,M2,M3。 总共有8不同的分类,那么TNM一分类,就变成了8性状分类,出现的性状为1...

问题 老师您好,我测定的是土壤微生物的宏基因组,在进行物种注释时选择的kraken的标准库,但注释出来可比对的物种注释率较低,好几样本都低于30%,这样合理吗?如果不合理,我该如何解决呢?

问题 老师,您好,我在运行gatk的HaplotypeCaller时主脚本通过 SLURM 调度系统提交作业,使用 GNU Parallel 并行处理多样本并调用 HaplotypeCaller 脚本,目前运行了约六七小时,我的工作日志.err和.out都为空这是正常的吗?