问题 老师您好，我在运行megahit对200多个环境微生物宏基因组数据进行组装时，megahit报错Exit code -9

...ut_prefix /data2/temp/megahit/tmp/k21/21 --num_cpu_threads 64 -k 21 --kmer_from 0 --input_prefix /data2/temp/megahit/tmp/k21/21 --need_mercy; Exit code -9 应该是运行内存不够，目前是1T运存，是否可以分成几个批次组装，然后合并各个批次组装后的final.contigs文件...

问题 Orthofinder报错出现ZeroDivisionError: float division by zero

...thologues.py", line 1007, in OrthologuesWorkflow     results_name, root_from_previous, i_og_restart)   File "/home/nick/data/software/scripts/cluster/reanalysis_20250731/psiblast/mmseq2/OrthoFinder-master/scripts_of/orthologues.py", line 1103, in InferGeneAndSpeciesTrees     i_og_restart=i_o...

问题 基因家族提取用hmmsearch --domtblout result.txt --cut_tc zf-C2H2.hmm Fvesca_226_v1.1.protein.fa 时提示 Failed to open tabular per-dom output file result.txt for writing

我用Bio-Linux-8.0.7.2018.10.31可以运行这一步，但Bio-Linux-8.0.7-2019.3.20这个版本运行出现上的提示，请老师指导

问题 samtools sort 时候报错

您好，我是用bwa 比对二代双端测序数据到draft genome.fa，得到的sam文件用samtools sort的时候报错，fail to read the header from "assembly_illumina.sam" 不知道是什么原因？SAM文件这样的，谢谢！

问题 DANPOS3分析MNase-seq数据

...组数据，出现下面的报错 ValueError: math domain error R[write to console]: Warning messages: R[write to console]: 1: R[write to console]: In ppois(q, avg, lower.tail = FALSE, log = TRUE) : R[write to console]:  NaNs produced R[write to console]: 2: R[write to console]: In ppois...

问题 Agilent单色背景校正，Error in if (alpha

...in if (alpha <= 0) stop("alpha must be positive") :    missing value where TRUE/FALSE needed In addition: Warning message: In log(out$alpha) : NaNs produced

文章 浅谈几种常用的蛋白互作实验研究方法!

...下游基因得到转录。 Fields建立了一个双杂交系统，BD与X蛋白融合，AD与Y蛋白融合，如果X、Y之间形成蛋白-蛋白复合物，使GAL4两个结构域重新构成，则会启动特异基因序列的转录。构建BD-X蛋白载体及AD-Y蛋白载体，并且共同转载...

文章 蛋白序列亚细胞定位 WoLF PSORT

... cytoplasmic   nuclear  plasma membrane  mitochondrial  vesicles of secretory system  vacuolar 参考文献： Xiong, E., Zheng, C., Wu, X., & Wang, W. (2015). Protein Subcellular Location: The Gap Between Prediction and Experimentation. Plant Molecular Biology Reporter, 34(1),...

文章 subset提取符合条件的数据

利用subset从数据框中选择符合条件的数据 subset(x, ...) x表示一个待筛选data frame 例如有如下数据： > dat Samples group treatment Time1 GSM1625995 con6h control 6h2 GSM1625996 con6h control 6h3 GSM1625997 con6h control 6h4 GSM1625998 con12h ...

问题 老师你好，我在qiime2分析数据的过程中在进行第二步生成特征标和代表序列时输出的文件在可视化指令执行后，就提示该qza文件is not a QIIME 2 Artifact (.qza)，无法进行可视化分析，直接进行下一步物种分类时输入文件也存在相似问题，这几步在第一次分析时都没有问题，只是当时进行第三步分析时内存爆满，后重装c盘再次重新运行时出现了这些问题

文章 R脚本报错|URL 'https://raw.githubusercontent.com/YinLiLin/R-CMplot/master/R/CMplot.r': Timeout of 60 seconds was reached

...://raw.githubusercontent.com/YinLiLin/R-CMplot/master/R/CMplot.r': Timeout of 60 seconds was reachedExecution halted 多次运行一直没跑过去，可能就是网络信号不太好，过一段时间后就可以跑通了。

文章 利用vcftools分析玉米和大刍草基因组区域或基因区域是否受到选择

.... Vcftools 进行计算 vcftools --vcf chr_4_imputed.vcf  --chr chr4  --from-bp 25300000 --to-bp 25400000 --keep dachucao.csv --window-pi 1000 --out dachucao_1000.pi vcftools --vcf chr_4_imputed.vcf  --chr chr4  --from-bp 25300000 --to-bp 25400000 --keep maize.csv --window-pi 1000 --out maize_...

问题 老师，您好，我按照课程安装doekcr，下载了群体遗传学的镜像，在启动镜像的时候总是显示错误，请问老师该如何解决呢？

.../pop-evol:work omicsclass/pop-evol-gwas:latest 总是显示Error response from daemon：failed to create task for container: failed to create shim task: OCI runtime create failed: runc create failed: unable to start container process: error during container init: error setting cgroup config for p...

问题 docker拉取不了镜像了？怎么回事

... PS C:\Users\cz> docker pull omicsclass/samtools:latest Error response from daemon: Get https://registry-1.docker.io/v2/omicsclass/samtools/manifests/latest: Get https://auth.docker.io/token?account=erdongzhengwen&scope=repository%3Aomicsclass%2Fsamtools%3Apull&service=registry.docker.io...

问题 SNP过滤de问题

...   --recode               --stdout After filtering, kept 320 out of 320 Individuals       Outputting VCF file...       After filtering, kept 0 out of a possible 40089272 Sites       No data left for analysis!       Run Time = 2539.00 seconds 求助一下