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问题 老师您好，我这个是双通道芯片，我把read.maimages的所有source都试了一遍，还是不能把原始文件读进来

我还想问一下，双通道芯片的数据可以只把处理组的单通道数据提取出来和其他平台的芯片数据合并分析嘛？

文章 瞬时转染与稳定转染：差异与特点

...因转染至特定哺乳动物细胞内，进而表达得到目的蛋白。不同的是瞬时转染的方式外源基因并没有转染到细胞的染色体上而是存在于游离的载体上，这样可以在短时间内获得基因的表达产物，但是随着细胞的不断分裂增殖外源基...

问题 老师,请问CGVIEW中的gene.blast文件格式

老师，在您的CGVIEW：微生物基因组分析软件文章中，gene.blast文件能否用本地blast注释的呢，head处是否要添加什么注释？我使用了自己本地注释的，出现了一些问题，望你解答。谢谢！ 报错和blast文件如下： Cannot parse the #PROGRAM ...

问题 NBS基因家族进化树构建的时候，为什么有些同类（具有相同的结构域）如具有RPW8结构域的基因不是都聚在附近的一个分支上？

...有些同类（具有相同的结构域）如具有RPW8结构域的基因不是都聚在附近的一个分支上？ 比如，NBS基因按照含有的结构域分类，CC-NBS-LRR，RPW8-NBS-LRR，TIR-NBS-LRR, 或者CC-NBS,RPW8-NBS, TIR-NBS，为什么我看别人文献里做的能够很好的将这...

文章 GenomicsDBImport 的多样本变异检测

...时可以向 database 里添加新的材料，以扩大群体数量，而不用对旧的数据再从头操作一次。 Tips：GenomicsDBImport 会按 intervals 进行变异检测，即每计算一个 interval 都会将所有的 GVCF 文件打开和检索一次，当样本量很大或intervals 很...

问题 基因组重测序使用qualimap 出现Exception in thread "main" java.awt.AWTError: Can't connect to X11 window server using 'localhost:18.0' as the value of the DISPLAY variable.

... while read id do   name=${id##*/}   name=${name%%.*}   #1.比对率分析   $samtools flagstat ${bwadir}/${name}.sorted.dedup.bam > ${bwa_qcdir}/${name}.map.stat.txt   #2.片段inner size，片段选择是否异常   $picard CollectInsertSizeMetrics -Xmx4g \       I=${bwadir}/${...

问题 hmmer搜索结构域

...结构域和锌指结构，但是后面做到蛋白质全长多序列比对分析用GeneDoc查看结构域时发现有些基因结构域不全，好多基因都没有锌指结构显示，我怀疑是 #截取得到序列上的保守结构域序列，注意多个结构域分开提取 #结构域位...

问题 单细胞ROGUE 判断分群纯度

...以下报错，我标准化的方法是--sctransform，视频里是后续分析，这里我们选择 harmony整合方法 非sctransform结果 然后我运行上述代码出现以下报错ℹ Use the conflicted package (<http://conflicted.r-lib.org/>) to force all conflicts to become errors q...

问题 运行GDCprepare(query, save=FALSE)时错误

...n. Run `rlang::last_error()` to see where the error occurred. There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50) > rlang::last_error() <error/vctrs_error_subscript_oob> Error in `vectbl_as_col_location()`: ! Can't subset columns past the end. i Locations 2, 3, and 4 ...

文章 组学大讲堂 高效率提问指南！

...抢着答啦。 二、提供的信息要全面且经过筛选： 软件分析类问题应该能够反映出自己的“目的”、“已做过的尝试”、“发生了什么错误”等信息，让回答者能够全面的了解问题的前因后果。 同时信息要经过筛选，不能一股...

问题 提取出来的泛基因也太少了，这样对吗？泛基因编号不是说两个以上基因组才有编号吗，为啥只有一个呀

是因为只用了domain1，domain1的基因太少了吗？如果这种情况的话，分析还有意义吗？

问题 用TBtools绘制两个物种的进化树+motif+基因结构三连图时报错问题

... 这个是进化树文件： 这个是合并后的GTF文件交界处（不知道能不能这样用？）： ------------------------------------------ 绘制 进化树+motif 二连图则正常。。。 （更新：进化树+motif 二连图）

文章 一条命令能解决多少数据处理问题？

...就教你用命令解决问题。 课程里详细介绍了在生物信息分析中Linux常用命令的使用方法。包括权限与分组、文件查看head以及tail命令、文本搜索grep命令，管道及重定向命令、统计命令wc、选取命令cut、文本排序sort及去重uniq命令...

问题 MCscan运行问题：ZeroDivisionError: float division by zero

...r6,chr7,chr8,chr9,chr10chr1,chr2,chr3,chr4,chr5,chr6,chr7,chr8,chr9,chr10 不知道如何处理这个问题，请您指教。谢谢！

文章 快速高效KM生存曲线绘制-脚本使用

Kaplan-Meier法是现如今生信分析最常用的方法之一，先通过计算出活过一定时期的患者再活过下一时期的概率（即生存概率），然后将逐个生存概率相乘，得到相应时段的生存率。基于这一方法，绘制出KM生存曲线能够直观展现分...