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问题 串联重复基因对

请问MCscanX给出来一个基因家族的串联重复基因对，蛋白质序列差异大，这与串联重复基因的定义不一致，这种怎么处理呢？然后就是计算串联重复基因对的Ka/Ks的值，说明是这两个基因进化是保守的吗？还是怎么？

问题 用tiquxulie.pl时，出现报错: 提取的序列长度大于序列总长？？

老师您好：    我是根据视频学习到做顺势作用原件分析时出现问题： 我是做的甜樱桃HSP70基因家族，下面是我使用get_gene_weizhi.pl后得到的gene_weizhi.txt： 如图所示，第二列并不是某一条染色体，我想是我的樱桃基因组数据...

问题 wgcna hub基因

老师好 请问怎么从wg一个模块中找hub基因 我把cytoScapeinput-edges文件输入cytoscape中 用cytohubba计算 但是每次出来的结果都不一样 试了很多遍也不行 求解答 谢谢！

问题 R警告：大神能指点下嘛

做WGCNA时候发现这个警告，一脸懵逼，不知道错在哪里，请大神指点

问题 去除异常样本的标准

老师，我的29个样本，聚类之后发现有四个样本不太乐观，如图所示，abline=2600去除了这四个样本，写文章的时候该怎么描述这里？标准是什么？图左边的Height代表什么？

问题 iTOL中如何显示bootstraps?

用mega做的进化树，存储后上传至iTOL，为什么不显示bootstraps？请问怎么设置让其显示出来。谢谢！

问题 基因家族鉴定问题

你好，我用HMEER搜索基因家族的蛋白序列，筛选后进行系统发育树的构建时，有一些不属于任何一个家族，是我查找的序列有问题吗？谢谢老师 追加:我从NCBI CDD和Pfam上手动确认了结构域，都有保守结构域的。谢谢

问题 基因与mRNA的对应关系

你好，请问你去年9月15日问的关于基因与mRNA不对应（如下图）问题解决了吗？能不能指点一下呢？谢谢

文章 IF=8.86|肝癌免疫相关lncRNA预后标志物文献解读

...断、评估和治疗中显示出有希望的预测和预后价值 数据分析思路 从TCGA数据库获得LIHC基因表达谱数据，ensemble获得gtf文件，根据注释文件得到lncRNA的表达数据；从ImmPort获得免疫相关基因对lncRNA以及免疫相关基因做相关性分析...

问题 WGCNA软阈值计算报错

老师，您好！我在WGCNA第二步，network construction中软阈值计算的过程中遇到了问题，暂时不知道如何解决，想请教下各位老师！！

问题 在您的课程《基因组重测序数据分析实操课程》中：变异结果注释ANNOVAR，在运行table_annovar.pl 如何解决报错：Died at /data/home/sft/pkg/annovar/coding_change.pl line 677

具体报错信息如下： NOTICE: Running with system command <coding_change.pl  ./indel_AT899.refGene.exonic_variant_function.orig /data/home/zhangzhi/genome-9-8//unknown_refGene.txt /data/home/zhangzhi/genome-9-8//unknown_refGeneMrna.fa -alltranscript -out ./indel_AT899.refGene.fa -newevf ....

问题 老师，我在做泛基因家族成员存在缺失分析时，做统计各个样本家族成员数量，及根据数量对基因组进行排序时候，由于我原始得到的maize.WRKYgene.list文件里的基因名称，和ID.txt文件里的基因组名称无法链接，有很多基因组无法识别出成员数量，（也就是因为这一步，我才把我上一个问题提的把基因名称及ID名称改掉了），请问怎么修改指令？

老师，我在做泛基因家族成员存在缺失分析时，做统计各个样本家族成员数量，及根据数量对基因组进行排序时候，由于我原始得到的maize.WRKYgene.list文件里的基因名称，和ID.txt文件里的基因组名称无法链接，有很多基因组无法...

问题 docker镜像下载一般需要多久？

正在下载omicsclass/pop-evol-gwas，请问大家一般需要多久，我这个好久不动，在waiting，已经设置加速器了

问题 比较基因组数据分类

老师我想知道我做比较基因组的韦恩图数据在哪个文件里，我想知道我做的物种里特有的基因家族但是我不知道在哪个文件里

问题 QQ-normal

在R语言中，有没有QQ-normal包或者函数能将表达量的值正态化？因为表达量的值大部分不符合正态分布。