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问题 用Tassel转vcf为hapmap格式文件

...:736691630   Name:S7A_736691630  Variants:T/C     MAF:NaN Ref:T out of order.

文章 python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

...0:34:31 [base] Load file `grape.peach.last` 20:34:38 [blastfilter] running the cscore filter (cscore>=0.70) .. 20:34:39 [blastfilter] after filter (294217->31229) .. 20:34:39 [blastfilter] running the local dups filter (tandem_Nmax=10) .. 20:34:39 [blastfilter] after filter (31229->21089) ....

文章 生存分析的Cox回归模型(比例风险模型)R语言实现及结果解读

...ll:coxph(formula = Surv(time, status) ~ sex, data = lung)  n= 228, number of events= 165        coef exp(coef) se(coef)      z Pr(>|z|)   sex -0.5310    0.5880   0.1672 -3.176  0.00149 **---Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1    ex...

文章 Nature:2019年度最佳科学图片top10,总有一张震撼到你!

...研那些事儿呈现给大家,关注一个好不啦~ 参考资料: The best science images of the year: 2019 in pictures

文章 三代全长转录组鉴定红花黄酮类次代物合成相关相关基因-附原文献下载!

...发表在BMC Genomics上题为:Full-length transcriptome sequences and the identification of putative genes for flavonoid biosynthesis in safflower 的红花三代全长转录组文章。 背景: 红花(拉丁学名:Carthamus tinctorius L.),别名:红蓝花 、刺红花,菊科、...

问题 文献分析,只有BigWig文件能否完整做出下面的图像

在文献中《Global profiling of RNA-binding protein target sites by LACE-seq》没有发现他们的LACE-seq数据,只找到了他们处理后的BigWig文件,使用数据GSM4094532_MVH_1oocyte_rep1.bigwig进行后续作图时,用ChIPseeker包进行注释后发现与文献中的结果差别...

文章 三代转录组,当前你不可忽视的研究手段

... 参考文献: Cheng B, Furtado A, Henry R J. Long-read sequencing of the coffee bean transcriptome reveals the diversity of full-length transcripts[J]. Gigascience, 2017, 6(11):1-13. 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章,沟通...

文章 进化树构建方法及原理

...是最大似然法,然后是最大简约法。 Hall BG. Comparison of the accuracies of several phylogenetic methods using protein and DNA sequences. Mol Biol Evol. 2005 Mar;22(3):792-802. doi: 10.1093/molbev/msi066. Epub 2004 Dec 8. Erratum in: Mol Biol Evol. 2005 Apr;22(4):1160. PMID: 15590907.

文章 ggalluvial 展示ceRNA调控关系

...程度。 参考文献 Construction and comprehensive analysis of a ceRNA network to reveal potential prognostic biomarkers for hepatocellular carcinoma.

文章 安装R包ggpubr 报错

...ibrary/cpp11/include/cpp11/protect.hpp:186:5: warning: control reaches end of non-void function [-Wreturn-type]     }     ^make: *** [cpp11.o] Error 1ERROR: compilation failed for package ‘tidyr’ 这个是因为R更新4版本以后的报错,而你的R版本是3.* 所以报...

文章 当下,转录组文章怎么写?

...I, Whatmore P. Transcriptome profiling of lentil (Lens culinaris) through the first 24 hours of Ascochyta lentis infection reveals key defence response genes.[J].BMC genomics, 2018, 19(1):108. 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章...

问题 老师您好,我根据教学指导试了很多次都不能将vcf文件转换成phy文件,重新运行还是显示这种,求解决方案

...>     -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter /biosoft/tassel5/lib/javax.json-1.0.4.jar:/biosoft/tassel5/lib/colt-1.2.0.jar:/biosoft/tassel5/lib/jcommon-1.0.23.jar:/biosoft/tassel5/lib/trove-3.0.3.jar:/biosoft/tassel5/lib/itextpdf-5.1.0.jar:/biosoft/tassel5/lib/ahocorasick-0....

问题 网易云课堂WGCNA-加权基因共表达网络分析问题

...码和数据,前面出图和老师的一样,卡在这步 sft = pickSoftThreshold(datExpr0, powerVector = powers, verbose = 5) pickSoftThreshold: will use block size 2938.  pickSoftThreshold: calculating connectivity for given powers...    ..working on genes 1 through 2938 of 2938 Error i...

文章 再挖TCGA,发篇SCI

...lular Physiology and Biochemistry(IF=5.5)上题为Genome-Wide Analysis of Prognostic lncRNAs, miRNAs, and mRNAs Forming a Competing Endogenous RNA Network in Hepatocellular Carcinoma 的文章为例,详细介绍下该类文章的写作思路! 该文章思路清晰明了,分别针对癌症...

问题 R语言“had non-zero exit status”安装报错

在linux  R语言安装某些R包时,出现以下报错,在网上搜了一些解决办法仍未能解决。 In install.packages(...) : installation of package ‘muscle’ had non-zero exit status