文章 R实现统计中的检验方法---方差分析ANOVA

...NOVA)，又称“变异系数分析”，是R.A.Fisher发明的，用于两个及两个以上样本均数差别的显著性检验。 1.适用条件 方差分析数据必须满足3个条件即独立、正态，方差齐次性。 ---------------------#正态性检验#---------------------#Shapiro...

问题 你好，请问做顺势作用元件分析时，小麦分染色体提取时，怎么每条染色体都只提取了一条序列，谢谢老师，可是我内存分配了11个G，应该不是内存不够吧

文章 TCGA数据库挖掘-肾细胞癌相关biomiarker筛选案例解析

...biomarker进行有效的临床诊断和预后也是公共数据分析的一个方向。这里就给大家介绍一篇文献：利用WGCNA鉴定嫌色细胞癌biomarker。 数据来源从TCGA数据库下载嫌色细胞癌样品相关数据，共获取66/25个相关样品的表达谱数据，同时...

文章 GEO在线分析工具--GEO2R进行基因差异表达分析

...果。 以下内容，将利用案例数据GSE106876 （B细胞淋巴瘤9个样本数据）进行演示。   GEO2R分析页面 通过GEO主页Tools，点击Analyze a Study with GEO2R，可进入GEO2R分析页面（网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/），页面显示如下图A。 ...

文章 IF=4.1|玉米ARF基因家族的泛基因组分析和表达验证

...手段。01—家族成员鉴定文章选取了Hufford等人研究中的26个玉米品种泛基因组数据集作为研究数据，并从Pfam数据库下载ARF的隐马尔科夫模型PF06507。通过HMMER搜索(e<10-5)及Pfam、SMART数据库二次确认，最终共鉴定出35个ARF家族成员...

文章 IF=5.6|GBM单细胞数据挖掘实践

...析部分主要结果: 单细胞数据集来自GEO数据:GSE84465, 其中4个GBM样本共3589个单细胞表达数据，作者筛选其中的2343个来源于肿瘤核心部位的细胞进行分析。分析用到的R包为Seurat 。经过质控及标准化数据，194个低质量细胞被过滤掉...

文章 几个样品的转录组文章很难发了？这篇文章一定能给您启示

遥想当年，测一个转录组要一万多，现在只要一千多，旧时只有大课题组才能负担的堂前燕现在也飞入了寻常实验室。同时伴随着测序价格的下降，不少老师也在感叹简单测几个转录组就能发SCI的好时期过去了，可事实真是这样...

问题 根据log文件判断进化树最佳模型

...log文件看best-fit model但是我打开我的log文件后没看到这几个单词，您可以帮我看一下我这个结果里面哪个代表了最佳模型吗，谢谢老师 结果如下：  1 IQ-TREE multicore version 2.2.2.2 COVID-edition for Linux 64-bit built Nov 16 2022       2 Develo...

文章 基于多数据集分析ANLN在宫颈癌所起到的功能

...的数据分析鉴定宫颈癌相关biomarker也是进行相关研究的一个方向，也有助于其他的科研人员开展更深层次的探索。这里就给大家介绍一篇文献：基于GEO数据库相关数据进行宫颈癌biomarker鉴定。 数据来源 从GEO数据库下载GSE29570和...

文章 GWAS中P值的筛选阈值原理是什么

...om/s/2KgXQq 对于统计学假设检验来说，多重检验校正是一个非常重要的领域。我们在进行假设检验的时候，通常会设置一个零假设，之后计算出一个p值，即数据分布符合原假设的概率，p值越低，即代表拒绝原假设的概率越大。...

文章 IF=5.7 | 转录组数据揭示类风湿关节炎的临床诊断模型

...发展，被认为是治疗的关键靶点。因此，文章通过整合多个数据集来探索 RA 的机制。建立了 T 细胞相关的诊断模型，为 RA 免疫治疗提供新方法。 从基因表达综合（GEO）数据库中获取类风湿性关节炎的scRNA-seq和bulk-seq数据集。采...

文章 qiime自带的alpha_diversity.py脚本报错

alpha_diversity.py -i some.biom -m observed_species,shannon,chao1,simpson,ace,goods_coverage 在运行时报错 File "/share/work/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/scikit_bio-0.2.3-py2.7-linux-x86_64.egg/skbio/diversity/alpha/_ace.py", line 70, in ace raise ValueErr...

文章 典型相关性分析CCA与冗余分析RDA

...，采用类似主成分分析的做法，在每一组变量中选择若干个具有代表性的综合指标（变量的线性组合），通过研究两组的综合指标间的关系来反映两组变量之间的相关关系。基本原理是：首先在每组变量中找出变量的线性组合，...

文章 转录组+sRNA+降解组=7分文章

...基因的表达，如下图： （5）共表达网络分析 为了更好的揭示东南景天中Cd处理下的调控机制，作者利用转录组数据与sRNA测序数据进行了WGCNA (加权基因共表达网络）分析，以期能够挖掘不同的基因共表达的模块。分析获...

问题 在进行家族基因共线性分析时，发现五十几个基因却有一百多个共线性对这是正常的吗？

发现他57个基因有99个大片段复制，看了一下文件，发现它有些是A同时对到B、C、D、E；然后B再对到C、D。这样是正确的吗？会不会重复了，导致共线性对太多？