在转录组差异基因分析中GO富集分析这一步，有两个表格统计的差异基因数量不一致，如下图所示： A_vs_B.GO_ann.stat.xls文件： A_vs_B_GO_enrich.xls 同是extracellular region，差异基因的数量却不相同，这是由于两个表统计的方法不太...
...免疫相关基因集合。 在GSEA的分析时，可以链接网络使用在线的这些基因集，或者把这些基因集下载到本地使用。
...# 加到 obj_all@meta.data 里# 合并成一个新列 TE_subtype# 其他没匹配到的细胞，保持原来的 celltype# 先初始化 TE_subtype 为 celltypeobj_all@meta.data$TE_subtype <- as.character(obj_all@meta.data$celltype)# 找到 T 细胞中能在 obj_all 里匹配到的行名t_cells <...
老师，在做拟时序分析的时候，做出来细胞分化轨迹的结果和实际细胞分化方向有差异，可以怎么调整参数得到和生物学上分化方向相同的结果呢？
...:v2.0 如果需要用到最新的软件分析数据可以使用这个2.0版本的镜像， 这个已经更新到百度云盘中，大家重新下载脚本资料即可 视频课程：https://bdtcd.xet.tech/s/3QzQFb
... 结果为c.biancheng.net/index.html。注意，以上写法遇到第一个匹配的字符（子字符串）就结束了。例如： url="http://c.biancheng.net/index.html"echo ${url#*/} 结果为/c.biancheng.net/index.html。url 字符串中有三个/，输出结果表明，Shell 遇到第一个/...
我查了TOMsimilarity和TomsimilarityFromExpr两个函数，似乎是不同的。这个如何解释？
...据视频，输入“. doc.sh”，发现报错，让我选择docker镜像版本，但其中只有docker.io/omicsclass/metagenomics:v1.0镜像可用。我用Rstudio和组学大讲堂提供的服务器分别下载这个镜像（docker pull docker.io/omicsclass/metagenomics:v1.0），但是下载需...
新版Docker的安装依赖：WSL2 同时对Windows系统版本要求： Win11家庭版： 21H2及以上版本 Win10 家庭版： 20H2及以上版本 (Win11或win10其他版自带WSL2，比如专业版，自带WSL2可以直接安装docker，如果电脑系统较老，安装Hyper —V） WSL2：...
左边的是示例，右边的是我的，少了cds 这是错误，不知道哪里出问题了
...据的平均read counts和离散分布来估计可靠的样本大小。 在线网址为：https://cqs-vumc.shinyapps.io/rnaseqsamplesizeweb/ 用法如下： read count 表达量数据格式如下：
...selscan、rehh 等1. 软件下载安装：编译过程依赖 GCC 4.7 以上版本git clone https://github.com/evotools/hapbin.gitcd hapbin/build/cmake ../src/make可以运行看看是否出现帮助文档：hapbin/build/ehhbin -hUsage: ehhbin --map input.map --hap input.hap --locus id-h,--helpShow t...
老师您好！我想请问一下在动植物比较基因组的全部分析过程中，分析过程中你们都用到什么软件，软件是什么版本的，以及这些软件的具体使用过程。麻烦告知一下，非常感谢。