文章 TCGA数据库重大更新-数据如何下载？

最近有粉丝留言，TCGA数据库发生更新，下载数据时报错。详细的更新信息参考TCGA官网说明： https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Release_Notes/Data_Release_Notes/#data-release-320 这里提示几点重要更新： 例如：转录组之前HTSeq流程的数据，现在...

问题 做基因家族的表达分析，有几个基因没有表达数据，该怎么处理，画热图的时候是建议不展示这几个没有表达数据的基因，还是把这些没有表达数据的基因用0表示

如果用0表示是否造假

话题 pfam数据库被合并之后，还有很多数据库可以进行结构域的查询

问题 在用WGCNA进行模块与性状数据分析的时候，做出如下热图，模块与性状之间的关联特别小，不知道这是因为数据本身引起的还是分析过程中设置的数据不合理？谢谢~

abline(h = 1000000, col = "red") minModuleSize = 80 MEDissThres = 0.35

文章 NCBI高通量测序数据SRA数据库下载新方法

NCBI下载SRA数据 从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情，但是今天碰到几个坑： 1、paper里没有提供SRA数据号、也没有提供路径； 2、不知道文件在ftp的地址，不能直接用wget下载   所以通过在NCBI官网，直接在SRA搜索栏里输...

文章 metascape数据库

...集分析的需求非常常见。目前有许多生物信息学手段或者数据库可以实现基因富集分析，例如DAVID，但它们有些是收费的，有些不易于使用且很少维护。例如DAVID曾经有六年的时间（2010-2016）没有维护数据库，最近的更新也已经...

问题 WGCNA数据格式整理

那个性状数据怎么整理，我这有蛋白组学数据，两个样本，每个样本重复3次，然后用实验组与对照组的比值进行分析，但性状数据格式不知道该怎么整理

问题 处理临床数据时，只有xlsx工作表，没有xlm文件。应该怎么用r处理数据？

问题 GEO数据处理

如果没有找到GPL注释信息，只下载了上传者的GPL数据，那这部分数据是不是就不能用，如果要使用这个GSE数据进行后续分析，那么R语言代码要做什么变化？

问题 老师您好，我想问一下关于双通道芯片转录组数据分析的相关课程和资料有吗？因为我在GEO数据库里找到的我需要的转录组数据是双通道芯片的

问题 我想利用已上传的转录数据做一个数据分析，现在遇到我查找的ID和上传的转录的ID不一致，我现在该怎么才能查找到我想要的基因的FPKM数据呢？

问题 老师好！有个问题想请教一下: 之前选做的几个基因是根据旧版数据库里的CDs序列克隆的，现在数据库更新了，要求用新版数据库，但是新旧版数据库ID对不上，遇到这种怎么办呀？（基因数量比较好多，没办法一个一个blast来比对）

文章 pfam数据库介绍及使用

...能上具有明显的相似性，编码相似的蛋白质产物。 pfam数据库介绍： Pfam数据库是蛋白质家族的数据库，根据多序列比对结果和隐马尔可夫模型，将蛋白质分为不同的家族。网址如下 http://pfam.xfam.org/ 在该数据库中，提供了以...

问题 GEO转录组数据合并

老师您好，请问如果想合并同平台的两个数据集，GSE1只有我需要的疾病组数据，GSE2只有我需要的对照组数据，这种情况可以合并么？

文章 GEOquery 读取本地表达矩阵压缩包

利用GEOquery包的getGEO()可以进行芯片相关数据的下载，不过，有人反映不少芯片的表达矩阵下载经常出错，可以通过手动下载的方式将矩阵文件下载到对应的工作路径中： 矩阵文件的基本命名格式：GSEXXXXX_series_matrix.txt.gz 为...