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文章 保姆式教程！手把手教你使用Simplot，绘制高大上的序列相似性图片

...r to occurrence of Separator to  groups,可将1改为2或3或4，5.......这个是为了显示名称的前几位， 更改名称和线条颜色： 下图一些参数设置，依次是上下图例，参数等，show X、show Y网格线 图片刻度线的最大值，最小值 保存导...

文章 GenomicsDBImport 的多样本变异检测

...上的 SNP Calling，但是它的另一个优点是可扩展性，即随时可以向 database 里添加新的材料，以扩大群体数量，而不用对旧的数据再从头操作一次。 Tips：GenomicsDBImport 会按 intervals 进行变异检测，即每计算一个 interval 都会将所有...

问题 root@jieyuma-virtual-machine:/home/jieyuma/Desktop# docker search omicsclass Error response from daemon: Get "https://index.docker.io/v1/search?q=omicsclass&n=25": dial tcp: lookup index.docker.io on 127.0.0.53:53: server misbehaving

在两个不同电脑同时出现了这个问题，一直解决不了，麻烦老师了

文章 IF=8.86|肝癌免疫相关lncRNA预后标志物文献解读

...生率与死亡率很高，其致病因素繁多，但HCC 的药物治疗也取得了相当大的进展，尤其是免疫检查点抑制剂 (ICI) 2.lncRNA 与 DNA、RNA 和蛋白质相互作用并表现出增强或抑制作用。正常发育和肿瘤发生（如 HCC）都涉及 lncRNA 的调节 3....

文章 Excel数据分析技巧之方差分析

...域，点击确定即可。 4输出结果如下所示，从结果中可以看出处理前后差异极显著。 相关概念解释：DF为自由度，SS为平方和，MS为平方和除以自由度得出的均方，F值为两个均方的比值（效应项/误差项），P值为显著性。 ...

问题 用校正过的gb文件进行CPGAVAS2注释出现报错

...ious进行检查并手动纠错后，删掉了info和annotation行后，将这个库重新用CPGAVAS2进行注释，就会报下面的错说“no hit found”，请问是什么原因呢？ 我的部分注释如下：      gene            complement(4911..4984)            ...

文章 一行代码检查GWAS分析中表型数据的错误

...及除了数字和NA之外的所有字符以及所在的行数，之后就可以根据这些出错的地方检查修改表型数据了。

文章 微生物与环境因子，代谢物，功能等相关性分析linkET

...)#计算 Mantel 相关性#通过 spec_select 指定数据组范围，例如这个示例数据中，微生物矩阵的第1-22列是物种丰度数据（指定名称 Taxonomy），#第23-40列是基因丰度数据（指定名称 Function）#默认情况下，对 spec 计算 Bray-Curtis 距离，对 en...

问题 老师，为什么我得到的Fam_gene.list中大多都是独有的，特别是参考基因组，全部都没有同源基因，那么我接下来结构变异与基因结果和保守结构域分析时，无法比对，该怎么往下做呢?

...t",$0);print}'|awk -F"\t" '{if($2!=""){print}}' > Fam_gene.list得到的这个表，请问是不是哪里需要修改呢？

文章 电脑安装Linux系统后配置网口及NFS 服务手动挂载文件

...#格式化mkdir /export/data1mount /dev/sda1 /export/data1 #磁盘挂载到目录df -h #查看 vi /etc/exports #目录共享出去/export/data1 10.1.1.0/255.255.255.0(rw,no_root_squash,async)固定挂载：blkid /dev/sda1/dev/sda1: UUID="60588444-b0a0-4956-a40a-8251965e7887" TYPE="ext4"...

文章 TCGA 数据的多组学WGCNA联合分析

...存分析显著相关的module 中的hub Gene和miRNA 进行生存分析，可以看到一些Gene和miRNA与癌症的预后有显著的相关性。 miRNA-Gene 调控网络 通过miRNA 预测靶基因，发现miRNA 调控的基因，并将这种调控关系与代谢通路（pathway）相联系，构...

文章 关于CodeML分析中Branch-Site模型假设

...omega=1）（零假设）进行比较，df=1；          model A还可以与site model 中的M1a进行显著性水平比较； （2）mosel B 通常与site model 中的M3进行显著性水平比较，df=2； （3）mosel C 通常与site model 中的M1a进行显著性水平比较，df=3...

文章 bedtools统计序列中碱基含量

bedtools软件中的nuc函数工具可以统计序列碱基含量，其具体用法如下： Tool:    bedtools nuc (aka nucBed)Version: v2.25.0Summary: Profiles the nucleotide content of intervals in a fasta file.Usage:   bedtools nuc [OPTIONS] -fi <fasta> -bed <bed/gff/vcf>Options:...

文章 计算lncRNA 与基因的表达相关性

...下： 如果你想学习lncRNA与基因表达的相互调控，可以学习我的ceRNA课程。 《TCGA-ceRNA调控网络分析》

文章 分离NR NT库，快速blast本地比对同源注释基因

...万的unigene ，如果比对全库的话，就太浪费时间了，我们可以根据NCBI的分类数据库将数据库分开，可下载如下文件，然后利用下面的perl脚本就可以把NR或者NT库分开成小库： wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gzwget -c ftp://...