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问题 perl求助,基因ID的对应替换perl脚本怎么写

...的Bna基因ID对应替换上去,perl脚本该怎么写。。 #!/usr/bin/perl ;#usage:perl repalce.pl list.file fa.file out.fileopen LIST,$ARGV[0];open FAFILE,$ARGV[1];open OUT,">$ARGV[2]";undef $/;#$in=<FAFILE>;#study $in;$/="\n";#while(<LIST>){    chomp;    my($new,$old)=...

问题 perl求助,基因ID的对应替换perl脚本怎么写

...的Bna基因ID对应替换上去,perl脚本该怎么写。。 #!/usr/bin/perl ;#usage:perl repalce.pl list.file fa.file out.fileopen LIST,$ARGV[0];open FAFILE,$ARGV[1];open OUT,">$ARGV[2]";undef $/;#$in=<FAFILE>;#study $in;$/="\n";#while(<LIST>){    chomp;    my($new,$old)=...

文章 最新基因家族分析文献详解-冬枣扩展蛋白基因家族分析-11月8日接收

...:2区)上的题为: Genome‑wide identifcation, characterization, and expression analysis of the expansin gene family in Chinese jujube (Ziziphus jujuba Mill.) 的冬枣中扩展蛋白家族(expansin gene family)分析文章,一起来看一看,基因家族需要做哪些分析就能...

文章 biolinux安装matplotlib时报错

biolinux的Ubuntu系统上安装matplotlib时报错: sudo pip install matplotlib 遇到报错: Downloading tornado-5.0.2.tar.gz (506kB): 506kB downloaded   Running setup.py (path:/tmp/pip_build_root/tornado/setup.py) egg_info for package tornado     Traceback (most recent call last): ...

文章 BWA比对及Samtools提取mapped reads

...: 1:Only READ1 is set. 2:Only READ2 is set. O:Either both READ1 and READ2 are set;or neither is set. 对于PE测序reads,同时指定-1 R1.fq-2 R2.fq-s singleton.fq 时,samtools会将flag1和flag2配对的序列分别输出到-1-2指定的文件,对于无法匹配的flag 1/2,...

文章 GEO数据挖掘生物信息文章解读(直肠癌)

...GEO数据库当中找到三个直肠癌相关的数据GSE32323, GSE74602, and GSE113513,分别做差异分析。然后,又下载TCGA当中的直肠癌相关的转录组数据做差异分析,差异分析结果绘制火山图(下图 A)。对于4组数据当中的差异基因按照上调基...

文章 人类miRNA-mRNA 与 miRNA-lncRNA 靶向数据库总结

...ded from starBase v3.0 (18), DIANA-Tarbase v8 (19), miRTarbase (v7.0) (20) and miRSponge (21) databases, while the experimentally validated miRNA-lncRNA pairs were extracted from starBase v3.0 (18), LncACTdb2.0 (22), DIANA-LncBase Experimental v.2 (23) and miRSponge (21) databases.  https://www....

文章 ValueError: invalid literal for int() with base 10: ''

...绘制共线性绘图时报错如下: 运行命令如下: /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.graphics.karyotype  --format=pdf  --figsize=15x5 mcscan_seqid mcscan_layout 报错信息如下: markers', 'networkx.algorithms.community.__future__', 'networkx.generators.atlas', 'n...

文章 perl 中批量创建不同的文件,用于文件批量分隔成小文件

...一段小代码 use FileHandle;use PerlIO::gzip;if ($ARGV[4]=~/gz$/){open IN, "<:gzip", "$ARGV[0]" or die "$!  actions";}else{open IN, "$ARGV[0]" or die "$!";} #批量创建文件,把创建的文件句柄放到,hash中存储; my%fout=();for my$i (1..10){my $f=FileHandle->new("> ${i}...

问题 perl双层哈希赋值

...提取时: use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;use Data::Dumper;#输入序列$in = Bio::SeqIO->new( -file   => "C:/Users/Administrator/cds.fa", -format => 'Fasta'); #读取IDmy $count=-1;my %ID;open IN, "C:/Users/Administrator/KAKS.txt" or die "$!";        #这个文件是blast输出并...

文章 计算Kaks时批量提取多对基因的序列

...gt;" unless ( @ARGV == 3 );use Math::BigFloat;use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;$in = Bio::SeqIO->new(        -file   => "$ARGV[1]",        -format => 'Fasta');my %gene;while ( my $seq = $in->next_seq() ) {        my ( $id, $sequence, $desc ) = ( $seq->id, $seq->se...

文章 IF=5.7 | 转录组数据揭示类风湿关节炎的临床诊断模型

...题为Integrated analysis of single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, Mendelian randomization, and eQTL reveals T cell-related nomogram model and subtype classification in rheumatoid arthritis 的转录组分析文章 ” 文章借助单细胞转录组数据、芯片转录组数据以及eQTL遗传变异...

问题 用Conet对Otu构建网络时,参数的设置问题

请问老师,在用Conet对Otu构建网络时,在percessing and filter过滤部分input filter---method--row minicc中输入的数字的含义是什么,这个数字的大小根据什么确定呢? 在Method menu进行相关性、相似性以及距离计算方法的选择。比如我只想保...

文章 picrust2用法

...ID中注释信息,避免错误:no ASV ids overlap between input FASTA and sequence abundance table get_fa_by_id.pl $workdir/5.pick_otu_qiime/pick_de_novo_otus/otu_table_clean.txt $workdir/5.pick_otu_qiime/pick_de_novo_otus/rep_set/qiime_rep_set.fasta rep_set.farm -rf picrust2_outpicrust2_pipeli...

文章 转录组测序分析数据库介绍

...16个主要的数据库,并用不同的颜色进行区分。 Genetic Information Processing (遗传信息处理)Metabolism (新陈代谢) Environmental Information Processing (环境信息处理) Cellular Processes (细胞过程) Organismal Systems (生物系统) ...