文章 使用fastp软件对fastq文件进行剪切

...里介绍如何对fastq文件进行剪切。 其命令如下: fastp --in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz --out1 Tres_2_1.clean.fq.gz --in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz --out2 Tres_2_2.clean.fq.gz  --trim_front1  15  --trim_front2 15  --correction --thread 8 参数： --in1    r...

问题 麻烦求助，在使用ncbi_gff_2_Ensembl_gff.pl这个脚本的时出现报错显示：cant find the string terminator "Usage end"...in line 10

问题 老师，在运行WGCNA代码sft = pickSoftThreshold(datExpr0, powerVector = powers, verbose = 5)，遇到了这种错误Error in { : task 1 failed - "'x' has a zero dimension."，请问是什么原因呢？

问题 提供感兴趣基因进行分支分析时，出现Error in simple_vs_index(x, rlang::eval_tidy(args[[1]]), na_ok) : Unknown vertex selected报错

...ory_monocle2_branch_analysis.r -i monocle2.CelldataSet.qs \   --branch_point 2 -o branch2 --gene.list monocle2.selected.Gene.tsv --qval 1e-2 \   --interest.genes Cc11G1053 Cc10G0497 Cc02G1594 Cc02G2288 Cc06G0565 --interest.genes.color.group mycelltype 出现以下报错 Error in simple_vs_inde...

文章 perl 中glob函数

...r(Dir);closedir(Dir);foreach $Cur(@Files){$File="/home/globtest".$Cur;open(IN,$File);while(<IN>){......                   }close(IN);}

文章 Minimap2安装与使用

...na-reads.fa > aln.sam        # spliced long reads (strand unknown)minimap2 -ax splice -uf -k14 ref.fa reads.fa > aln.sam  # noisy Nanopore Direct RNA-seqminimap2 -ax splice:hq -uf ref.fa query.fa > aln.sam    # Final PacBio Iso-seq or tradi...

问题 老师，我在利用perl ../script/get _ene _ exon_ from _ gff.pl in1 时，老是提不出文件，他说十几行不合适但是这个和视频里面的一样，

试了一天了，就是不合适

问题 老师您好，我在运行collapse_samples.py这段代码用于物种注释时出错，出错信息为 qiime.parse.QiimeParseError: No header line was found in mapping file.请问该如何解决？

问题 使用悟空云平台进行代谢组数据矫正时报错

其余五种归一化方式均正常，只有QC-RLSC报错显示error in evaluating the argument X in selecting a method for function "t: NA NaNI nf in foreign function call (arg 5)

文章 使用fastp软件对fastq文件进行剪切

...这里介绍如何对fastq文件进行剪切。 其命令如下: fastp --in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz --out1 Tres_2_1.clean.fq.gz --in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz --out2 Tres_2_2.clean.fq.gz --disable_adapter_trimming --trim_tail1 100 --thread 4 参数： --in1    read1输...

文章 转录组测序分析水稻旱作的重要基因

...上调(BAS vs. CAS)，这其中的5个（MADS4， MADS5， MADS6， MADS7 and putative WRKY transcription factor 6）仅在AAC中。根组织进行了类似分析，也有5个TFs（ MADS15， MADS26， Dehydration-responsive element-binding (DREB) family protein， DREB1F and DREB1C）仅在ACC中...

文章 CAFs 细胞类型细分

... Supplementary Table 5 Genes used to define CAFs in the scRNA-seq dataset and their reference (Fig. 1h).Cell typeGene nameReferenceFibroblasts/CAFsBGNOur spatial transcriptomics data (enriched in omental metastasis), verified high expression specifically in fibroblasts in the human protein atlas (h...

问题 遗传图谱构建

for chr in  {1..12};do  echo "snpbinner visualize --out bin.visualize.$chr --crosspoints pop.crosspoints.$chr  --snps pop.forbin.$chr --bins  pop.bin.$chr" done >view.sh ParaFly -c view.sh -CPU 5 该步一直运行不出结果，demo中01.PrepareData的bin.visualize.1-12文件夹为...

文章 qiime2 分类器建立 SILVA数据库

...建立自己的分类器：https://forum.qiime2.org/t/processing-filtering-and-evaluating-the-silva-database-and-other-reference-sequence-data-with-rescript/15494 #remove sequences that contain 5 or more ambiguous bases (IUPAC compliant ambiguity bases) and any homopolymers that are 8 or more bas...

文章 subset_row.r 提供列表，在行上取数据子集

...IDoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i input, --input input                        input data matrix data [required]  -m idlist, --idlist idlist                        input idlist [required]  -c colname, --colname colname ...