我有同一个样品既需要做重测序也要做转录组，不知道取样上是否有区别？
计算KaKs时，输入命令后，显示不能打开文件，如下图，不知道哪里操作错了，注：已经将KaKs_Calculator2.0文件从课程视频中下载并存放到share3目录下，并解压。 manager@bl8vbox[gene_deplication] /home/manager/share3/KaKs_Calculator2.0/KaKs_Calculator2...
... MMRd 患者的 371,223 个肿瘤细胞和邻近正常细胞进行了转录分析。无监督分析确定了来自 7 个不同细胞谱系的 88 个细胞亚群，以及 204 个基因表达程序的相关概要。对这些程序的检查揭示了广泛的转录和空间重编程，这是 MMRd 和 MM...
好多基因家族分析的脚本呢=都要用到bioperl，都需要安装，虚拟机好像不足以支撑大的基因家族分析，太慢，太卡，所以求在linux上安装bioperl的方法，我试过网上的几个，都没安装成功 有一种方法感觉安装成功了，但是运行脚...
...DNBelab C4单细胞RNA-Seq文库制备流程基于Drop-Seq技术原理，匹配自主研发的多磁珠识别技术，包括两种捕获磁珠，分别为大磁珠和小磁珠。大磁珠表面修饰有长、短两种捕获序列，数目多达10的7次方。长捕获序列用于捕获mRNA，短捕...
..._input，并没有输出vcf文件，以及输出的注释好的文件也是不完全的，请问这是怎么回事？是内存不够吗？
...多样本，用课程里循环的方式太麻烦了，而且我的数据都不在一个文件夹，数据的命名规则也不一致，目前已经将样品名，双端数据都整理在一个list里了，有没有相关脚本来替换课程的循环脚本？ 课程里给的脚本里好多步骤...
...。SeqCluster 尤其适用于发现新的microRNA和其他小RNA，以及分析已知的小RNA。 SeqCluster 的一些关键特性包括： 小RNA聚类： SeqCluster 使用一种聚类方法来将共享相似表达模式的小RNA序列分组。这有助于识别潜在的功能性小RNA簇。 新...
gff3文件第9列是GENG id但gff文件的id是不一致的，怎么来更改转换尼
...xt WRKY_remove_redundant_IDlist.txt命令后得到文件的格式就和Demo不一致了，只呈一行排列，之后获取蛋白结构域序列文件时就是空的，请问是什么原因呢？
...文献的时候发现，为什么很多人鉴定出来的家族成员数量不一样呢，就比如拟南芥WRKY基因，有的人鉴定出来的是72个，有的人鉴定出来的是74个，这个是怎么回事呀，同样水稻也是不同。是E值筛选的时候设置小了吗？具体发文章...
如果还是继续用GDCdownload下载数据的话，之前筛选出来的primary site就没有被用到，下载之后还是所有HNSC的表达数据，看了一下GenomicDataCommons这个包里有有一个gdcdata函数，应该是用来下数据的，但是不太会写代码。
...到已经使用软件过滤掉了低质量的reads，这一项是否可以不做处理？另外overrepresented sequence也有warning，考虑到是rna-seq数据，是否可以忽略不计？
...，经常会听到“共线性”这个词，但是与其对应的有两个不同的概念，即 (1) synteny ： 同线性(synteny): 两个物种的几个同源基因分布在同一条染色体上，不需要考虑到基因之间的排布 (2) collinear 共线性(collinearity): 两个物种...
请问我不知道我测序的物种基因组多大，利用二代数据进行survey时，K值设置17，19，21时基因组大小、杂合度差异都很大，这种情况我应该选择K值为多大呢？