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文章 Logistic回归模型介绍及使用(附脚本)

... pvalue cutoff to choose sig gene[default 0.05] --log2 whether do log2 transfrom for expression data[optional,default: False] -o outdir, --outdir outdir output file directory[default cwd] -p prefix, --prefix prefix ...

文章 circos当中的颜色介绍

...,变换颜色的深浅:例如vvlred  表示:very very light version of red vvl{name} - very very light version of color vl{name} - very light l{name} - light {name} - default tone d{name} - dark vd{name} - very dark vvd{name} - very very dark 另外,还支持梯度设置颜色...

文章 性价比超高5个重测序发IF=6遗传进化文章

...区域高寒胁迫和强紫外线照射胁迫相关; Torsten Günther1,2, Christian Lampei1, Ivan Barilar1, and Karl J. Schmid1. Genomic and phenotypic differentiation of Arabidopsis thaliana along altitudinal gradients in the North Italian Alps.2016.Molecular Ecology.

文章 BLINK(C版本) 进行 GWAS分析的教程

...,会如下显示; 如果没有关联位点,会显示" Number of all the candidate QTNs is 0 The signal from LM is to weak!" 如果有很多表型,可以用for循环运行,这里1..20代表从第一个表型到20个表型 for i in {1..20} ;doblink_linux --gwas --file myData --vcf --...

文章 这本SCI期刊的录用率高达100%!!真相是......

...!学霸姐姐居然发现了一本100%录用率的期刊!!就是这个:Journal of Molecular Histology对的,你没有看错,就是100%!数据来源于LetPub,What,这是本来者不拒的杂志吗???该不会是野鸡期刊吧?仔细一看,影响因子居然有2.937分!妥妥的正...

文章 BUSCO评估基因组组装和完整性详解

...O评估结果文件。 格式如下: # BUSCO version is: 5.3.2# The lineage dataset is: eukaryota_odb10 (Creation date: 2020-09-10, number of genomes: 70, number of BUSCOs: 255)# Summarized benchmarking in BUSCO notation for file /share/nas5/wangq/project/genome_ass...

文章 Uniprot蛋白数据库介绍及使用详解!

...息,整合了包括EBI( European Bioinformatics Institute)、SIB(the Swiss Institute of Bioinformatics)、PIR(Protein Information Resource)三大数据库的资源。 EBI( European Bioinformatics Institute): 欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)是欧洲生命科学旗...

文章 NCBI 蛋白数据库分库

...|               |7       |       SYN     |       Synthetic and Chimeric  |               |8       |       UNA     |       Unassigned      |       No species nodes should inherit this division assignment        |9       |       VRL  ...

问题 请问各位老师,WGCNA分析中没有性状数据,但分析了两份基因表达数据,我想要得到Module-module relationships的图,应该怎样修改这部分打的代码呢?

...ait relationships.pdf",width=10,height=6) # Will display correlations and their p-values textMatrix = paste(signif(moduleTraitCor, 2), "\n(",                    signif(moduleTraitPvalue, 1), ")", sep = "") dim(textMatrix) = dim(moduleTraitCor) par(mar = c(6, 8.5, 3, 3)) # Display...

问题 WGCNA分析内存的问题

...因进行分析时,在计算TOM值时总出现“cannot allocate vector of size 1.6GB.”这是为什么呢?样品数和基因数变少却无法计算。(实验室服务器64位操作系统,16GBRAM)有什么解决方法么?

问题 GSEA基因表达数据文件报错

<Error Details> ---- Full Error Message ---- There were errors: ERROR(S) #:1 Parsing trouble edu.mit.broad.genome.parsers.Par ... ---- Stack Trace ---- # of exceptions: 1 ------Bad rowname - cant be empty at: 0 >

问题 xpclr报错AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'keys'

...9, in load_vcf_wrapper     assert "samples" in callset.keys(), "None of the samples provided in {0!r} are found in {1!r}".format( AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'keys'

文章 BMC genomics|26个玉米基因组中萜烯合酶的多重变异模式

...信息不全面,对于玉米基因组的解析具有一定的局限性。2021年,Hufford等人在Science 在线发表题为“26 个不同玉米基因组的从头组装、注释和比较分析”的研究论文,该研究对 26 个玉米自交系的基因组进行了从头组装。基于已经...

文章 NCBI 中搜索某类基因蛋白序列技巧

...子序列: 题目:Genome-wide identification and characterization of the 14–3-3 family in Vitis vinifera L. during berry development and cold- and heat-stress response https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-018-4955-8 搜索方法演示: https://www.ncbi.nlm....

问题 解压基因组文件和gff3遇到问题

老师 您好 我在Bio-Linux中解压谷子基因组文件和gff3文件时遇到了以下问题,都显示 unexpected end of file