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问题 老师,您好!我在用-SortGenotypeFilePlugin排序vcf文件时,得出来的文件比原始文件很多。

进行排序时提示 ERROR net.maizegenetics.dna.map.PositionListBuilder - validateOrdering: PositionChr:HIC_SCAFFOLD_11Pos:40436InsertionPos:0Name:SHIC_SCAFFOLD_11_40436Variants:G/AMAF:NaNRef:G and PositionChr:HIC_SCAFFOLD_9Pos:117578893InsertionPos:0Name:SHIC_SCAFFOLD_9_117578893Variants:G/AMAF:N...

问题 老师您好,我用TBtools的压缩文件包安装时,用java打开TBtools_v0.53只能出来一个窗口,请问这种怎么解决

问题 老师好,我有风险模型的问题请教

老师,我用R做的风险得分,但是文章中我给的公式时是 风险系数*表达值,这样就缺了h0t,我想知道怎么求出h0t,麻烦老师给解答一下,谢谢!

问题 mapman 导出图片分辨率低是什么原因?

...置图片300dpi,图片大300mm,图片格式JPG,结果导出的图比较模糊,属性里面显示水平和垂直分辨率均是96. 求老师解答,如何导出符合杂志要求分辨率的图片? 谢谢

文章 选感兴趣的基因,非编程自行绘制KEGG代谢通路注释图-简单易上手!

...表,做好高级个性化分析发表高分1区不是梦!T2T基因组/比较基因组/泛基因组分析学习链接:T2T基因组组装与注释分析;动植物泛基因组分析 ;比较基因组分析 4. 群体重测序遗传进化分析+GWAS文章,篇篇10+分,缩短分析周期,...

问题 使用tassel对vcf文件进行 -SortGenotypeFilePlugin 基因型排序时自动锅炉掉了我的两条contig,这个问题怎么解决呀?

我要做Gwas分析,需要生成hapmap文件,但是我直接用vcf转hapmap会报错Please first use SortGenotypeFilePlugin to correctly order the file.所以我就用tassel去排序然后可以正常生成hapmap文件了,但是我的两条比较的contig不见了

文章 文章问题撰写及发布审核要求

...版混乱。没有代码或者用图片代替了代码。这是一个最近比较突出的问题,代码胜千言,准确简短的描述配上必要的代码,比你说一大堆废话要好得多,我们已经看到了无数可爱的回答者在问题下方的评论中呼唤代码。与不贴代...

问题 泛基因家族系统发育树

...心基因,90%为私有基因(一共950个),在图上的表现就是比较散。同时,图上中间有一些没有用颜色标记的几个分枝,不需要标吗,分成几个亚类呢,如何说各个亚类的功能,在写文章时,不知道该怎么说明这个结果,麻烦老师...

文章 p值还是 FDR ?

...通过控制FDR值来决定p值的值域。相对Bonferroni来说,FDR用比较温和的方法对p值进行了校正。其试图在假阳性和假阴性间达到平衡,将假/真阳性比例控制到一定范围之内。  那么怎么从p值来估算FDR呢,人们设计了几种不同的估算...

问题 请问一下动植物比较基因组的课程适合酵母基因组真核的基因组比较分析吗???

文章 基因家族分析后续试验怎么做?

...因家族分析发表SCI想必大家都耳熟能详了,1-3分的SCI还是比较好发的,但是要想发高分或者比较好的期刊,文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程,仅仅做简...

文章 2区SCI赏析—木麻黄中MYB基因家族鉴定及其在盐胁迫中的响应

...,分别构建了拟南芥MYB和木麻黄MYB家族基因系统发育树,比较发现木麻黄MYB分群和拟南芥中MYB分群具有较高的一致性,如下图: 3. 木麻黄MYB基因结构和Motif分析 作者进一步分析MYB家族基因的Motif,并按不同分群分别介绍了相...

文章 docker在windows系统和mac系统中安装

...司支持的付费版,在此选择CE版本。 2.安装  Docker安装比较简单,直接双击下载好的DockerToolbox的exe文件,然后按照默认选项执行安装,安装过程中会提示安装插件,点击同意即可。安装完成后会在桌面上生成三个图标,如下所...

文章 内参基因的选择?!

...测CircRNA的表达环状RNA的定量相对复杂一些,设置对照组比较重要,需要考虑可能存在的干扰因素:一般可以设置RNase R消化与不消化处理的对照,目的是排除线性RNA中可能存在的能被环状RNA定量PCR引物扩增的干扰序列;其次,建...

文章 细胞肺癌(GSE123904)

数据下载: wget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE123904&format=file" -O GSE123904_RAW.tartar xvf GSE123904_RAW.tar 准备map.txt文件: LX653PRIMARY_TUMOURLX676PRIMARY_TUMOURLX682PRIMARY_TUMOURLX699METASTASISLX661PRIMARY_TUMOURLX255BMETASTASISLX682NORMALLX7...