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文章 qiime2 分类器建立 SILVA数据库

...建立自己的分类器:https://forum.qiime2.org/t/processing-filtering-and-evaluating-the-silva-database-and-other-reference-sequence-data-with-rescript/15494 #remove sequences that contain 5 or more ambiguous bases (IUPAC compliant ambiguity bases) and any homopolymers that are 8 or more bas...

文章 subset_row.r 提供列表,在行上取数据子集

...IDoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i input, --input input                        input data matrix data [required]  -m idlist, --idlist idlist                        input idlist [required]  -c colname, --colname colname ...

文章 2维韦恩图各部分基因上下调数量统计

...使用下面的代码了。 用法如下: perl venn_up_or_down.pl  -in All_DEG_venn.xls  -id1 left_DEG.final.xls  -id2 right_DEG.final.xls  -k trans_full_table.xls -od out 该脚本的输入文件都为转录组分析结果文件,All_DEG_venn.xls是画韦恩图时生成的,*_DEG.final...

文章 flowCore R包安装报错

...from RcppExports.cpp:4: /share/work/biosoft/R/R-v4.2.0/lib64/R/library/BH/include/boost/get_pointer.hpp:48:40: warning: ‘template<class> class std::auto_ptr’ is deprecated [-Wdeprecated-declarations]  template<class T> T * get_pointer(std::auto_ptr<T> const& p)      ...

文章 提取进化树中基因的顺序

...里我写了一个脚本,如下: 用法: perl nwk_geneid.pl  -i in.nwk  -o out.txt in.nwk 为输入的nwk文件,out.txt是输出的基因ID文件。 脚本代码; use Getopt::Long;use strict;my %opts;GetOptions(\%opts,"i=s","o=s","h");open(IN,"$opts{i}") || die "open $opts{i} faile...

问题 hmm文件搜索问题

...麦基因家族分析时筛选得到的Terpene_synth_C_removed_redundant_and_confirmed_IDlist.txt这个文件的基因是141个,运行下面的命令,得到的Terpene_synth_C_domain_new_out_removed_redundant.txt这个文件怎么是147个?谢谢老师 ! manager@bl8vbox[gene_family_my]  pe...

问题 在做GWAS关联分析,利用gapit软件报错

Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :    cannot open the connection Calls: source -> file In addition: Warning message: In file(filename, "r", encoding = encoding) :   cannot open file '/biosoft/GAPIT3.0/gapit_functions.txt': No such file or directory Execution halted

文章 提取合并基因家族的domain序列

...析中,使用hmmsearch搜索到结构域后,如果基因有多个domain,并且需要将所有domain提取连接在一起,可以使用下面的脚本完成。 使用方法: 命令如下: perl   domain_hebing.fa.pl   hmmsearch.out.txt   Arabidopsis_thaliana.TAIR10.31.pep.all.fa   d...

问题 变异结果统计与绘图时,最后一步出现Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 17 did not have 34 elements的问题,查看文件发现并没有缺失的部分,怎么解决

...00000 -c "darkgreen,yellow,red" -t "SNP Density"这条代码后出现Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   line 17 did not have 34 elements的问题, 查看了第17行,34个元素都在,并没有缺失

问题 R gsl 报错

...~~ make: *** [/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/etc/Makeconf:169: ellint.o] Error 1 ERROR: compilation failed for package ‘gsl’ * removing ‘/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/gsl’ The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpSMiwnl/downloaded_packages’ Updatin...

文章 ssGSEA.r 单样本基因集富集分析

...optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i expset, --expset expset                        input gene expression set matrix from RNA-seq data csv                        format [required]  -g geneset, --geneset geneset          ...

问题 GDCdownload(query = query, directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client')下载TCGA数据时出现In if (grepl("^https?://", url)) { : 条件的长度大于一,因此只能用其第一元素 错误,数据下载不下来

文章 文本去重并统计重复次数

... 用于演示的测试文件test.txt 内容如下:Hello World. Apple and Nokia. Hello World. I wanna buy an Apple device. The Iphone of Apple company. Hello World. The Iphone of Apple company. My name is Friendfish. Hello World. Apple and Nokia. 命令如下:$ sort test.txt | uniq -...

文章 SRA Toolkit 工具首次使用提示“This sra toolkit installation has not been configured”

SRA Toolkit 是一套由 NCBI (National Center for Biotechnology Information) 开发的软件工具,用于从 SRA (Sequence Read Archive) 数据库下载和处理生物序列数据。 在首次使用该工具包中的fasterq-dump将srr转换成fastq格式的文件时,出现了如下提示信息...

文章 外源插入位置查找好方法

...o probe cell wall regulation in Cryptococcus neoformans. Fungal genetics and biology : FG & B. 2015;82:9-21. doi:10.1016/j.fgb.2015.06.003.