文章 cytoscape软件的安装与使用_v3.10.2

...作用、蛋白质-DNA和遗传交互作用的分析。 通过Cytoscape，可以在可视化的环境下将这些生物网络跟基因表达、基因型等各种分子状态信息整合在一起，还能将这些网络跟功能注释数据库链接在一起。 Cytoscape 的核心是网络，简单...

问题 本地镜像代码运行不了

在自己电脑上运行single-cell:v5.0这个镜像，进入后运行代码，会出现bash: cd: $'/work/mypbmc\r': No such file or directory报错，同时运行R，会显示/subset_seurat_obj.r': No such file or directory报错，把RStudio安装到该文件夹下也不行，请问老师该如何...

文章 cytoscape插件BinGO安装以及GO富集分析和网络可视化

...芥为例： http://geneontology.org/page/downloads 找到拟南芥，这个注释文件包含的两列对这里的分析是有用的，分别是Gene ID和GO 功能注释。但文件还包含了其他信息，如symbol，基因的物理坐标信息，UniProt ID等： 将刚刚下载的gene_asso...

文章 LncBase: 一个预测人类miRNA 靶向lncRNA的网站

在构建ceRNA网络中，需要预测miRNA 靶向lncRNA。 我们可以采用targetscan, miRanda, RNAhybrid等软件进行预测，也可以采用在线的预测网站，今天就介绍一下LncBase。  1. 网站支持两种预测模式：基于实验验证的预测和电子预测两种模式 ...

问题 在提取1500bp序列做顺式作用元件检测时，使用tiquxulie.pl这个脚本，开始时显示out of memory，我把虚拟内存提高到了4G，显示zsh：killed,得到的结果还是空的，请问老师这个问题怎么解决呢？

谢谢老师。

文章 简单实验+蛋白质组=4分文章， So Easy！

...分的蛋白质组学研究的文章就完成了，思路清晰且简单，可以供大多数初学者学习借鉴。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、...

文章 8.28接收-毛竹bHLH基因家族分析文章解读及原文献下载

...间转录组分析，做更牛的个性化分析，绘更漂亮的图，点这个链接：单细胞/空间转录组分析实操  2. 2区文章发文新思路，0实验就能发文章，省钱省时间，套路化内容好写易发表，0基础学习最新版基因家族分析/泛基因家族分析...

文章 NCBI-SRA数据下载的3种方法

...。然后搜索SRA数据，例如，我们要下载SRP108428（阅读文献可以找到公开数据的project号）下的所有数据，打开NCBI网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP108428（此处为project号），点击"Accession List"键，下载得到SRR List 储存在sra...

文章 重测序群体遗传进化分析之—进化树构建

...，尤其是ML法构建进化树上，分支可靠性检验方法。但是这个计算逻辑最大的问题在于，抽样重新跑，抽样再重新跑，不断重复，直到收敛或者是到指定的比如1000次。计算量大，耗时长。IQ-tree的作者团队在前述提出了一个快速...

文章 linux下samtools安装指南

...安装包： yum search curses 搜索结果如下图所示： 找到这个安装文件ncurses-devel.x86_64，安装即可： yum -y install ncurses-devel.x86_64 htslib包安装 再之后需要安装htslib包。 下载： mkdir /biosoft/htslibcd /biosoft/htslibwget https://github.co...

问题 老师，就是我在用misa鉴定ssr的时候，把文件输进去出现下面这个问题怎么解决，用你们提供的数据也是一样的问题，我找不到原因

文章 GFF文件格式不标准，第三列只有mRNA处理方法

...这种情况一般是一个基因只注释了一个转录本的基因组，这个时候我们可以批量的处理一下，添加上gene行信息，也就是mRNA信息直接用于基因信息，方便我们的分析流程处理数据： 可以用awk命令批量添加gene行，把mRNA的ID作为基...

问题 老师，构建拟南芥特异性nbs基因家族hmm文件进行hmmsearch（e-20）搜索到的序列还需要到pfam或CDD进行再次搜索验证么，不进行这一步可不可以

老师，构建拟南芥特异性nbs基因家族hmm文件进行hmmsearch（e-20）搜索到的序列还需要到pfam或CDD进行再次搜索验证么，不进行这一步可不可以

文章 linux使用ossutil下载阿里云数据

...据量很大的时候例如100G+，用windows软件下载就太慢了。 这个软件也提供了Linux版，使用它在Linux上下载阿里云数据非常方便， 一、软件下载 软件下载地址：安装ossutil (aliyun.com) 如果有sudo权限，还可以使用以下命令 sudo -v ; cur...

文章 GEPIA--TCGA癌症数据挖掘网站

...TEx projects （见下图）类似于 UALCAN--TCGA数据挖掘网站 可以分析的内容也涉及多个方面：包括单基因、多基因、癌症类型等等，每种分析涉及具体的内容也有所不同（进入的页面不同，显示的分析操作内容页面会有差异） 1、...