用户 Order is

话题 is.na

问题 基因家族鉴定

...then manually checked using NCBI and UniPort online BLASTP, with threshold of E-value < 10-25. Identified genes were validated by aligning to a nonredundant gene dataset. Identified genes were also validated by BLAST searching against an EST database with threshold E-value <10-30, identities ...

问题 sam文件转换成bam文件是不能识别头部信息

...m -o aln_sort.bam。但是会报错：samtools sort: failed to read header from "aln.sam"。打开aln.sam文件，发现头部信息很乱，如下图：

问题 如何绘制pi图？

windowed.pi文件里的染色体不是按照1，2，3，4，输出的，输出的是物种的NC开头的一串，这种情况下应该怎么使用ggplot2作图？使用课上的R脚本在自己的服务器里运行结果报错，提示

文章 微生物多样性分析之Bray curtis距离

...值。 举例说明群落A和群落B的OTU统计如下表communityOTU1OTU2OTU3OTU4OTU5A108411B73840 min(S_(B,i)S_(B,i)) = 7+3+4+1+0 = 15sum(S_(A,i)) = 10+8+4+1+1 = 24sum(S_(A,i)) = 7+3+4+8+4+0 = 22D = 1 - 2*15/(24+22) = 0.3478

用户 Ma is maize~So

问题 老师，求助，转录组差异表达基因分析报错

Rscript $scriptdir/deseq_analysis.r -i $workdir/4.expression/all_gene_count.tsv -g S3_vs_S4.compare.txt  -k $workdir/4.expression/all_gene_fpkm.tsv -r S3 --fdr 0.01 --fc 2 -p S3_vs_S4 Loading required package: ggplot2 Loading required package: edgeR Loading required package: limma [1] "abstra...

文章 TCGAbiolinks 错误 Error in value[[3L]](cond) : GDC server down, try to use this package later

...时候会出现“Error in value[[3L]](cond) :    GDC server down, try to use this package later”的错误。 这个错误一般不会出现，除非GDC的网站有问题，检测方法有两种： 1.  在R中运行如下命令： > GenomicDataCommons::status() Error in curl::curl_fetc...

文章 cBioPortal数据库使用教程

...rtal: an open platform for exploring multidimensional cancer genomics data.Integrative analysis of complex cancer genomics and clinical profiles using the cBioPortal. 大规模的癌症基因组计划，比如The cancer genome atlas(TCGA) and the International cancer genome consortium(ICGC)，正...

问题 基因家族分析时获取基因与mRNA的对应关系

错误提示：Use of uninitialized value $pid in exists at script/mRNAid_to_geneid.pl line 40, <IN> line 188156 gff文件内容有什么问题

文章 linux命令cut指定输出分隔符

输出分隔符指定: -output-delimiter cut -f 1,2 --output-delimiter=$'\t' trait/trait|ee

问题 进行bugbase运行时候老报错

run.bugbase.r -i pick_closed_reference_otus/table.from_txt_json.biom  -m pick_closed_reference_otus/fastmap.txt  -c loc -o bugbase_loc --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: www.omicsclass.com --> Recommended to learn R language:  --> https://study.163.com/course/in...

文章 网站编辑器代码块 高亮显示使用技巧：

...sta');while ( my $seqobj = $in->next_seq() ) { # the human read-able id of the sequence my $id=$seqobj->id();  # string of sequence my $seq=$seqobj->seq(); # a description of the sequence my $desc=$seqobj->desc();  # one of 'dna','rna','protein'  https://www.bioinformatics.org/sms/iu...

问题 基因组注释提取，gff3_file_to_proteins.pl 序列出错，跟官网给的序列不一致

  /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl  --gff3  $species.longest_isoform.gff3  --fasta  $genome --seqType prot >$species.pep.fa 这一部分的分析，提取出来的蛋白序列与官方发布的蛋白序列有出入，而且U等氨基酸字母会直接被...