问题 使用悟空云平台进行代谢组数据矫正时报错

其余五种归一化方式均正常，只有QC-RLSC报错显示error in evaluating the argument X in selecting a method for function "t: NA NaNI nf in foreign function call (arg 5)

文章 使用fastp软件对fastq文件进行剪切

...这里介绍如何对fastq文件进行剪切。 其命令如下: fastp --in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz --out1 Tres_2_1.clean.fq.gz --in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz --out2 Tres_2_2.clean.fq.gz --disable_adapter_trimming --trim_tail1 100 --thread 4 参数： --in1    read1输...

文章 Minimap2安装与使用

...na-reads.fa > aln.sam        # spliced long reads (strand unknown)minimap2 -ax splice -uf -k14 ref.fa reads.fa > aln.sam  # noisy Nanopore Direct RNA-seqminimap2 -ax splice:hq -uf ref.fa query.fa > aln.sam    # Final PacBio Iso-seq or tradi...

问题 遗传图谱构建

for chr in  {1..12};do  echo "snpbinner visualize --out bin.visualize.$chr --crosspoints pop.crosspoints.$chr  --snps pop.forbin.$chr --bins  pop.bin.$chr" done >view.sh ParaFly -c view.sh -CPU 5 该步一直运行不出结果，demo中01.PrepareData的bin.visualize.1-12文件夹为...

文章 CAFs 细胞类型细分

... Supplementary Table 5 Genes used to define CAFs in the scRNA-seq dataset and their reference (Fig. 1h).Cell typeGene nameReferenceFibroblasts/CAFsBGNOur spatial transcriptomics data (enriched in omental metastasis), verified high expression specifically in fibroblasts in the human protein atlas (h...

文章 转录组测序分析水稻旱作的重要基因

...上调(BAS vs. CAS)，这其中的5个（MADS4， MADS5， MADS6， MADS7 and putative WRKY transcription factor 6）仅在AAC中。根组织进行了类似分析，也有5个TFs（ MADS15， MADS26， Dehydration-responsive element-binding (DREB) family protein， DREB1F and DREB1C）仅在ACC中...

问题 MENA网站上传数据提示错误

...help, please send mail to this site's webmaster, giving this error message and the time and date of the error. 我用网站提供的示例数据也试了，也换了360浏览器，结果还是一直提示这个错误。请问老师这是为什么呀

问题 您好，我在用您的R语言Cibersort文件获取+代码这个代码运行时，出现以下情况，您知道怎么解决吗，非常感谢 Error in predict.svm(ret, xhold, decision.values = TRUE) : Model is empty!

万分希望您能回答以下

文章 提取进化树中基因的顺序

...里我写了一个脚本，如下： 用法： perl nwk_geneid.pl  -i in.nwk  -o out.txt in.nwk 为输入的nwk文件，out.txt是输出的基因ID文件。 脚本代码； use Getopt::Long;use strict;my %opts;GetOptions(\%opts,"i=s","o=s","h");open(IN,"$opts{i}") || die "open $opts{i} faile...

问题 Linux服务器上，运行提取结构域的脚本的时候，出现未安装Bio/SeqIO.pm in @INC的错误，请问如何安装，或者能够在服务器上运行的脚本

perl script/domain_xulie.pl data/NB-ARC_AT_hmm_outa.txt data/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa data/NB-ARC_AT_domain.fa 1.2e-28 并且尝试了perl-bioperl 的安装，但是安装成功后并没有Bio：：SeqID 模块，求解决

问题 基因 定位到染色体时，获取染色体的位置信息报错[fai_build_core] different line length in sequence 'Chr2'. zsh: segmentation fault samtools faidx all.fa

文章 qiime2 分类器建立 SILVA数据库

...建立自己的分类器：https://forum.qiime2.org/t/processing-filtering-and-evaluating-the-silva-database-and-other-reference-sequence-data-with-rescript/15494 #remove sequences that contain 5 or more ambiguous bases (IUPAC compliant ambiguity bases) and any homopolymers that are 8 or more bas...

文章 MEGA构建进化树遇到报错信息

...候会遇见，报错信息：  Oops!MEGA has encountered an error and cannot continue with this analysis:Some pairwise distances could not be estimated.For example,between sequences 23 and 11.  这是因为你的序列差异太大，无法构建进化树，应当将序列...

文章 subset_row.r 提供列表，在行上取数据子集

...IDoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i input, --input input                        input data matrix data [required]  -m idlist, --idlist idlist                        input idlist [required]  -c colname, --colname colname ...

文章 BSA分析中MutMap 分析：95% 99%阈值置信区间是如何计算的

...x<-runif(1) if (x<=0.5){count<-1}else{count<-0} }else{for(i in 1:2){x<-runif(1) if (x<=0.5){number<-0.5}else{number<-0} if(number == 0.5){count<- count+0.5}}}return(count)}#######################################################################caluclate of genotype rati...