问题 老师，我要分析几个品种的基因表达量数据，在公共数据库大部分只有叶片组织的播种24天及以后的数据，我都选取播种24天的数据进行转录组分析可以么，另外我想以其中一个品种作为参考基因组，我是不是需要把这个基因组的fasta文件和gff文件建立索引，然后再分析这几个基因组的rnaseq数据，包括参考基因组的ranseq

问题 老师好，我有个基因和小RNA的互作图要整理，其中要在图上格外标注出所在的通路，在cysocape应该怎么操作

模仿这个做一个类似的。我是找了15条代谢通路

问题 老师您好，想咨询GEO问题

我在GEO中找到3个不同的GSE系列，打算分析某个疾病中的实验组和对照组的对比情况，然后再对3个GSE系列求交集。问题如下：1.如果这3个GSE系列是在同一平台，都是单通道芯片，样本信息显示如下图，那么数据信息是不是现成的...

问题 手动确认NBS结构域时，在SMRT确认的含NBS结构域的基因数目与已发表文献中的不符

...芥的NBS基因家族分析时，最后经过hmm两次搜索一共获得192个基因，在SMRT中确认结构域的时候，最上面显示没有匹配的是10个，然后对下面出现结构域的基因一一检查，发现只有98个有该结构域，发表的文献中是165个左右，有两次...

问题 老师你好，我想问一下亚基因家族没有pfam号的话，使用blastall，那比对率要设置多少合适呢？

...打算筛一下比对率，这个阈值设多少合适呢？或者有什么更好的筛选办法吗？谢谢

问题 老师您好，请问，我本来有11个样本，按课程里面的代码输入后，为什么少了两列样本呀？到底是哪里有问题呀啊啊啊！

文章 linux命令之grep

...格式为：grep  [选项]  ”模式“  [文件]grep家族总共有三个：grep，egrep，fgrep。常用选项：　　-E ：开启扩展（Extend）的正则表达式。　　-i ：忽略大小写（ignore case）。　　-v ：反过来（invert），只打印没有匹配的，而匹配的...

问题 老师您好，生信文章因步骤相似，都是用固定的几个网站，文章查重重复率较高，老师生信类文章重复率一般要求多少？

问题 用qiime1 pick otu时，用de novo方法到最后一步时，出现图片的情况，好几个小时都是这样，出了什么问题？

问题 老师，我在做基因结构分析的时候，有的基因上没有这10个保守结构域中的任何一个，这是为什么啊？是我哪里做错了吗？

问题 请问老师，"i"和"j"有特殊的意义吗？然后空格“ ”是怎么用j表示的？空多少个格怎么和j的range联系起来呢？

问题 合并gvcf的问题

我有一批大约300个样本的gvcf文件，我尝试使用GATK的CombineGVCFs合并这些gvcf文件，但是提示我错误：A USER ERROR has occurred: The list of input alleles must contain <NON_REF&gt; as an allele but that is not the case at position 763769; please use the Haplotype Caller...

文章 植物代谢通路注释+基因表达可视化神器--Mapman

...？在功能分类或者通路图上显示出基因的表达数据？有一个工具可以做到——Mapman！ (官方网址：https://mapman.gabipd.org/）。 Mapman是一个针对植物，对基因在生物体代谢途径和生物过程中的功能进行分类的工具，它采用了层次分...

文章 华为是如何绝地反击，强势崛起的？（1）

...价格也比同期的高价机型高不少。 消费者一直都愿意为更好技术和体验买单，有本事做出更好手机的厂商，拿走这个钱。 去年十月发布的Mate10是个标准的水桶机，各方面都不错但缺少绝对亮点。所以Mate10的销量在华为旗舰机...

文章 bam文件格式详解

...制的bam文件。 第1列：fastq的read ID 第2列：FLAG（如果某一个数值不是下面的任意值，那么那个数值就是下面这些数里面几个的和）。另外，如果flag值是0，那么说明测序为单端测序且这条read是primary line，一般是该read的最佳比对。...