问题 fastq-dump下载问题？

那位大神能帮忙看一下嘛，failed to open SRA manager是怎么回事？ fastq-dump.2.8.0 err: path not found while searching dynamic library within file system module - failed to open SRA manager ============================================================= An error occurred during pro...

问题 大哥，应用你的去除fastq文件重复序列的perl脚本报了一个错。

主要是gzip出错了，错误是：gzip: compressed data not read from a terminal. Use -f to force decompression.你有时间帮我看看，多谢大哥了。

文章 人类miRNA-mRNA 与 miRNA-lncRNA 靶向数据库总结

The experimentally verified miRNA-mRNA pairs were downloaded from starBase v3.0 (18), DIANA-Tarbase v8 (19), miRTarbase (v7.0) (20) and miRSponge (21) databases, while the experimentally validated miRNA-lncRNA pairs were extracted from starBase v3.0 (18), LncACTdb2.0 (22), DIANA-LncBase Experimental...

文章 回归分析中R2的意义

...R2，最后得到矫正R2值。矫正后R2值是对预测模型中包含的x变量数量的校正。

文章 tripal搭建基因组数据库网站

..._hba.conf entry for host "::1", user "drupaladmin", database "sitedb", SSL off in Drupal\Component\DependencyInjection\PhpArrayContainer->createService() (line 79 of /var/www/drupal8/web/core/lib/Drupal/Component/DependencyInjection/PhpArrayContainer.php).Drupal\Component\DependencyInjection\PhpA...

文章 blast 中的e-value值如何理解？

...起来就相对的比较模糊了，官方的定义是e-value：the number of hits you expect to see by chance/false positive . 对于定义里面的“by chance”，也就是随机情况下指的是什么意思不是很了解，随后查阅了一下文献，是这样解释的： by chance means...

问题 扩增子：真菌ITS分析unite不匹配

...and:  (1/1) Invalid value for '--i-reference-seqs': Expected an artifact of at   least type FeatureData[Sequence]. An artifact of type TaxonomicClassifier   was provided. 老师，这是原始脚本，ITS的 和18S的'--i-reference-seqs'  都找不到

问题 16s分析导入数据遇到同样的问题，请问您解决了吗?

There was a problem importing /work/omicsclass/ampliseq-q2/qiime2_2022.8/data_2/manifest.ckd.txt:   /work/omicsclass/ampliseq-q2/qiime2_2022.8/data_2/manifest.ckd.txt is not a(n) PairedEndFastqManifestPhred33V2 file:   Filepath on line 3 and column "forward-absolute-filepath" could not be fo...

问题 利用samtools将sam文件转化为bam文件时，sam文件报错

运行命令： $samtools sort -@ 4 -O bam -o RNA.bam RNA.sam 报错： [E::sam_hdr_create] Invalid header line: must start with @HD/@SQ/@RG/@PG/@COsamtools sort: failed to read header from "RNA.sam"RNA.sam文件行首：

文章 IF=4.8 | 不同菊花品种萜类合成相关基因的转录组代谢组联合分析

“ 2025年2月 BMC Plant Biology杂志发表了一篇题为“Integrative transcriptome and metabolome analysis reveals candidate genes related to terpene synthesis in Chrysanthemum × morifolium”的转录组代谢组联合分析文章。” 01 — 研究背景 菊花（Chrysanthemum × mo...

文章 提取 VCF 文件中的基因型信息

...母和数字的组合表示不同的基因型，如AA、AT、CC、0/1、1/2 等。基于等位基因的表示方式使用字母表示等位基因，如A、T、C、G 等。 目的：想提取vcf文件的基因型信息，生成下图的格式 有许多软件可以用来提取 VCF 文件中的基...

问题 rnaseq分析中片段inner size出现问题

...rnaseq/125PS_125NS/ref/gene.bed  -o DL125NS1_inner_size Get exon regions from /work/zhaoran_rnaseq/125PS_125NS/ref/gene.bed ...  Load BAM file ...  Done Total read pairs  used 0 Cannot find paired reads RUN CMD: inner_distance.py -i /work/zhaoran_rnaseq/125PS_125NS/3.map/hisat2/DL125NS2.bam...

问题 老师，你好。在做有参转录组分析，准备的文件有基因组注释文件gtf,cds,pep(其中cds,pep都是fasta格式的序列文件），命令如下。其中第一个截图是参考pep文件，比对率为0，；第二个结果是参考cds文件，比对率为57.81%，比较低，这是哪里出了问题吗。另外所以准备的文件应该是cds文件而不是pep文件是吗

# 对基因组构建HISAT indexecho "Step1: build reference index "hisat2_extract_splice_sites.py /bioData/run_data/lixp/work/GZ_yangtao2/refs/Yangtao2.coding.gene.V1.0.20190227.gtf > /bioData/run_data/lixp/work/GZ_yangtao2/refs/splicesites.tsvhisat2_extract_exons.py /bioData/run_data/lixp/work/G...

问题 xpclr报错AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'keys'

... 119, in load_vcf_wrapper     assert "samples" in callset.keys(), "None of the samples provided in {0!r} are found in {1!r}".format( AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'keys'

用户 Is.劉源