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文章 NCBI下载的10X 空间转录组数据如何读入spaceranger

10x的数据可以使用 cellranger mkfastq 产生，下面的例子是两个样本同一个lane测序拆分后分析；第二个例子是同一个样本两个lane测序，需要合并一起分析； 大家注意文件命名方式，蓝色和红色部分； spaceranger命名规则 [Sample Name]...

文章 perl脚本批量生成反向互补序列

有时候我们需要得到序列的反向互补序列，可以用下面的脚本来批量处理序列。 用法： perl  fasta_Reverse_complementary.pl  -fa input.fa  -out out.fa input.fa是输入文件，out.fa是反向互补后的序列 输入文件格式入下所示： >bta-26a-2GGCUG...

文章 CentOS linux的环境变量配置

...件中添加 export PATH=/someapplication/bin:$PATH 要使修改生效，可以重启系统，或者执行 source /etc/profileecho $PATH 2.修改/etc/environment，将影响全局。/etc/environment文件与/etc/profile文件的区别是：/etc/environment设置的是系统的环境，而/etc/pr...

文章 Split划分数据

利用split可以对数据进行分组 split(x, f, drop = FALSE, ...) x 表示一个待分组的向量或者数据框 f 表示一个factor或者list，以此为规则将x分组 drop 是逻辑值，如果f中的某一个level没有用上则被弃用 例如有如下数据： dat Samples g...

文章 KEGG 通路基因列表；

...   msigdb 的KEGG代谢通路Regulation of actin cytoskeleton 中没有这个基因CYRIB ，但是在kegg官网上是有的； 可能是msigdb更新不及时吧 https://www.genome.jp/entry/hsa:51571 下面自己制作最新的kEGG通路基因列表： hsa_kegg <- clusterProfiler::download_...

问题 如何修改perl脚本，利用id号抽提gff文件中的位置信息？

...gene_location.txt "; exit; } 请问如何修改该perl脚本得到一个可以利用id号抽提位置信息的新的perl脚本？

文章 Excel数据分析技巧之方差分析

...域，点击确定即可。 4、输出结果如下所示，从结果中可以看出处理前后差异极显著。 相关概念解释：DF为自由度，SS为平方和，MS为平方和除以自由度得出的均方，F值为两个均方的比值（效应项/误差项），P值为显著性。 ...

文章 如何预测CpG岛

... .       ID=Gbar_A01.15 好了，今天小编就先给大家介绍到这里，希望对您的科研能有所帮助！祝您工作生活顺心快乐！

问题 老师您好，我在运行megahit对200多个环境微生物宏基因组数据进行组装时，megahit报错Exit code -9

...rcy; Exit code -9 应该是运行内存不够，目前是1T运存，是否可以分成几个批次组装，然后合并组装后的final.contigs文件，再去冗余，这样可行吗

问题 16S 差异比较使用compare_errorbar.r的时候报错

我用这个代码是他的前一步不报错，但是这一步报错，代表我的分组信息这些都是准确的 这个代码不报错 for i in {2..6};do     Rscript $scriptdir/meta_stat.r -i ../05.export_data/taxa_summary/absolute_abundance/feature_table_tax_L$i.txt \ -m $metadata -...

文章 BiocManager::install("metagenomeSeq") 报错：77 -fpic -g -O2 -c blkest.f -o blkest.o

... 77 命令其实就是：gfortran 命令，做个软连接：就可以解决：

问题 老师您好，我在运行megahit对200多个环境微生物宏基因组数据进行组装时，megahit报错Exit code -9

...rcy; Exit code -9 应该是运行内存不够，目前是1T运存，是否可以分成几个批次组装，然后合并各个批次组装后的final.contigs文件，再去冗余，之后再进行基因预测或者分箱的操作这样可行吗

文章 LTR_HARVEST的并行软件LTR_HARVEST_parallel

...。其中LTRharvest软件运行耗时很长，而用LTR_HARVEST_parallel则可以大大缩短时间。 1. LTRharvest的下载  LTRharvest是genometools下的一个功能，因此需要下载genometools wget https://github.com/genometools/genometools/archive/refs/tags/v1.6.5.tar.gz tar zxvf ...

问题 533个品种先根据盐浓度下发芽率，初步在盐胁迫下挑选120个具有不同发芽时间的品种（不发芽的品种忽略，会导致出现重复表型），然后进一步进行详细表型分析（增加测量性状，如根长、芽长、光谱性状），然后做GWAS关联。

这样的试验设计是否可以回答120个品种，样本太少的问题。

文章 bedtools求交集

...处理基因组信息分析的强大工具集合，其中 intersect 函数可以求区域之间的交集。 其用法： bedtools intersect [OPTIONS] [-a|-abam]-b BED 输入文件是bed格式，至少三列，分别是染色体，起始位置(0-based,  包括)，终止位置  (1-based，不...