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文章 ssGSEA.r 单样本基因集富集分析

...cells TNFRSF17 B cells ABCB4 B cells BLNK 结果说明： 得到每一个样本的不同基因集中的NES值：  NES值：用最大值与最小值间的绝对差对ssGSEA分数进行标准化。 cell_type TCGA-B7-A5TK-01A-12R-A36D-31 TCGA-BR-7959-01A-11R-2343-13 TCGA-IN-8462-...

文章 At core/community/optimal_modularity.c:87 : GLPK is not available, Unimplemented function call

...g++可能编译时没有用到相应的库，应该可以手动指定。 这个可以参考CentOS/Redhat R包使用最新的gcc编译这篇文章的环境变量设置部分或者文章How to specify (non-R) library path for dynamic library loading in R?。成功测试的结果如下：> library(i...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE146771)

....gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE146771 数据下载与预处理代码： 这个数据有点特殊是smartseq的单细胞数据，为全长数据，并且已经做TPM标准化： #数据下载 wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE146nnn/GSE146771/suppl/GSE146771%5FCRC.Leukocyte.Smart...

文章 O2PLS-DA分析

...t analysis） 在已知的分类之下，一旦遇到有新的样本时，可以利用此法选定一判别标准，以判定如何该将新样本放置于那个族群中

文章 NCBI下载的10X单细胞数据只有read1和read2如何读入cellranger

10x的数据可以使用 cellranger mkfastq 产生，下面的例子是两个样本同一个lane测序拆分后分析；第二个例子是同一个样本两个lane测序，需要合并一起分析； 大家注意文件命名方式，蓝色和红色部分； cellranger命名规则 : https://supp...

文章 CentOS 7 yum安装报错

...rorlist.centos.org 不再存在，解决方法： 要解决该问题，您可以批量更新所有 .repo 文件： sed -i s/mirror.centos.org/vault.centos.org/g /etc/yum.repos.d/CentOS-*.repo sed -i s/^#.*baseurl=http/baseurl=http/g /etc/yum.repos.d/CentOS-*.repo sed -i s/^mirrorlist=http/#mirrorl...

问题 作共线性分析的时候，用水稻的bed文件，无法获得水稻的cds，是不是因为水稻的cds.fa文件内是os08t0254300-00，而不像拟南芥的at012358.1这样后缀不一样，所有无法过去它的cds

运行这个命令的时候perl get_fa_by_id_from_bed.pl ATH.bed Arabidopsis_thaliana.TAIR10.cds.all.fa ATH.cds 脚本：#北京组学生物科技有限公司 #email: huangls@biomics.com.cn die "perl $0 <idlist> <fa> <OUT>" unless ( @ARGV == 3 ); use Math::BigFloat; use Bio:...

文章 单拷贝直系同源基因构建系统发育树以及分歧时间

...一篇查找单拷贝直系同源基因研究真菌遗传进化的方法，可以参考： Species tree construction and gene family expansion analysis Together with L.edodes, 26 fungal species assigned to Basidiomycota or Ascomycota were used in the phylogenetic analysis. The protein sequences o...

文章 rocks mysql数据库多实例数据库配置

...件分开 socket分开 日志分开 多serverid 都可以使用mysql用户 #总结，初始化多次数据库 创建目录修改权限 mkdir /share/work/mysql mkdir /share/work/mysql/3306chown mysql:mysql -R /share/work/mysql 修改mysql配置文件，执行...

文章 plink 软件core dumped报错

... 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？...

文章 blast比对软件使用

...92 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂...

文章 一文教你转录组数据如何挖、文章怎么写！

...，无非是以下两种： 转录组数据结果似懂非懂，无法做到从海量结果数据里一层一层筛选出关键的研究结果。转录组后续分析及实验无思路，无法完成整个科研闭环！ 解决以上两个问题，一是要真正读懂转录组结果，要知其...

问题 老师，我正在做泛基因家族分析，在构建泛基因列表时，整理完matrix.txt文件，进一步进行矩阵整理时，得到的pangene.txt为什么都是nogene呢，另外，我们老师，我正在做泛基因家族分析，在构建泛基因列表时，整理完matrix.txt文件，进一步进行矩阵整理时，得到的pangene.txt为什么都是nogene呢，另外，我们

...，我们做基因家族存在缺失分析，是用final.last.gene.pair.txt这个表格信息吗？ pangene.txt是什么时候用呢？

文章 可变剪切在癌症中的研究

...基因进行生存分析，构建预后模型的文章思路，感兴趣的可以点下以下三个链接查看详细内容。 1. 1分钟给你5分的SCI论文思路！要不要？ 2. TCGA-人类癌症数据库差异表达基因挖掘课程 3. 再挖TCGA，发篇SCI 那么除了筛选差异...

文章 IF=3.47|非肿瘤-眼部老年黄斑变性ceRNA文章思路

...及已知的RNA调控数据数据库，找到了与AMD相关的ceRNA，就可以发到3分以上的文章，相比肿瘤相关的数据挖掘简单很多。 参考文献： Su Y, Yi Y, Li L, Chen C. circRNA-miRNA-mRNA network in age-related macular degeneration: From construction to identification...