文章 ssGSEA.r 单样本基因集富集分析

...optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i expset, --expset expset                        input gene expression set matrix from RNA-seq data csv                        format [required]  -g geneset, --geneset geneset          ...

问题 hmm文件搜索问题

...麦基因家族分析时筛选得到的Terpene_synth_C_removed_redundant_and_confirmed_IDlist.txt这个文件的基因是141个，运行下面的命令，得到的Terpene_synth_C_domain_new_out_removed_redundant.txt这个文件怎么是147个？谢谢老师 ！ manager@bl8vbox[gene_family_my]  pe...

问题 R gsl 报错

...~~ make: *** [/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/etc/Makeconf:169: ellint.o] Error 1 ERROR: compilation failed for package ‘gsl’ * removing ‘/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/gsl’ The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpSMiwnl/downloaded_packages’ Updatin...

文章 bam文件出现负坐标

...供处理选项                    elif start_pos <= cut_pos and end_pos > cut_pos:                        # 选项1: 跳过跨越切割点的特征                        # print(f"警告: 第{line_num}行特征跨越切割点，已跳过 (染色体 {chrom}, ...

问题 GDCdownload(query = query, directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client')下载TCGA数据时出现In if (grepl("^https?://", url)) { : 条件的长度大于一，因此只能用其第一元素 错误，数据下载不下来

文章 外源插入位置查找好方法

...o probe cell wall regulation in Cryptococcus neoformans. Fungal genetics and biology : FG & B. 2015;82:9-21. doi:10.1016/j.fgb.2015.06.003.

问题 采用RSeQC 对bam 文件进行质控分析时，用inner_distance.py报错。

...实验质量评估，采用RSeQC 对bam 文件进行质控分析时，用inner_distance.py报错。 报错信息： manager@bl8vbox[QC] inner_distance.py -i /home/manager/rnaseq/work/3.alignments/hisat2/UHR.bam    -r stringtie_merged.bed  -o UHR_inner_size Traceback (most recent call last): ...

文章 MYSQL数据库常用语句命令

...    # 返回集合中最小的值1SELECT mod(5,3);    # 余数2SELECT rand();    # 返回０到１内的随机值，每次不一样SELECT rand(5);   # 提供一个参数(种子)使RAND()随机数生成器生成一个指定的值。SELECT round(1415.1415);   # 四舍五入1415SELECT round(1...

文章 使用R语言安装包编译时gcc标准报错——“error: for loop initial declarations are only allowed in C99 mode”

使用BiocManager安装Biostrings包的时候报错了： BiocManager::install("Biostrings",force=TRUE) 报错信息提示是gcc标准的问题，应该使用C99标准，可以使用withr包指定使用标准： with_makevars(c(PKG_CFLAGS = "-std=c99"), + BiocManager::install("Biostrings",force=T...

文章 GATK外显子测序数据肿瘤体细胞突变数据分析

...rences_hg38_v0_Homo_sapiens_assembly38.dbsnp138.vcf \ --known-sites Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg38.vcf.gz -I N154.sort.dedup.bam -O N154.sort.dedup.bam.tablegatk BaseRecalibrator -R Homo_sapiens_assembly38.fasta \ --known-sites references_hg38_v0_Homo_sapiens_assembly38.dbsnp138.vc...

问题 非模式物种建立注释库问题

...column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message. Error in file(file, "rt") : cannot open the connection Calls: read.table -> file In addition: Warning message: In file(file, "rt") :   cannot open file 'NA/pathway2name.tsv': No such file or directory Execution halted 已...

文章 FGF21突变让你吃多甜食也不发胖？

...gar Intake Is Associated with Body Shape, Lower Total Body-Fat Percentage, and Higher Blood Pressure[J]. Cell Reports, 2018, 23(2): 327-336.

问题 基因家族解析报错

根据课程学习中，执行代码orthofinder.py  -f pep  -S diamond  -M msa  -A muscle  -T fasttree  -t 1 -a 1 后，后台nohup文件报错如下，但是查看了文件权限和文件的实际路径都有该文件，且文件大小不为0。这几天运行了好几次，都是卡在这个...

文章 转录组+sRNA+降解组=7分文章

...文献：Han X, Yin H, Song X, et al. Integration of smallRNAs, degradome and transcriptome sequencing in hyperaccumulatorSedum alfrediiuncovers a complex regulatory network and provides insights into cadmium phytoremediation:[J]. Plant Biotechnology Journal, 2016, 14(6):1470-1483.

问题 老师，请问做Conet 构建的时候只有两个样本，但是有多个环境因子能做图吗？我导入数据报错了“After filtering, less than 3 columns remain in the input matrix!”请问该如何解决呢？

...图？ Error message: java.lang.IllegalArgumentException: After filtering, less than 3 columns remain in the input matrix! at be.ac.vub.bsb.cooccurrence.conversion.MatrixFilterer.filter(MatrixFilterer.java:376) at be.ac.vub.bsb.cooccurrence.conversion.Preprocessor.processMatrix(Preprocessor....