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文章 打破部门壁垒,提升跨部门协作效率,让沟通更加有效

...证双方的沟通是顺畅的,尽可能地达到预期的效果。重要信息最好是面对面沟通,能更有效地解决问题,避免传达出错,导致任务失败。 4、统一的沟通平台,方便信息留存 现在很多企业都是用企业微信或邮件沟通,来回切换...

文章 推荐一款好用的基因结构图在线绘制工具!

... 不过,使用该工具的前提是我们需要有基因结构的准确信息,基因结构信息可以来自文献、各种数据库、GFF基因组注释文件等。例如,ensembl数据库中拟南芥WRKY基因,以转录组本AT1G66550.1为例;该基因共765bp,254个氨基酸,并且...

文章 如何处理矫正GEO数据批次效应(batch effect)

...所以可以用pData和exprs方法pheno <- pData(bladderEset) # 注释信息edata <- exprs(bladderEset) # 表达矩阵 看一下pheno里面有54行,4列构成,里面记录了批次信息  有没有批次效应可以通过使用Hierarchical clustering的聚类方法去看一下聚类...

文章 如何使用NCBI进行blast比对

...每一条线段代表一个比对结果,鼠标点击会有相应的比对信息。 在Alignments界面下,有每一个比对结果的多序列比对结果展示。点击“Download”可以下载比对结果,也可以点击“gene bank”了解比对结果的详细信息。 Taxonomy界面主...

问题 用 hisat2 建索引时出现 “is not reverse-deterministic, so reverse-determinize...”

...sta文件和gff注释文件,把gff转为gtf后,提取剪接位点位置信息和外显子位置信息,之后用如下命令: hisat2-build -p 12 --exon ${EXON} --ss ${SPLICE} ${FASTA_File} ${BASE_NAME} 结果如图所示: 最后系统自动kill掉了建索引的进程,请问这该...

问题 老师您好,我在使用mRNA_to_geneid.pl脚本提取自己样本基因组gff文件时报错了,请问我要怎么修改这个脚本才能解决问题呀?

报错信息:我的gff文件信息

文章 大数据挖掘解决老年痴呆症百年难题

...染有关,这将完全颠覆我们的认知,同时这也突显了生物信息数据挖掘在生命医学中的重要性。下面我们来简单看看这篇文章是如何做的。 研究思路 作者选取了944个大脑样本进行了分析,其中622个样本来自阿兹海默病患者,32...

文章 java 安装以及环境变量配置

...看是否安装成功以及 JAVA版本方法:能够正确打印出版本信息即为安装成功,不然重新检查环境变量是否设置正确。更多生物信息课程:https://study.omicsclass.com/index

文章 批量修改进化树中的名称及添加分组名称

...拷贝使用即可。 DATA 之后的行就是所有标签修改的数据信息。数据分为两列,第一列为进化树枝的原来的名称,第二列是修改后的名称。 配置文件美化 按照以上格式准备好注释文件,准备好文件后直接将其拖到iTOL进化树展...

文章 研究miRNA必备的分析网站汇总!

...提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、基因靶标预测等信息的全方位数据库,是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。目前miRBase 更新到了V22版本。 http://www.mirbase.org 植物类miRNA靶基因预测 植物miRNA靶向目标的位点要求匹配...

文章 谷歌学术搜索可以用了(免费,不用翻墙)google scholar

...: 最后附上插件下载链接:Ghelper2.2.1.all.zip 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不...

文章 U盘安装 CentOS 注意问题

...服务器上安装 CentOS 7 又出现无法找到盘符的情况,具体信息如下:[OK] Reached target Basic System 到这里就卡住不动了。第一反应就是 grub 找不到启动盘符。通用解决方案网络上很多文章对于这种解决方案都是通过,找到 U盘的盘符,...

文章 GEO数据芯片数据挖掘-在线工具分析GDS数据

...击Select which Samples to put in Group A and Group B,出现样品处理信息,据此设定A组样品和B组样品(见下图B);第三步,针对A组和B组,进行差异分析(见下图C) 例如:针对Two-tailed t-test,阈值为0.01,对照组6h vs处理组6h,可以筛选...

问题 我的hmmsearch结果第一列(target neme)不是geneid 也不是转录本id

...,导致后续脚本运行下来无法提取对应domain的基因序列等信息,请问应该怎么处理? 是否可以修改脚本select_redundant_mRNA.pl里面某些信息使它提取*_domain_new_out_selected.txt  文件里面transcript一列的内容?? demo步骤如下: #去除...

文章 R包更新网站

...y_name.html 我们推荐:R语言入门、R语言画图 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解...