去除异常样本的标准

老师,我的29个样本,聚类之后发现有四个样本不太乐观,如图所示,abline=2600去除了这四个样本,写文章的时候该怎么描述这里?标准是什么?图左边的Height代表什么?attachments-2018-10-h0MraA785bd11780daf86.jpg

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1 个回答

Daitoue

样品聚类树高度能反映样品的离群程度,比较远的表示这些样品可能存在异常,样本分布不均衡,会影响网络模块分析结果,故剔除这些样品,而实际的结果一般通过聚类树具体的情况判断,设置阈值进行剔除。你这个图片的标准多数时按经验来的,譬如你明显看到了这四个样属于离群状态,所以设置一个高度进行了剔除,裁掉"树枝”中“叶”节点高度明显高于其他的样本。这种情况下的描述也多是:明显高于其他样品 故剔除(你设3000剔除结果也一样)。

不过离群样本的剔除也可以按照其他的方式来 https://www.omicsclass.com/article/141 


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