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问题 同一物种批量注释基因组

...gff3文件，包括训练集都是gff3文件，与8个基因组的坐标并不一样，请问是否有方法解决这个问题？

问题 用三代测序测全长转录组，样品准备有什么不同吗？

近期课题组需要做些全长转录组，不知道RNA需要量和做普通的二代转录组有啥区别呢？

问题 成功安装WGCNA包后，调用时报错

...nager::install("WGCNA") Bioconductor version 3.8 (BiocManager 1.30.4), R 3.5.2 (2018-12-20) Installing package(s) 'WGCNA' also installing the dependency ‘GO.db’trying URL 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.5/WGCNA_1.66.zip' Content type 'application/zip' length 3436...

问题 MCSCANX共线性图代码报错

...如下 个人认为是ctl文件问题，改了几次依旧报错 但是不知道为什么 ctl和family.txt文件是直接下载的，在文件内直接修改的，路径也没错 希望老师指点

问题 Hisat2-building建立index中的killed问题

学习了有参自主分析之后，使用课程中的方法和脚本，用课程资料的样本数据练习，很流畅，很成功。 随后尝试建立自己的参考基因组（~3.4G）index。尝试了很多次，总是自动killed，生成的ht2文件总是会少1-2个，会生成几个rf文...

问题 gama 射线引起的大片段缺失

...材料单株提取叶片 DNA 进行全基因组重测序，再通过生信分析获得结构变异，从而定位到影响表型的基因。那么关于 gama 射线诱变获得的突变体，为什么不能用回交后代进行混合测序？另外在 “瘤数增多的稳定突变体材料单株提...

问题 预测启动子顺势作用原件

...信息，和我自己拿基因去NCBI寻找基因的位置出来的结果不一样而且差距很大呢？比如这个标记蓝色的基因，根据视频里出来的位置结果是2900649        2901248，而我自己找的话看到的位置是2834329   2835633，为什么会这样子呢？

问题 MCScanX运行无结果

...对比了文件也没啥问题，而且这两株菌有很高的相似性，不可能没有共线性结果，还请大家帮我看看，到底是哪里出了问题！！！！万分感谢！！！！！！

问题 共线性mcscanX绘制圈图

路径不知道到底哪里有问题啊，这块一直过不去，文件夹顺序是/home/manager/GD_HF_Mb/my_gene_family/MCScanX/mcscan/，manager,Md.gff在mcscan文件夹里，Md.collinearity在mcscan文件夹里，family.ctl在MCScanX文件夹里，2OG_box_family.txt在MCScanX文件夹里，

问题 Fst与Pi联合，筛选受选择区域

老师，您好。我再用vcftools计算Fst和Pi时，设置的窗口步长是一致的，但是跑出来的结果有一些区域出现了跳过的情况，导致两个文件的窗口不一致，如图所示，pi值的范围直接从15w到了50我，怎么解决这一问题呢？

问题 请问如何预测基因家族蛋白的二级结构？

...无关的问题，新版的参考基因组和旧版的基因ID表达方式不一样了，请问新旧版的ID怎么对应呢？

问题 基因家族成员鉴定cdd

...是保证有STK，丝氨酸和组氨酸的这个基序在。所以有些搞不清楚

文章 利用sed 命令去掉windows下回车符

在Windows中文件的换行符与linux中是不同的，其在linux中显示为^M，在使用脚本处理时并不希望有这个符号，所以需要去掉此符号，其方法如下： sed  -i 's/^M//g'  test.txt    ^M 是回车换行符,输入方法是按住CTRL+v,松开v,按m

问题 GEO下载lncrna芯片注释问题

...者是Platform GPL19615 这个平台也是无法出现正常gene symbol，不知道是否是因为lncrna，或者mirna的原因。

问题 提取可靠基因家族成员的结构域序列

运行代码如下 cat ../id.txt|while read ind;do grep -f ./check/${ind}.WRKYgene.list ${ind}.WRKY_hmmerOut.cut_e_len.txt > ${ind}.WRKY_hmmerOut.final.txt done 不提示报错但输出文件没有东西。 输入文件如下