文章 HISAT2比对时报错|(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL)

... hisat2 -p 10 --rg-id=L2 --rg SM:L2 --rg LB:L2 --rg PL:ILLUMINA -x iwgsc_refseqv2.1_assembly --dta -1 L2_1.clean.fq.gz -2 L2_2.clean.fq.gz 2> L2.summary 运行一段时间后，出现报错： (ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL) google之后怀疑是基因组太大，然后服务器...

文章 linux下ClustalW2安装

...。 wget  http://www.clustal.org/download/current/clustalw-2.1-linux-x86_64-libcppstatic.tar.gztar -zxvf clustalw-2.1-linux-x86_64-libcppstatic.tar.gz 解压目录下的命令就可以直接使用。

文章 docker pull下载镜像出现：error pulling image configuration: received unexpected HTTP status: 500 Internal Server Error

...载组学镜像是出现网络错误，或者下载很缓慢： [root@VM_0_16_centos ~]# docker pull docker.io/omicsclass/gene-familyUsing default tag: latestTrying to pull repository docker.io/omicsclass/gene-family ...latest: Pulling from docker.io/omicsclass/gene-familyab5ef0e58194: Already exis...

问题 braker.pl运行中断

...species \--genome=$contig \ --softmasking \ --bam=rnaseq.bam \--gff3 --skip_fixing_broken_genes  --fungus。前面没有问题，braker.log 停止在perl /share/work/biosoft/GeneMark-ES/latest/gmes_linux_64_4//gmes_petap.pl 。没有报错信息，在GeneMark-ET文件夹下的gmes.log有显示error...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-UM葡萄膜黑色素瘤(GSE139829)

....ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE139829&format=file" -O GSE139829_RAW.tar #解包 tar xvf GSE139829_RAW.tar #不同批量重命名文件，并连接到不同文件夹 ​for i in BSSR0022 UMM041L UMM059 UMM061 UMM062 UMM063 UMM064 UMM065 UMM066 UMM067L UMM069;do mkdir $i cd $i a=`ls...

文章 ggtern 安装报错

...ding Error in get(x, envir = ns, inherits = FALSE) :    object 'message_wrap' not found Error: unable to load R code in package ‘ggtern’ Execution halted ERROR: lazy loading failed for package ‘ggtern’ * removing ‘/share/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/ggtern’   解决办...

问题 用Tassel转vcf为hapmap格式文件

...validateOrdering: Position      Chr:1B  Pos:711831      Name:S1B_711831 Variants:C/T    MAF:NaN Ref:C and Position      Chr:7A  Pos:736691630   Name:S7A_736691630  Variants:T/C     MAF:NaN Ref:T out of order.

问题 docker pull下载镜像出现：error pulling image configuration: received unexpected HTTP status: 500 Internal Server Error

...载组学镜像是出现网络错误，或者下载很缓慢： [root@VM_0_16_centos ~]# docker pull docker.io/omicsclass/gene-familyUsing default tag: latestTrying to pull repository docker.io/omicsclass/gene-family ...latest: Pulling from docker.io/omicsclass/gene-familyab5ef0e58194: Already exis...

问题 基因家族分析疑问

... ena  mRNA 4388266243889224 .-.ID=transcript:PNT65252;Parent=gene:BRADI_4g39317v3;biotype=protein_coding;transcript_id=PNT652524 enamRNA4388273643888789  .-.ID=transcript:KQJ91713;Parent=gene:BRADI_4g39317v3;biotype=protein_coding;transcript_id=KQJ91713 请问这是怎么回事，我要怎样...

问题 老师，求助，转录组差异表达基因分析报错-只有pfd文件没有PNG文件，且PDF打不开

[root@9dfb61184b6e  08:23:54 /work/my_rnaseq/5.deg]# Rscript $scriptdir/heatmap.r -i $workdir/4.expression/all_gene_fpkm.tsv -l S10_vs_J10.DEG.final.tsv -p S10_vs_J10.deg_gene_heatmap -o ./ --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners...

问题 老师您好，我在运行alpha diversity calculation 这段代码时出现报错信息，没有alpha_diversity.py这个文件，校验了下提供的代码确实没有，售后老师说可能是软件自带的，请问这种情况改如何解决？alpha_diversity.py，beta_diversity_through_plots.py，make_2d_plots.py，nmds.py，upgma_cluster.py这些都没有

文章 用AI写代码批量整理GEO数据库中的单细胞数据

...前目录下所有以 GSM 开头的文件for file in GSM*; do # 提取 _ 到最后一个数字的内容 identifier=$(echo "$file" | sed 's/.*_\([^_]*[0-9]\).*/\1/') if [ -n "$identifier" ]; then # 创建对应的文件夹，若文件夹已存在则不报错 mkdir -p "$identifi...

文章 选择清除分析之XP-EHH

...称按照染色体区分，会得到 Chr1.vcf和 Chr2.vcf：cat cultivated_popid.txt  wild_popid.txt > popid.txtfor i in  Chr1 Chr2 ;dovcftools --vcf clean.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout  --keep popid.txt --chr ${i}  > ${i}.vcfdone按照群体区分，会得到 *.impute.hap的文...

问题 老师，这行命令出来的结果是空的，怎么解决呀

运行“ls aln_out/*.cds_aln.fasta |while read a;do sed  -r 's/([A-Za-z]+_[A-Za-z]+)_.*/\1/g'  $a > $a.renamed;done”后得到的结果single_copy.cds_msa.fasta是空的文件夹

问题 文献分析，只有BigWig文件能否完整做出下面的图像

...据，只找到了他们处理后的BigWig文件，使用数据GSM4094532_MVH_1oocyte_rep1.bigwig进行后续作图时，用ChIPseeker包进行注释后发现与文献中的结果差别很大。应该如何处理。