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问题 求助,怎么把vcf文件的非变异位点去掉呀?

也就是ALT列为.的行 我想vcftools或者bcftools的命令没找到官方命令 自己写命令删除ALT列为.的行它正常运行但是生成的文件没办法正常打开,显示binary文件求大佬解答

问题 老师,我更换镜像了,但本地镜像一直加载不了,显示如下。然后,我在服务器上,导入镜像,运行docker run -it --rm --name pangene --group-add keep-groups -v /home/us132/pangene:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v2.0做了泛基因集构建。之后继续做其他分析,然而,运行镜像时一直出错,进不去,错误显示如下。

本地镜像导入:系统运行时

文章 细胞凋亡检测最火方法——Annexin V/PI双染法

...细胞内建的防御机制之一,在生物的正常发育及疾病抵御起到重要的作。 凋亡是个复杂的过程,至少有两种主要途径 – 内在和外在 – 导致了程序性细胞死亡。目前至少有十数种检测细胞凋亡的方法,从大框架上讲,可...

文章 MUMmer + SVMU : CNVs

...${query}.fa  rm sv.${query}.svmu_CNV.vcf  echo -e "#CHROM\tPOS\tID\tREF\tALT\tQUAL\tFILTER\tINFO\tFORMAT\t${query}" >>sv.${query}.svmu_CNV.vcf        cat sv.${query}.svmu_CNV.xls | while read n        do          chr=`echo $n | awk '{print $1}'`          pos=`echo $n | awk ...

文章 2020考研340万人:研究生毕业这么难,你们为啥还要考研?

告诉你一个秘密: 距离2020年研究生考试只剩26天了。。。 而你还在刷手机。。。 据数据推测,2020考研将难到吓人! 2019年考研人数是290万,增幅21.8%, 根据这一数据,有网友推断2020年考研人数将增至340万,比2019年多50万人...

问题 在singuarity使gatk时调不了HaplotypeCalle指令

命令: /public/software/singularity/bin/singularity exec /public/home/huangyou/docker-images/reseq-v2.0.sif gatk --java-options HaplotypeCaller -R /public/home/wangyongsheng/PepsiCo_OT3098_V2_panoat_nomenclature.fasta \ -I /public/home/wangyongsheng/oats/text/picard-bam/${i}.sorted.dedup.bam \...

文章 Rstuido相关快捷键

部分Rstudio快捷键 Ctrl - o 打开文件 Ctrl - Shift - C 取消注释或注释当前选定区域 Ctrl - f 查找搜索 Ctrl - d 删除行 Ctrl - s 保存 Ctrl - z 撤销 Ctrl - 1 将光标定位到代码编辑器 Ctrl - 2 将光标定位到控制台 Ctrl - 3 将焦点定位到帮助...

问题 mega构树

想请教一下老师,mega软件导出来的network文件,figtree打开为啥是小数?figtree如何只显示大于70%的bootstrap值?

问题 老师,转录组课程一个基因提取一个蛋白序列作为基因代表序列于同源注释,我152个基因,但是只提取出138个蛋白序列,没提取出来的在总的蛋白库里都有,想问下为啥提不出全部

文章 vcf格式文件基础知识与编辑操作详解

...目的人都会遇到VCF文件,这个文件记录了所有样品基因组所有位置变异(主要包括SNP和InDel)信息。后续几乎所有的分析内容都是基于此文件,比如进化树分析、群体结构分析、PCA分析、GWAS关联分析等等。因此了解VCF文件格式...

问题 泛基因家族分析

老师您好,公司帮我整理的last.gene.pair文件pangenID为啥品系的缩写命名呢,没有规律性。这个不影响后续的分析吗?

问题 我在WIN2012Servers版安装了一个ubuntu 的Hyper-V虚拟机,现在windows能上网,虚拟机上不了网,ip addr 查看过,ip与以前显示的不同,怎么回事?打开虚拟机会出现系统出现问题的字样,执行rz命令下面出现一行像是乱码的东西,然后就返回不了了,求高手指点!

文章 linuxrename 批量重命名文件 批量文件改名字

...法上有所区别: 区分方法: rename --version 如果返回结果包含 util-linux , 说明是 C 语言版本, 反之是 Perl 版本 区别: C语言版本, 支持通配符[常通配符说明]? 表示一个任意字符* 表示一个或一串任意字符[charset] 可替代...

问题 基因家族分析mcscanX共线性分析时,提取不了对应的蛋白序列

老师您好,在进行mcscanX共线性分析时,提取不了对应的蛋白序列,基因id和蛋白id好像没有对应关系,,,这是已提取的AT.gff文件转录本名称都是下面这样的。。。新人刚接触这个,麻烦老师了!可以通过修改get_fa_by_id.pl的脚本...

问题 在MAGA,如何同时选择多行的gap啊?视频可以直接选这个区域了,我选择不了,只能一行一行的