问题 WGCNA数据格式整理

那个性状数据怎么整理，我这有蛋白组学数据，两个样本，每个样本重复3次，然后用实验组与对照组的比值进行分析，但性状数据格式不知道该怎么整理

文章 Excel数据分析技巧之双因素方差分析

...项--转到--加载宏--分析工具库--确定。具体可以参考Excel数据分析技巧之方差分析。 02  打开excel表（版本为Excel2010 ），输入需要分析的数据，本次演示的数据是温度和PH值对水稻种子萌发率的影响。在这里，我们没有设置重复...

文章 Excel数据分析技巧之双因素方差分析

...项--转到--加载宏--分析工具库--确定。具体可以参考Excel数据分析技巧之方差分析。  02  打开excel表（版本为 Excel2010），输入需要分析的数据，本次演示的数据是温度和PH值对水稻种子萌发率的影响。在这里，我们没有设置...

问题 GEO数据处理

如果没有找到GPL注释信息，只下载了上传者的GPL数据，那这部分数据是不是就不能用，如果要使用这个GSE数据进行后续分析，那么R语言代码要做什么变化？

问题 处理临床数据时，只有xlsx工作表，没有xlm文件。应该怎么用r处理数据？

问题 老师您好，我想问一下关于双通道芯片转录组数据分析的相关课程和资料有吗？因为我在GEO数据库里找到的我需要的转录组数据是双通道芯片的

问题 我想利用已上传的转录数据做一个数据分析，现在遇到我查找的ID和上传的转录的ID不一致，我现在该怎么才能查找到我想要的基因的FPKM数据呢？

问题 老师好！有个问题想请教一下: 之前选做的几个基因是根据旧版数据库里的CDs序列克隆的，现在数据库更新了，要求用新版数据库，但是新旧版数据库ID对不上，遇到这种怎么办呀？（基因数量比较好多，没办法一个一个blast来比对）

文章 NCBI高通量测序数据SRA数据库下载新方法

NCBI下载SRA数据 从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情，但是今天碰到几个坑： 1、paper里没有提供SRA数据号、也没有提供路径； 2、不知道文件在ftp的地址，不能直接用wget下载   所以通过在NCBI官网，直接在SRA搜索栏里输...

问题 GEO转录组数据合并

老师您好，请问如果想合并同平台的两个数据集，GSE1只有我需要的疾病组数据，GSE2只有我需要的对照组数据，这种情况可以合并么？

文章 GEOquery 读取本地表达矩阵压缩包

利用GEOquery包的getGEO()可以进行芯片相关数据的下载，不过，有人反映不少芯片的表达矩阵下载经常出错，可以通过手动下载的方式将矩阵文件下载到对应的工作路径中： 矩阵文件的基本命名格式：GSEXXXXX_series_matrix.txt.gz 为...

文章 pfam数据库介绍及使用

...能上具有明显的相似性，编码相似的蛋白质产物。 pfam数据库介绍： Pfam数据库是蛋白质家族的数据库，根据多序列比对结果和隐马尔可夫模型，将蛋白质分为不同的家族。网址如下 http://pfam.xfam.org/ 在该数据库中，提供了以...

文章 Mapchart 添加标尺

...www.omicsclass.com/article/397），图片中可以直接显示基因位置数据，此外还可以转换成标尺的形式显示位置： 设置初始图片后，选择Tools-->Chart options-->Loci -->Positions设置成 Ruler at page margin 结果： 推荐课程： 基因家族分...

问题 docker从ENA数据库下载fasq数据时遇到困难

安老师，您好，最近准备用服务器分析微生物数据，购买了宏基因组和16s课件，在学习docker从ENA数据库下载fasq数据时遇到困难，ascp -QT -I 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasq.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR180/069/SRR18...

文章 如何批量分析蛋白序列domain-SMART数据库

.../smart.embl.de/）是我们常用来进行domain搜索和蛋白质注释的数据库，它集成了很多蛋白结构预测和功能分析的工具，比如可以预测蛋白的一些二级结构：跨膜区（Transmembrane segments）、复合螺旋区（coiled coil regions）、信号肽（Signal ...