前面我们介绍了TCGAbiolinks下载数据，这里详细介绍一下如何下载临床数据： TCGA中三种临床数据类型： TCGAbiolinks中临床数据有以下三种类型，以及他们的区别如下： In GDC database the clinical data can be retrieved from different sources: ...
clinvar是一个开放的数据库，每个研究机构都可以向其提交数据，对于提交的信息，会有专家团队进行审核评级。对于数据库中的位点，根据注释信息的可靠性，分成了1到4个不同的星级，星级越高，可信度越高。 数据库地址...
...个基因外均有保守的motif 1 和 motif 2（Supplementary Figure S1 数据未能找到）；TCP家族基因保守结构域包含Basic、Helix I、 Loop和Helix II 4个motif，并且class I (PCF) 与class II（CIN and CYC/TB1）相比，存在一个4个氨基酸的缺失，如下图： 4. TCP...
...很全的信息嘛？就不做筛选，给出特别多，或者直接代码数据一个压缩包发过来，"来，帮我改改"。或者大段的文字，有时还是直接拷贝的英文直接发过来。考没考虑过潜在回答者的心理阴影？作为求助者，要给别人提供最好的...
转录组分析时，差异表达基因的筛选标准一般为：Fold Change 大于等于2且FDR小于等于0.01，如果差异表达基因数量太少可以适当降低标准，差异表达基因数量太多适当调整。还有那些因素会影响差异表达基因的数量呢？ 第...
不太理解就是当所有的下机数据合并成vcf文件，后续需要建树和扫描清除分析时应该怎么填写分组txt？
想要下载结肠癌的数据，原发位点为colon，按照老师的代码，报错，求老师指导 本想在老师帖子下边回复，可是评论不能分段，挤在一起太乱了。 以下是按老师代码简单改了改 resp = cases() %>% filter(~ project.project_id=='TCGA-COAD'...
...2场超实用的直播小课-《让AI帮你绘图》和《让AI帮你处理数据》（限时优惠仅需0.99元），课程围绕 AI等人工智能在多组学数据分析中的强大应用展开，帮你轻松搞定多个重要的组学数据分析及绘图可视化！仅需说话就能处理数...
利用limma 包进行芯片数据差异分析，需要按照分组信息构建分组矩阵，基于model.matrix函数完成，获得的分组矩阵结构类似下方显示结果： > design A BGSM1626001 1 0GSM1626002 1 0GSM1626003 1 0GSM1626010 0 1GSM1626011 0 1...
...个组织收集和整理了各种大规模的外显子和全基因组测序数据，并面向全世界免费开放。在它的第一个版本中，只包含了外显子测序的数据，称为Exome Aggregation Consortium(ExAc)。 官方网址如下： http://gnomad.broadinstitute.org/about ...
...境）就可以进行GSEA分析。 打开分析软件，第一步是载入数据，如下图所示，点击红箭头指向的1出的Load data会出现右边的界面，从箭头2处点击载入要分析的数据，包括表达数据和表型数据，如果数据格式正确就会弹出箭头三处...
按照图片中的代码输入文件数据，能够读出dim（FPKM）和names（FPKM）。但是datExpr0命令之后是显示一串空白之后，显示omitted 30 rows（即全部数据都没读出来）。我是把excel表格中的所有数据复制，直接粘贴到新建的txt文件中的，...