找到约 15 条结果

文章 cactus下载

...组的时候需要用到Progressive Cactus 参考文章:Dense sampling of bird diversity increases power of comparative genomic 下载: 软件github:https://github.com/ComparativeGenomicsToolkit/cactus 选择的是Pre-compiled Binaries Linux Tarball这个版本: wget https://github.com...

问题 鲁棒性检验代码

...  g4      g5      g6Chip1 2504.19 2229.21 3024.23 3509.83 1938.45 735.089Chip2 3029.66 2878.98 2412.68 4291.43  902.45 771.696Chip3 4280.25 3702.75 4053.38 5346.73 1251.64 714.212Chip4 3763.27 2968.65 3326.00 3758.37 1630.62 792.536Chip5 2433.61 2130.91 2466.12 3634.65 1444.51 794.392Chi...

文章 合并不同sample的vcf文件,通过bcftools

...ssed VCF [v] -l, --file-list <file> read file names from the file 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:...

问题 基因家族分析时获取基因与mRNA的对应关系

错误提示:Use of uninitialized value $pid in exists at script/mRNAid_to_geneid.pl line 40, <IN> line 188156 gff文件内容有什么问题

文章 linux用户管理命令介绍

...:sudo 是通过另一个用户来执行命令(execute a command as another user),su 是用来切换用户,然后通过切换到的用户来完成相应的任务,但sudo 能后面直接执行命令,比如sudo 不需要root 密码就可以执行root 赋与的执行只有root才能执行...

文章 An introduction to PERMANOVA and ANOSIM

PERMANOVA(Permutational Multivariate Analysis of Variance)和 ANOSIM(Analysis of Similarities)都是用于分析和比较群组间多元数据差异的统计方法。它们特别适用于生态和环境科学领域,但也可应用于其他需要分析复杂数据集的科学研究。这两...

文章 2区SCI赏析—木麻黄中MYB基因家族鉴定及其在盐胁迫中的响应

...豫时,人家已经向2区期刊进发了!今天给大家分享一篇2021年7月8日(上周四)发表于BMC Plant Biology(2区,IF=3.497)题为“Genome-wide analysis of MYB transcription factors and their responses to salt stress in Casuarina equisetifolia.”的基因家族分析文...

文章 BIOM 微生物数据格式及文件转换

... otu_table1.biom#Split otu_table.biom into per-study OTU tables, and store the results in ./per_study_otu_tables/ split_otu_table.py -i otu_table.biom -m Fasting_Map.txt -f Treatment -o per_study_otu_tables#Split otu_table.biom into multiple biom tables based on the Treatment and Color of the sampl...

问题 急求gene pattern的submap教学

...谢谢! 图来自文献Metabolism-associated molecular classification of hepatocellular carcinoma(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7138397/#mol212639-sup-0002)FigS3.

文章 ggplot2点图geom_point中点的shape有多少?

...an integer in [0, 25], # a single character-- which uses that character as the plotting symbol, # a . to draw the smallest rectangle that is visible (i.e., about one pixel) # an NA to draw nothing p + geom_point() p + geom_point(shape = 5) p + geom_point(shape = "k", size = 3) p + geom_point(shape =...

文章 IF=13.8 | 甘油/二醇脱水酶是后肠发酵食肉动物肠道微生物群的关键功能

...Trait-based study predicts glycerol/diol dehydratases as a key function of the gut microbiota of hindgut-fermenting carnivores(Saccharum spontaneum)”的文章,文章将pdu 基因簇作为一种多功能性状与环境条件和微生物群落组成联系起来,发现利用甘油/1,2-PD 的能...

文章 44家机构联合破解巨型鱿鱼基因组!

...献:Brejova B, Albertin C B, Silva F, et al. A draft genome sequence of the elusive giant squid, Architeuthis dux[J]. 2019. 延伸阅读: 1. 国宝吃竹子并非发自内心 2. 龙的基因组公布啦! 生物信息专业培训点击进入

文章 python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

...0:34:31 [base] Load file `grape.peach.last` 20:34:38 [blastfilter] running the cscore filter (cscore>=0.70) .. 20:34:39 [blastfilter] after filter (294217->31229) .. 20:34:39 [blastfilter] running the local dups filter (tandem_Nmax=10) .. 20:34:39 [blastfilter] after filter (31229->21089) ....

问题 WGCNA中运行给的filter代码后显示没有变量 如何解决

老师,请问用自己的数据,前面处理都没有问题,运行filter部分前还是'data.frame': 15 obs. of 24897 variables,运行给的filter部分代码后,总是显示0 variables,请问该怎么解决呢?谢谢

问题 用Tassel转vcf为hapmap格式文件

...:736691630   Name:S7A_736691630  Variants:T/C     MAF:NaN Ref:T out of order.