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问题 选择清除Fst和Pi联合作图

老师,想问下为什么这个图片右上角的图例,log2(π ratio)的阈值都是一样的,看横坐标的值,应该一样呀,一个正一个负。

问题 samtools sort 时候报错

您好,我是用bwa 比对二代双端测序数据到draft genome.fa,得到的sam文件用samtools sort的时候报错,fail to read the header from "assembly_illumina.sam" 知道是什么原因?SAM文件这样的,谢谢!

问题 想请教一下,conet网络构建的课程,用提供的数据文件分析完全可以,但是用我的数据文件就报错。我尝试了用测序公司提供的xlsx格式,并把数据形式改成和课程提供数据完全一样,再转化成txt制表符文件格式后输入,选择第二个选项(由biom格式转化来的文件),结果报错。把测序公司提供的biom格式文件输入,选择第三个选项(biom HDF5格式,还是报错)。这是什么问题呢?

问题 如何手动将aln转成axt?

kaks计算用了很多种方法转换axt,最后计算都说equal,查看序列都相同,也符合三的倍数,都含有ATG,但是就是equal,查到老师说可以用notepad++手动转成axt,请问怎么转呢?

问题 基因变异的VCF文件除了染色体部分外的其他变异数据如何过滤?

各位老师好,想请教一下,我在做BSA分析的时候,VCF文件里面有许多除了染色体外的其他数据(见附图),这种super大概有三千多个,导致后面分析了图,请问下这种数据怎样剔除?

问题 使用clusterProfiler进行富集时,无法生成图片

使用clusterProfiler对非模式生物进行GO/KEGG富集时,无法生成图片,最后只有一个白框。而且最终结果dim后发现也正常,有没有大神知道这是怎么回事? 代码及详情见图片

文章 手动绘制dimplot

...int(size = 1,aes(UMAP_1, UMAP_2, color = cluster)) +   geom_point(size = 5,              data = df_center,              mapping = aes(x, y),              color="grey90",              alpha = 0.8)+   geom_text(data = df_center,             mapping = aes(x, y...

问题 老师您好,我购买了扩增子的课程,在做分析时遇到如下问题:我是混样后侧的序列,结果只有一个fasta格式的序列结果。但是跑课程中的代码是把每个fasta文件加序列号改成符合qiime的格式再合并。而我一开始就是合并在一起的文件,想问有什么办法把合在一起的文件拆分成多个fasta文件吗?或是直接在合并好的文件里直接加序列号从而符合qiime格式吗?谢谢

问题 比较基因组学NCBI数据提取CDS失败

好像就只有最后一步没提取出来,我知道什么原因,请老师解答

问题 关于mirna预测靶基因数据库的下

各位老师好,我现在准备下mirna预测靶基因的数据库targetscan,但是知道该下哪个文件,请老师解答一下。

文章 GEO数据库的搜索下数据技巧

... 另外一种就是通过NCBI主页的入口基因搜索下。通常是知道GEO编号,通过样品类型,实验处理,平台信息等搜索筛选想要的GEO数据:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,进入NCBI主页,搜索数据选择GEO DataSets,如果搜索某个基因表达量可...

问题 MCScan画图每条染色体同颜色

求助 我想最后生成每条染色体颜色都相同的MCScan图,我的layout文件应该怎么设置啊????? 类似这样

文章 构建遗传图谱---作图群体如何选择?

...亲本时应尽量选用纯度高的材料作为亲本,如果材料纯度够,可以通过自交进一步纯化; 4、杂交后代的可育性:杂交后代可育性低会影响分离群体的构建,会导致严重的偏分离现象,降低图谱的准确性。 分离群体类型 根...

文章 进化树+基因表达热图二合一靓图绘制教程

...图,中层是基因ID,里层为拟南芥基因之间的进化关系,仅直观地展现了物种的进化发育系统,还把每个基因的表达量信息也展现出来,是是很漂亮!今天我就教大家绘制上面这个图,让你的图成为进化树中最靓的仔! 1. ...

文章 疫情当下,“云办公”在国外会面临什么样的问题和挑战

...。 但是国外的疫情,看上去正在重蹈我们之前的路。断飙升的确诊人数,让原本对“病毒”漠关心的老外,也重视起来。 23号,随着美国确诊病例数量已经快速攀升到全球第三,特朗普再度发表声明,华盛顿成...