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问题 基因家族分析--结构域在线数据库中确认

老师, 在基因家族分析--结构域在线数据库中确认的时候, 首先使用的是利用pfam的结构域使用hmmsearch的方法找到的候选基因, 在后续的NCBI-CDD的确认 和 smart 网站确认的过程中, 发现在这两个网站分别有几个基因含有目标结...

文章 轻松搞定Krona图

...KRONA图看起来会很复杂,但其实绘制并麻烦,通过安装插件在Windows当中完全可以自己搞定。话多说,我们直入正文。 Krona官网地址:https://github.com/marbl/Krona/wiki 安装 想在Windows上绘制Krona图,我们需要安装一个Excel插件(364...

问题 老师好,我想问一下自己找公司测序得到的GB文件和fasta的文件跟NCBI上下的需要做一个统一化处理吗?如果要做的话,需要采用哪种方法?因为我发现他们注释的基因顺序太一样,所以就担心对后期的分析有影响。(比如说特征统计分析,密码子偏好性分析,IR区边界分析,重复序列分析,结构变异分析,序列多态性分析,系统发育分析,分子标记开发等)

问题 老师 就是在做种群动态历史那里 我截红色箭头指出的那个bam文件,是把所有的bam文件合并在一起的吗 还是什么意思呀。

文章 在线进化树美化网站-iTQL

...之外:两分钟做一张让人羡慕的系统进化树图!也有在线工具可以实现这项工作,譬如iTQL:http://itol.embl.de/ 进入网站主页之后,选择Upload进入数据上传页面,提交MEGA构建进化树的结果文件nwk. 导入文件nwk,或者直接粘贴n...

文章 miRWalk: 一个预测人类miRNA靶基因的网站

...主要是依赖于miRNA 5‘的 2-8位seed区域。目前虽然有很多的在线网站支持动物miRNA靶基因的预测,但是大部分网站都很少更新,数据比较陈旧,今天就讲一个一直在更新的miRNA靶基因预测网站miRWalk。 1. miRWalk 简介 miRWalk是比较早的...

问题 利用Heatmapper在线网站绘制基因编号时显示基因ID,只显示数字1,2,3...

...在参照转录组分析后数据挖掘课程里介绍的利用Heatmapper在线网站绘制基因ID时,热图右侧只显示数字1,2,3,显示基因ID,但是Excel表格中,已经按照第一行样本名称,第一列基因ID名的格式整理了,请问如何解决这个问题?

文章 cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用

一、cytoHubba插件 1.利用cytoHubba插件通过拓扑网络算法给每个基因赋值,排序挖掘关键基因(hub gene)和子网络 cytoHubba根据nodes在网络中的属性进行排名。它提供了11种拓扑分析方法,包括:DegreeEdge Percolated componentMaximum neighborhood compo...

文章 在线版fimo程序做转录因子结合位点预测

...可以查找指定序列中的motif结合位点,这里介绍一下他的在线版用法。 首先,选择输入motif文件,需要meme格式。 然后输入查询的序列,选择我们准备好的序列文件。 最后输入邮箱,工作描述,也可填。 还可修改匹配...

文章 常用软件在线使用

UZER.ME:该网站可以直接在线使用 Word、PPT、PS、AI、SPSS、CAD 等软件,省去了在自己电脑上安装软件的麻烦! 网站地址:https://uzer.me/ 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视,有兴趣可以了解一下: 1. 文章越来越难发...

问题 老师您好,我在用CoNet插件做网络分析时Permutaion出网络,所有的值都为0,怎么办

老师您好,我在用CoNet插件做网络分析时Permutaion出网络,所有的值都为0,怎么办?

文章 docker在windows系统和mac系统中安装

...r QuickStart 图标来启动 Docker Toolbox 终端。 首次安装,会在线boot2docker.iso到:c:\Users\Administrator\.docker\machine\cache\  :注意:如果点击Docker QuickStart 这个路径可能存在,所以一定要运行一下Docker QuickStart 让他下文件并创...

文章 植物 SSR引物数据库 NAR 发核酸研究

...小以及序列信息。用户可以利用数据库进行微卫星DNA位点在线鉴定及分子标记在线设计。该数据库还提供了多种检索方式和下功能,所有数据和分析结果都可下。    该数据库为全球研究者们提供了在线的、友好的、便利...

问题 老师您好,我在用CoNet插件做网络分析时总是提示出错,请问是哪里出了问题?

文章 lightPDF——在线PDF工具箱

lightPDF是一款非常好用的免费在线PDF编辑网站,无需注册,PDF与其他格式之间任意互转,还自带很多PDF小工具,如ocr识别、PDF加密。 网站地址:https://lightpdf.com/zh/ 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视,有兴趣可以...