找到约 15 条结果

文章 你了解SAM和BAM文件吗

...M格式简介 SAM文件由头文件和map结果组成。头文件为注释信息,以@开头,可有可无,就不做多介绍了。重要的是比对结果,例如这样的: E00514:173:H3C3JCCXY:4:1124:12398:67234    337 Chr00   32904   0   150M    Chr09   33498107  ...

文章 Mapchart位置坐标小数点后数字调整

...家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不...

问题 stringtie定量出现问题

命令如上。 报错信息如下:上面显示成功完成了,但是结果文件却是空的!不知道为什么!

文章 proteusTMT 分析蛋白质组数据时,meta文件的格式是怎么样的?

...分析。 其中比较关键的是如何在meta文件中设置样本标记信息和分组信息。 meta文件,格式(采用tab 分割)如下: measure experiment sample    condition replicate Reporter intensity 0 1 A-1 A 1 Reporter intensity 0 2     A-2     A     2 R...

问题 预测顺势作用元件

在预测顺势作用元件时,提取基因位置信息后,若基因显示在反链,是不是要进行基因序列反向互补后才能进行顺势作用元件预测?

文章 pheatmap绘制热图详解

...”, “1e-3”, “1e-2”, “1e-1”, “1”)annotation_row行的分组信息,需要使用相应的行名称来匹配数据和注释中的行,注意之后颜色设置会考虑离散值还是连续值,格式要求为数据框annotation_col列的分组信息,需要使用相应的列名称...

文章 rmvnorm函数生成随机矩阵

...是负数 推荐课程:R语言入门、R语言画图 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解...

问题 IBD 计算2

我怎么把我计算的文件传给你,你看看, 我感觉我的格式都没有问题,因为没有报错信息,但是计算出来的值都是0

问题 有参转录组分析第五步5.deg Error in newCountDataSet报错

...中所生成的all_gene_count.tsv、all_gene_fpkm.tsv两个文件的head的信息 注:我在第四步中所生成的all_gene_count.tsv、all_gene_fpkm.tsv两个文件进行了一些修改: ① 由于我是下载别人上传的SRA的数据,只有两个重复,我将每组样品的两个重...

文章 外显子测序解析卵巢早衰的遗传因素

...19),利用GATK的HaplotypeCaller方法进行变异检测,并对变异信息进行过滤,去掉不可靠的变异。然后利用ANNOVAR软件对变异信息进行注释,以发现变异位点与基因的关系,以及是否为有害突变。数据比对结果如下表: 疾病相关基...

问题 TPM标准化

转录组TPM标准化需要基因的长度信息,这个基因的长度是指基因本身的长度,还是CDS的长度?

文章 微生物多样性16S计算物种累计曲线

.../ITS/18S分析原理及结果解读示例数据下载:otu_table.rar生物信息入门到精通必修基础课:linux系统使用、biolinux搭建生物信息分析环境、linux命令处理生物大数据、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图、R语言快速入门与提高、py...

问题 提取基因在染色体位置时发现gff3文件中的染色体编号不好理解。疑惑。

...在染色体位置时,发现有两个基因死活提取不到基因结构信息和染色体位置信息。ctrl+F输入关键词(基因名称)去查找,又能找到。结果发现在这段序列注释里,ID前后名称不太一样,一个叫“Phatr3_Jdraft52”,另一个叫“Phatr3_dra...

问题 导入OVA虚拟机失败

导入虚拟机OVA文件失败,下图是对话框显示的错误信息,请老师解答,谢谢!

问题 admixture绘制群体结构图

admixture绘制群体结构图  如何添加分组信息