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文章 IF=5.6|GBM单细胞数据挖掘实践

...ang Y, Ma W, Xing B. Glioblastoma cell differentiation trajectory predicts the immunotherapy response and overall survival of patients. Aging (Albany NY). 2020 Sep 21;12(18):18297-18321. doi: 10.18632/aging.103695. Epub ahead of print. PMID: 32957084; PMCID: PMC7585071.延伸阅读GEO数据库挖掘...

文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

... noname_1.pl： #!/usr/bin/perl -wuse strict;die  "Version 1.0\t2021-01-11;\nUsage: $0 <InPut>\n" unless (@ARGV ==1);open (IA,"$ARGV[0]") || die "input file can't open $!";<IA>;<IA>;<IA>;<IA>;<IA>;        while(<IA>)        {         ...

问题 ANNOVAR变异注释报错：Erro: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error)

...l refGene -operation g -nastring . -vcfinput 报错所有信息：NOTICE: the --polish argument is set ON automatically (use --nopolish to change this behavior) NOTICE: Running with system command <convert2annovar.pl  -includeinfo -allsample -withfreq -format vcf4 /work/bdorsalis/4.snp_indel...

问题 重测序

我把命令放到sh 中运行后显示日志错误 2.data_qc.sh: line 23: syntax error: unexpected end of file， 附件是命令2.data_qc.sh 1ea1d5175cd7f119f2635ceb660d9e2.jpg

文章 GATK外显子测序数据肿瘤体细胞突变数据分析

...4.sort.dedup.bqsr.bam -I T154.sort.dedup.bqsr.bam \ -normal N154 --panel-of-normals somatic-hg38_1000g_pon.hg38.vcf.gz \ --germline-resource somatic-hg38_af-only-gnomad.hg38.vcf.gz \ -L S33613271_Regions.bed -O 154.raw.somatic.vcf.gz#-L 参数可以指定捕获区域#--panel-of-normals 指...

问题 请教老师，Gemma分析时的报错问题？

[root@iZ2e]# ./gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -bfile c -k output/result1.sXX.txt -lmm 1 -p p.txt -c c.txt GEMMA 0.98.5 (2021-08-25) by Xiang Zhou, Pjotr Prins and team (C) 2012-2021 ERROR: Enforce failed for file_kin output/result1.sXX.txt: open file in src/param.cpp at line 934 in CheckParam

文章 WGCNA筛选Biomarker

...kers for allergic asthma in nasal epithelial brushing samples by WGCNA[J]. Journal of cellular biochemistry, 2018. 相关课程： TCGA-基因差异表达分析、 TCGA-生存分析 、 GEO芯片数据挖掘、GEO芯片数据标准化、WGCNA-加权基因共表达网络分析 更多...

问题 根据log文件判断进化树最佳模型

...0.850      51 Optimal log-likelihood: -8620.640      52 Proportion of invariable sites: 0.021      53 Gamma shape alpha: 7.556      54 Parameters optimization took 1 rounds (0.100 sec)

文章 Treemix 软件：群体基因交流分析的得力工具

...al rearrangements after adding all populations  -tf [file of nwk]  Read the tree topology from a file  -m [int] 基因流次数 -root [string]  -se 权重标准误 -bootstrap -noss 关闭亚群个体的矫正，当你的亚群中仅存在一个个体的时候可以使用 # 假设各群体...

文章 最新2区SCI思路解析—杨树TPS/TPP基因家族的系统分析

...给您启发，该文章于2021年7月21日发表于期刊：International Journal of Biological Macromolecules（IF=6.953，中科院分区：2区），下面我们一起看看这篇文章内容。 文章简介 海藻糖在植物的代谢、生长发育和抗逆性等方面发挥着重要作用...

文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

... noname_1.pl： #!/usr/bin/perl -wuse strict;die  "Version 1.0\t2021-01-11;\nUsage: $0 <InPut>\n" unless (@ARGV ==1);open (IA,"$ARGV[0]") || die "input file can't open $!";<IA>;<IA>;<IA>;<IA>;<IA>;        while(<IA>)        {         ...

文章 转录组测序分析水稻旱作的重要基因

...nvolvement of key genes for aerobic adaptation in rice. Scientific Reports volume 9, Article number: 5235 (2019) 推荐： 二代测序转录组数据自主分，转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没...

问题 BSR-SEQ

您好老师~我在做BSR-seq数据分析的时候，总是出现Insert size out of range。我用的hasit2比对，samtools sort，然后再用java picard 来reoder，sort……。就出现了这个问题

文章 Root microbiota assembly and adaptive differentiation among European Arabidopsis populations

...菌种群分化的主要因素。结果：1. Continental-scale survey of the A. thaliana root microbiota. （拟南芥种群根微生物的大陆范围采样）2015年到2017年每年拟南芥开花阶段，作者沿着纬度梯度取样。其中，在瑞典有四个采样点，在德国有六个采...

文章 基因编辑iPSCS敲除技术原理与潜在的治疗应用

... et al. Using CRISPR-Cas9 to Generate Gene-Corrected Autologous iPSCs for the Treatment of Inherited Retinal Degeneration[J]. Molecular Therapy, 2017, 25(9): 1999-2013. Xu H, Wang B, Ono M, et al. Targeted Disruption of HLA Genes via CRISPR-Cas9 Generates iPSCs with Enhanced Immune Compatibili...