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文章 seqkit计算基因组大小

... 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂...

文章 PASA 记录

...0000 # 注意，数据库的完整路径是写在了alignAssembly.config 这个配置文件里面 三、过程 1. create_sqlite_cdnaassembly_db.dbi -c alignAssembly.config -S 'PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/schema/cdna_alignment_sqliteschema' -rsamtools faidx all_transcripts.fasta.clean2. PASA...

文章 exFAT格式的硬盘挂载问题

我们在挂载ntfs格式的硬盘的时候,一般可以正常使用linux命令,不会有啥问题,但是如果硬盘格式是exFAT,会发现有很多问题,比如权限不能改 如何判断自己的硬盘的格式?比如位置在/dev/sdb2,用以下代码(用自己的位置) sudo blkid /dev/sdb...

问题 请问老师，对基因组数据进行处理，保留最长转录本为何会出现一个基因有两个5端UTR？如截图所示。

...录本，出现多个utr是正常的，那应该XM也是不一样的，而这个基因XM一致，说明是同一个转录本，但是有两个UTR。

问题 请问用cytoscape进行conet网络构建时原始数据文件是怎么得来的

...报名了conet网络构建的课程，用提供的数据文件分析完全可以，但是用我的数据文件就报错。我尝试了用测序公司提供的xlsx格式，并把数据形式改成和课程提供数据完全一样，再转化成txt制表符文件格式后输入，选择第二个选项...

文章 monocle2 monocle2 igraph 报错

...是由于igraph 版本高，导致 monocle2 与igraph版本冲突报错，这个问题需要 更改 monocle2的源代码 才能适应高版本的igraph。 这是修改好的monocle2 R包： 链接: https://pan.baidu.com/s/18EMB-uDo0FpOxGRRqW4MeA 提取码: ibbi  --来自百度网盘超级会...

问题 基因组间的共线性分析为什么要对共线性区域进行过滤？

...性区域进行过滤？用anchors文件而不是anchors.new直接作图不可以吗？因为基因家族的成员有的落在小于30的区域中，所以过滤后就不会在图中显示。 /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.synteny screen --minsize=0 --minspan=30 --simple A...

问题 群体遗传进化课程中基于pi用R脚本绘制曼哈顿图请问更改色板颜色的具体指令

...用了默认的四个颜色，也用了ggplot2包自带的色版，都不可以，应该是代码没输入正确，请老师帮忙看看，谢谢！

文章 win10系统docker 重装提示 Exising installation is up to date 解决方法

出现这个问题是因为卸载Docker没有卸载干净，导致无法重装 解决方法： 按下Window+R唤起命令输入界面，输入regedit 打开注册表编辑在地址栏输入HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\Docker Desktop 将整个Docker...

文章 IF=13.8 | 饮食调节山羊肠道微生物的纤维素利用效率

...在DNA和RNA水平上，瘤胃以外的消化道区域的细菌多样性受到饲料纤维类型的显著影响, 同时不同纤维类型在消化道各区域选择性地富集特定微生物类群，影响底物偏好和降解能力。 04.宏基因组代谢功能分析 多样性分析结果显...

问题 请问这2个sam文件对后续有什么帮助吗 占用内存太大 想删掉 不知道有没有用

感觉后面的代码都是基于绿色框框的2个文件在做分析  那红色框内的2个.sam文件有啥用吗？占用存储有点大 可以删掉这2个吗  在跑后续的k2物种注释、蛋白质预测、KEGG注释等分析之前

问题 挂载共享文件夹，每次打开bio-linux都要重新挂载sudo mount -t……

我自己在Oracle VM VirtualBox里重新设置了一个新的共享文件夹路径（D:\Job……），但每次打开bio-linux都要重新挂载，要输入sudo mount -t vboxsf gene_family1 /home/manager/gene_family1 可以挂载一次，以后每次不用重输挂载命令吗

问题 做无参转录组分析，用（讲堂课程提供的）linux系统安装/使用Trinity老有问题

...接）老有问题，不知道为什么？？ Trinity version 2.1.1 版本可以安装上，但是运行报错，如图： Trinity version 2.10.0版本直接安装不上，报错如下： python有2.7版本（输入python显示），也有3.7版本（输入python3.7显示） 实在有点弄不...

文章 TCGA 拷贝数变异下载 CNA

...            #workflow.type = "STAR - Counts",  # 数据已经合并 可以直接提取                  #sample.type = sample_type,                  legacy = FALSE)GDCdownload(query )cnv.data <- GDCprepare(query )write.table(data.frame(cnv.data,check.names = F), file ="cn...

文章 Rocky Linux安装 时报错： DNF error

... 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂...