问题 ROGUE 判断分群纯度

...te.response(terms(object)), : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 5) Calls: rogue ... <Anonymous> -> predict -> predict.loess -> predLoess In addition: There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50) Execution halted, 运行这个脚本时遇到这个问...

问题 按照课程筛选串联重复基因，找到了6对，然后绘制了circos图如下，但是发现我的这些结果应该都不是串联重复的呀，是我筛选错了么？还有就是根据课程用MCscanX分析基因加倍时候，得到的结果和用小兰老师方法得到的结果不同，是什么原因呀！

问题 你好 我看到你提出的问题 基因组染色体共线性分析出现 Unable to run 'false OUTFig.gp', Inappropriate ioctl for device 我在使用mummerplot也遇到了相同的问题 如果你解决了遇到的问题 是否可以分享一下你的解决方法 感谢

问题 老师您好，在您的课程《基因组重测序数据分析实操课程》中：变异结果注释ANNOVAR，在运行table_annovar.pl 如何解决报错：Died at /data/home/sft/pkg/annovar/coding_change.pl line 677

老师您好：下面是命令行和输入文件格式 命令行及具体报错信息： 输入文件格式：

问题 提供感兴趣基因进行分支分析时，出现Error in simple_vs_index(x, rlang::eval_tidy(args[[1]]), na_ok) : Unknown vertex selected报错

运行代码 Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle2_branch_analysis.r -i monocle2.CelldataSet.qs \   --branch_point 2 -o branch2 --gene.list monocle2.selected.Gene.tsv --qval 1e-2 \   --interest.genes Cc11G1053 Cc10G0497 Cc02G1594 Cc02G2288 Cc06G0565 --interest.genes.color.group mycellty...

问题 扩增子测序分析，qiime1的assign_taxonomy.py命令中，如果用blast方法比对序列，可否修改比对的相似度阈值（比如identity或者similarity）？

如题，请教。如何修改assign命令下blast的比对阈值？ qiime1的assign_taxonomy.py命令可以用uclust, blast, sortmerna, rdp等方法比对，同时可以通过修改一些比对的阈值来设置比对的‘门槛’。 但我发现，使用blast方法比对时的阈值，官网...

问题 老师，通过蛋白保守相似序列分析，推测了葡萄园有孢汉逊酵母中与酿酒酵母相似的功能基因，并编号gxxxx.t1，请问老师，如何可以获得这条基因序列，NCBI中仅有葡萄园有孢汉逊酵母的全基因组信息，谢谢老师

问题 我做有参转录组数据分析，一共有30个样，每个样有3个重复。在做比对这一步时，我发现30个样中，有两个样，它们各有一个重复的比对率只有50％，而其他的样比对率均有80％以上，请问这样会对实验结果有影响吗？

问题 各位老师好，我在用R做生存分析时，读取了下载好的临床数据后（TCGA的)，提取病人编号，死亡时间等信息时报错“Can't find columns”，我对R的掌握实在过于疏浅，想请教老师们是否曾遇见过类似问题，如何解决呢？以下是问题截图

问题 测序公司返回的DNA序列，在序列比对时是不是要删除首尾的一些序列？计算保守位点变异位点是不是根据比对后的序列算？多条DNA序列，比如ITS，MatK两条序列怎么拼接起来作为一个组合DNA序列片段来分析？有没有软件和教程，谢谢

问题 老师您好，我要进行基因蛋白互作网络分析，用小麦与拟南芥找到8对同源基因，后来用Cytoscape进行美化时，要用所找到拟南芥映射小麦，这个映射用VLOOKUP比对是用的之前找到的8对同源基因即下载的ortho-orthologs文件吗？

问题 老师您帮忙看一下 就是我在做cafe分析的时候 这个我删掉一个 他又出来一个 这个怎么一次性删除啊 这个他不是一次性出现所有的基因 而是找到一个他就退出来了，我也看啦您在上面的回答 按照那个方法来还是一样的解决不了

问题 Orthofinder报错出现ZeroDivisionError: float division by zero

如题：python3.7 环境，Orthofinder最新版本，运行demo数据没问题 需要比对的序列长度不一，psi-blast比对是可以比上的。拿到这些数据单独再去比较就出现了报错。请问出现这个报错是不是说明没有找到 再用 MCL 聚类 得到 Orthogroups...

问题 随着PCA数目的增多，GWAS峰值越来越高，显著位点越来越少

我用BLINK模型做GWAS发现，分别将pca=3、pca=5、pca=10作为协变量，曼哈顿图峰越来越明显，但是P值在逐渐降低，而且显著位点也越来越少。PCA的数量该怎么选呢？用群体结构得到的Q矩阵会更好一点吗？

问题 。

在做水稻家族的基因分析的时候，提取domain序列出现问题，提取出来的domain为空。经过查证，是id格式不同导致的，但是应该怎么修改呢，希望各位老师能够答疑一下，附图片。 第二张图片是下载下来的pep.all.fa的文件。 第一...