基因家族分析课程脚本中 #截取得到序列上的保守结构域序列，注意脚本提取的是第一个domain，如要提取其他domain，请修改脚本27行$a[9]==1为第一个，$a[9]==2为第二个，依次类推 请问如果想把脚本（script/domain_xulie.pl ）修改为提...
...据，下次登录Rstudio加载缓存可能导致卡顿。 建议每次分析完数据保存好结果后，重启rstudio： 清除 缓存， 避免下次加载缓存数据导致卡顿： 如果卡死，后台解决方法： 1. 在后台putty中删除session文件夹 rm -rf ~/.local...
我在GEO中找到3个不同的GSE系列，打算分析某个疾病中的实验组和对照组的对比情况，然后再对3个GSE系列求交集。问题如下：1.如果这3个GSE系列是在同一平台，都是单通道芯片，样本信息显示如下图，那么数据信息是不是现成的...
...汇总某一科物种的研究并且寻找出公共的DEG，然后进一步分析。 有类似的研究吗？请问有参考文献吗？谢谢！
老师： 您好！ 我想请教您，是不是基因家族分析中的转录组必须是同种的植物，如果已知数据没有转录组数据，可以用同属不同种植物转录组代替吗？谢谢老师。
...信息学中常用的一种统计分布模型。我们在GO，KEGG的富集分析时就采用的是这个模型。 其数学表达式如下： 其中： N： 总样本数 m： 总样本中“特定类别”的数量 n: 从总样本中随机抽取的数量 k: 抽取样本中属于“特定类...
老师您好，我用重测序分析课程中的代码，.tbi文件都是完整对应的 gatk --java-options "-Xmx128g" GenomicsDBImport \ -L chr.list --tmp-dir $tmpdir -R $REF --batch-size 40 --reader-threads 40 --max-num-intervals-to-import-in-parallel 40 --genomicsdb-workspace-path db ...
...interactive 执行该指令后会进入到如下界面： 一般情况下不需要进行什么改动，保存退出即可：Tab+x 然后就可以正常使用了。
...for the statistical analyses. 作者是用的2-ΔΔCT的方法做的数据分析，可是结果怎么会是负数呢？ 在问答社区内看到莫非他是用的-ΔΔCT？恳请老师们解答，谢谢了
您好。我现在测了三代转录组的三个不同片段文库，分别是1-2kb，2-3kb和3kb以上。如果用IsoSeq3流程进行分析的话，请问这三个文库应该在哪一步合并呢？是在isoseq3 cluster的这一步之前，自己用pbmerge合并么？还是在哪里合并呢？
转录组分析时，计算完FPKM后进行相关性计算并绘图，出现报错： Error in seq.int(0, 1, length.out = n) : 'length.out' must be a non-negative number 该报错发生在选择颜色的函数colorRampPalette()上，发现是给的值出现问题，而值来自于相关性计...
readxl包括多个可以读取excel的函数，不需要与包“xlsx"中的read.xlsx（）函数一样去调用java ("xlsx" 应用是需同时安装"xlsxjars","rJava"）例如readxl包的函数read_xlsx()读xlsxsheet1=read_xlsx("Cici.xlsx",sheet = 1)> sheet1# A tibble: 1 x 3 A...
...发现了不一致性 并且继续用这个结果进行下一步的合并分析时#合并成supergene seqkit concat ./aln_out/*.pep_aln.renamed > single_copy.pep_msa.fasta 输出的结果是空的…… 前面都是按照课程的脚本跑的 请问该怎么处理这个报错呢？
老师，看过您18年的一篇文章，讲述转录组和基因家族分析结合的发文思路。基因家族发文结合自己未发表的转录组数据会不会增加接收几率？（现在看很多文章都是用的数据库下载的转录组）您觉得刚测的转录组和基因家族单...
在分析基因家族时，做基因在染色体定位这步的时候，出现了问题，用#获得基因组染色体长度： seqkit fx2tab --length --name ../01.data_prepare/GCA_904845875.1_Mlu_assembly_genomic.fna|awk '{print $1,$NF}' >genome.len这条命令时，发现结果文件（如...